Организационные основы разведки НКВД, сформированной в 1920 г., за 19 лет несколько раз менялись. С лета 1939 г. она стала 5-м отделом Главного управления государственной безопасности НКВД под руководством П. М. Фитина. Отдел с февраля 1941 г. превратился в 1-е управление НКГБ. Разведкой на воде занималось 1-е управление НК ВМФ под руководством контрадмирала Н. И. Зуйкова, перед войной влившееся в структуру Главного Морского штаба.
Тема о существенном ослаблении разведки после репрессий 1937–1938 гг. весьма популярна, но недостаточно исследована. Высокопоставленный советский разведчик П. А. Судоплатов в своих мемуарах писал, что, несмотря на ощутимый вред, нанесенный разведке в результате ликвидации многих опытных кадров, связи с агентами по большей части не были потеряны, а в последующее время только расширились. В годы репрессий объемы поступающих разведданных резко уменьшились, но вскоре ситуация восстановилась. Правда, неизвестно, на каком уровне. Скорее всего, репрессии оказались наиболее разрушительными для судеб нелегальных агентов за рубежом, многие из которых вынуждены были вернуться в Москву, где их и репрессировали. Что касается центрального разведывательного аппарата, то оценить последствия репрессий для него вряд ли получится, поскольку отсутствуют необходимые документы.
Большое значение имела радиоразведывательная работа. В 1930-е гг. при НКВД и HКО работало совместное подразделение радиоразведки, но осенью 1938 г. его расформировали. Специалисты по радиоразведке НКВД осуществляли перехват и дешифровку дипломатической документации иностранных посольств. В начале 1941 г. группа этих специалистов вошла в состав 5-го управления НКГБ, ответственного за дешифровальную деятельность. Ее внушительным достижением можно считать дешифровку японских дипломатических кодов.
В военной разведке еще до войны имелось соответствующее подразделение. Четыре радиодивизиона ОСНАЗ 4 октября 1939 г. вошли в состав Украинского фронта. Занимались они радиоперехватом на территории Южной Польши. Той же осенью в Литве на Белорусском фронте появился разведпункт 363-го радиодивизиона ОСНАЗ. Его задачами являлись радиоперехваты с территорий Восточной Пруссии и северо-востока от Варшавы. Аналогичными радиодивизионами комплектовались и другие приграничные округа, впоследствии ставшие соответствующими фронтами. Всего к началу войны насчитывалось 16 радиодивизионов ОСНАЗ. К тому же 6 радиодивизионов и радиополк имелись при главном командовании. Про эти подразделения известно мало, поскольку документы об их деятельности не публиковались. Они занимались радиоперехватами, пеленгацией штабов войск противника, прослушиванием телефонных разговоров и созданием радиопомех в приграничной зоне. Руководство осуществлялось Разведуправлением, отделы которого имелись в каждом военном округе.
В последнее время имеющиеся исторические материалы подбираются исследователями несколько однобоко: разведка, мол, работала хорошо, руководство обладало всей информацией, но допустило войну. Таким образом всю вину пытаются переложить на Сталина, при этом сознательно забывая, что в момент получения данных ситуация не была однозначной. Судоплатов по этому поводу отмечал, что руководство ошиблось при оценке развединформации, однако прежде стоило бы разобраться с ее содержанием. Как раз с точки зрения фактической ценности и точности донесений серьезных исследований не проводилось, а избирательное изучение отдельных разведывательных материалов только искажает общую картину. К тому же бывало, что опубликованные исторические материалы противоречили реальности и друг другу. Чтобы сделать объективное заключение о предвоенной обстановке, необходимо оценить достоверность разведданных.
Довольно часто говорится о том, что Сталин знал о плане «Барбаросса» (вторжения в СССР) спустя всего неделю после утверждения его А.
Гитлером 18 декабря 1940 г. На самом деле все несколько сложнее. 29 декабря 1940 г. советский военный атташе в Берлине генерал-майор В. И. Тупиков сообщал в Москву о подготовке Германии к войне с СССР, которая начнется в марте 1941 г. Он настаивал на том, что информацию нужно дополнительно проверить. 4 января 1941 г. после проверки ранее полученные данные были подтверждены на основании некоего специального приказа Гитлера, которого источник сообщения лично не видел. Кроме того, план нападения переносился на более поздний срок — весну 1941 г.