Крестьянские восстания и турецкие набеги вызвали большие социально-экономические последствия. Порожденное ими чувство безнадежности человеческого существования в недостойных условиях дополнил ряд произошедших в этот период естественных катастроф: нашествия саранчи, эпидемии различных болезней, разрушительное землетрясение 1511 г., следы которого по сей день сохранились в Зильской долине. Стремление найти причину сложившейся безнадежной ситуации способствовало росту у людей интереса к моральной, этической и религиозной проблематике. Критика церковной конъюнктуры, постоянно присутствовавшая в католической среде и уже выражавшаяся не только в бурных теологических дискуссиях, но и в многочисленных реформах монашеских орденов, возникновении новых течений, создала плодородную почву для распространения идей новой протестантской церкви, которая в словенских землях получила идейную поддержку из близлежащего романского пространства, а организационные формы позаимствовала прежде всего у городов Германии.
Гуманизм в Словении не имел особых условий для расцвета. Несмотря на это, можно проследить зарождение начал гуманистической деятельности вокруг первых предстоятелей созданного в 1461 г. люблянского епископства (Ж.Ламберг, К.Равбар) и при дворе графов Цельских – трое последних правителей из этого рода вели себя как настоящие ренессансные князья. Благодаря близости Венеции и итальянских университетских городов, ранние гуманисты появляются прежде всего в Копере, Пиране и Триесте (епископ П.Бономо). Самый значительный круг гуманистов, выходцев из словенской этнической территории, сформировался в Вене вокруг императора Максимилиана I. Среди них наиболее известен реформатор музыкальной жизни, венский епископ, люблянец по происхождению Юрий Слатконя. К венскому кругу гуманистов принадлежал также випавский барон Жига (Сигизмунд) Герберштейн, который в качестве посланника императора дважды побывал с посольством в Москве и в своей книге «Записки о Московии» (1549) открыл Европе Россию.
Среди деятелей искусства, рожденных на словенской территории, в XVI в. международную известность приобрел композитор Якобус Галлус, родившийся где-то в Крайне в 1550 г. и умерший в Праге в 1591 г. Хотя большую часть жизни он прожил в немецких и чешских землях, в его музыкальных произведениях для хора прослеживаются словенские мелодии. Как большинство гуманистов, он остался приверженцем католицизма.
Основным направлением Реформации в словенских землях было лютеранство, в меньшей степени ощущалось влияние цвинглианства, кальвинизма и баптизма. Протестантизм привлек в свои ряды аристократию и горожан, в меньшей степени крестьянство, дольше всего удерживая позиции в Прекмурье и некоторых деревнях западной Каринтии, где существовал тайно. Поскольку по принципу Аугсбургского религиозного мира 1555 г. «cuius regio illius religio» решение о религии подданных принимали землевладельцы, в габсбургских землях Габсбурги, верные католической церкви, в целом протестантизм в словенских землях не сохранился.
Главной заслугой словенских протестантов стал перевод богослужебных книг на родной язык. Переводы П.Трубара, Ю. Далматина, С.Креля и грамматика А.Бохорича упрочили письменную традицию, на протяжении нескольких столетий служили образцами словенского книжного языка.
Контрреформация восстановила прежнее общественное и религиозное положение католической церкви повсюду, кроме Прекмурья. Контрреформационные комиссии действовали по указу земельного князя, зачастую прибегая к насильственным методам. В 1599 г. со словенских земель были изгнаны горожане и крестьяне, не желавшие вновь обратиться в католическую веру, в 1628 г. – протестанты-дворяне, которых было немного. Уничтожены были и другие видимые следы Реформации – молельни, могилы, книги.
Власти провели насильственную рекатолизацию. Этот процесс сопровождался и более долговременными нововведениями. Для повышения интеллектуального потенциала католическая церковь учредила в словенских землях Орден иезуитов. Члены Общества Иисуса поселились в Любляне (1597), Клагенфурте (1605), Гориции (1615), Триесте (1619), Мариборе (1757). С деятельностью иезуитов было связано возникновение гимназий и лицеев, распространение высшего философского и теологического образования. Ни одно из этих учебных заведений, обычно называемых коллегиями, где помимо школы был также интернат, не сравнимо по значению и авторитету с Коллегией в Граце. Она была создана в 1586 г. и сразу же преобразована в университет. Подобную привилегию имела и иезуитская школа в Любляне, но не воспользовалась ею.