Будучи представителем беженцев, Визенталь неоднократно протестовал против плохого отношения к ним. Как-то раз несколько десятков полицейских устроили в одном из лагерей облаву с целью найти контрабандные товары, и в письме губернатору Визенталь выразил протест по поводу того, что обыскивались только дома евреев, хотя в лагере находились беженцы и других национальностей. Он утверждал, что полицейские вели себя грубо, угрожали людям оружием и что это было коллективным наказанием, напомнившим многим беженцам о временах нацизма.
В одном из лагерей от евреев потребовали заплатить арендную плату за комнату, служившую им синагогой. Визенталь выразил протест против самого этого требования как такового, но особенно он протестовал по поводу того, что один из австрийских чиновников, занимавшихся этим делом, заявил: «Если евреям хочется танцевать и сходить с ума, пусть делают это на лужайке, а если им хочется делать это в комнате, которая им не положена, пусть за нее платят».
Один еврей из города Грац пошел с женой посидеть в пивной, но, как только они сели за столик, какой-то человек, сидевший по соседству, начал выкрикивать по их адресу антисемитские оскорбления. Еврей пожаловался на это владельцу пивной, но тот вмешиваться отказался. Тогда еврей позвонил в полицию. Однако когда пришел полицейский, владелец пивной, вместе с посетителями, вышвырнул и еврея с супругой, и полицейского на улицу, пригрозив, что если они вернутся, то об этом пожалеют.
На футбольных матчах можно было услышать антисемитские выкрики. Одному еврею пришлось заявить, что он не еврей, чтобы получить разрешение на радиоприемник, так как власти все еще использовали бланки времен нацизма. Муниципалитет Линца поставил памятник юмористу, который во времена нацизма устроил антисемитский концерт. Австрийские кинотеатры отказались показывать фильм Чарли Чаплина «Великий диктатор», но при этом демонстрировали фильмы немецкого режиссера Файта Харлана, который в 1940 году, по инициативе нацистского министра пропаганды Йозефа Геббельса, поставил пропагандистский антисемитский фильм о еврейском банкире XVIII века «Еврей Зюсс». Муниципалитет города Браунау включил дом, где родился Гитлер, в список туристических достопримечательностей.
Казалось бы, будучи сионистом, Визенталь должен был считать, что евреям в Австрии жить не следует и что если они все-таки решают в ней остаться, то должны понимать, что живут в антисемитской стране. Однако он хотел очистить австрийское общество от расизма. Однажды с этой целью он даже отправился в крохотную тирольскую деревушку Рин, в церковь которой стекались паломники, дабы поклониться мощам ребенка, якобы убитого там евреями.
Уже тогда, в сороковые годы, Визенталь взял себе за правило обращаться по тем или иным вопросам к самым высокопоставленным лицам, и хотя по тону своему его письма к ним всегда были почтительными, тем не менее он всячески подчеркивал, что пишет им не как «бедный родственник», а как равный. Требование запретить культ в Рине он, в качестве председателя «Союза бывших узников концлагерей», послал кардиналу Теодору Инитцеру. Впрочем, обосновал он это требование не тем, что данный культ – антисемитский, а тем, что это надо сделать ради австрийских детей.
Как еврей он мог бы, конечно, сказать себе, что австрйицы недостойны того, чтобы такой человек, как он, пытался спасти их от самих себя, но он считал себя одним из них. «Искоренить проявления нацистской дикости, – писал он главному редактору одной из зальцбургских газет, – это долг каждого австрийского патриота».
Однако попытки Визенталя очистить страну, в которой он решил жить, к немедленным результатам не привели. Нацисты повылезали из своих нор, снова стали занимать влиятельные посты в государственных учреждениях, включая школы и суды, и во всех политических партиях их стали назначать на ключевые посты. Визенталь подробно говорил об этом на общем собрании Комитета австрийских еврейских общин. В своем выступлении он подчеркнул, что участие нацистов и неонацистов в государственной и политической жизни Австрии представляет опасность не только для маленькой местной еврейской общины, но и для всех австрийцев в целом. Только тот, кто по-настоящему верит в свою страну, может критиковать ее так, как это сделал в своей речи Визенталь: с разочарованием и беспокойством, но в то же время с надеждой на лучшее будущее.
Как австрийский патриот он также обратился к министру просвещения Эрнсту Кольбу с требованием, чтобы его дочери выделили учителя, который будет преподавать ей еврейскую религию, хотя, помимо нее, еврейских детей в Линце было очень мало. Когда его жена пошла записывать дочь в школу, директриса посмотрела на них в изумлении и сказала: «А я думала, всех евреев уже убили».