Однако это не помешало надолго удержать братьев в Риме, а Кириллу суждено было и навеки остаться в нем: сильный духом и умом, но впечатлительный и слабый здоровьем, он не вынес душевных потрясений, которым, без сомнения, подвергался в Риме, и скончался там же 14 февраля 869 года. Продолжительное пребывание Солунских братьев в Риме и оставление только что основанных славянских кафедр без пастырей побудило Коцела просить папу о скорейшем возвращении Мефодия. Ростислав, занятый в это время войною, не мог просить о том же, но, вероятно, он же и был причиною, что соседственный князь, подвластный немцам, всегда покорный и им обязанный, решился на такую просьбу. Как бы там ни было, но Мефодий, похоронив брата, вернулся обратно в сане епископа Моравского и поселился, выжидая окончания войны, у князя Коцела в Соловаре (Мохов, Мосбург). Вот этот-то весьма небольшой период пребывания Мефодия у Коцела замечателен именно тем, что славянская служба, проповедь, речь и письменность начали распространяться удивительно скоро по всем соседним славянским землям. Они охватили Хорутанию, Истрию, Паннонию, Хорватию и Далмацию и имели на будущие события большое влияние. Латинский епископ в Блатненском княжестве оказался в такой мере бессильным, что должен был удалиться из страны, жалуясь в Зальцбурге и папе на учение Мефодия. Тут-то ересь троязычная, как говорил Кирилл, поколебалась и стала терять почву. В 870 г. Мефодий уже архиепископ Паннонский, по настоянию Коцеда. Но в том же году Ростислав, достигнув зенита своего величия, был изменнически предан врагам и оторван от своей страны. Так как Мефодий не прощал Святополку этого поступка и порицал его, то очень понятно, почему князь Моравский был равнодушен к деятельности архиепископа. Это равнодушие повело впоследствии к тому, что не только папа, но даже и Святополк перестали верить в истинность Мефо-диева учения. До 872 г. Мефодий остается в Паннонии у Коцела, продолжая свою деятельность. В этом году его снова требуют на суд, но не папа, а зальцбургское духовенство, которое он, сам того не желая, вытеснил из земли Стырко своим учением на славянском языке. До 873 г. его томили судом и держали в темнице; он выдерживал ожесточенные споры, пока наконец не заступился за него папа, рассчитывавший этим способом подчинить Моравию и Паннонию исключительно своему влиянию. Ему хотелось исторгнуть эти земли из-под влияния независимых от римского престола епископов и королей. Законность своих притязаний папа между прочим основывал на том, что еще в 572 г., до прихода авар, уже существовало Сремско-Паннонское епископство, где в памяти народа жил еще апостол Андроник, ученик апостола Павла, один из 70 учеников Спасителя, по стопам которого будто бы пошли Кирилл и Мефодий. А между тем в 874 г. умирает Коцел, и княжество Блатное переходит до присоединения к святополковой державе к немцам. Тогда Мефодий, освобожденный, как бы оправданный, направился в Моравию и Чехию. Из его рук принимают крещение в том же году князь Борзивой и Людмила, после чего он беспрепятственно уже продолжает свое святое дело собственно в Моравии, вплоть до 879 г.
Святополк, то воевавший в это время, то дружившийся с немцами, поддался наветам на Мефодия, который не соглашался признать новое толкование о Святом Духе — filioque. Вызванный по этому поводу папою снова и опять оправданный, Мефодий возвратился в следующем году в Моравию с правом служить на славянском языке и веровать по-восточному. Однако папа обошел его тем, что посадил на Нитранское епископство недостойного ему помощника, опозоренного франка, хитрого и коварного Вихинга, которому дано было право употреблять во время богослужения исключительно латинский язык. После этого положение Мефодия становилось изо дня в день труднее. Равнодушие и недоверие Святополка, происки Вихинга, ослабление сил самого Мефодия в постоянной борьбе за истину и правду сильно задерживали успех его святого дела. К счастию для последнего, Святополк в 882 году начал новую войну с Арнульфом. Он очень удачно вел ее и приобрел всю Паннонию от Дуная — Бретислава (Пресбург) и Вацова (Вайцен) до устьев Дравы и от Блатного озера до Тиссы. Эта война дала повод Святополку несколько опомниться и меньше верить Арнульфу и Вихингу. Он помирился с Мефодием и послал его проповедовать в Паннонию. Тогда немцы, не зная уж, чем взять, клевещут на Мефодия византийскому императору, который его и вызвал к себе в Царьград по этому поводу. По приезде в Царьград он был принят с почетом, оправдан, обласкан и отпущен обратно с благословения патриарха продолжать начатое дело. Последним деянием Мефодия было освящение церкви в Бьрно в 884 г. Затем 6 апреля 885 г. он скончался в Велеграде и похоронен в стене, за алтарем церкви Богородицы.