2-е отделение (Главное сануправление, Ветеринарное управление, фронтовые и окружные санслужба и ветслужба, органы Военного Сообщения (ВОСО), Главное автодорожное управление, Квартирно-эксплуатационное управление (КЭУ), Главвоенстрой, Военпроект, академии).
6-й отдел (майор ГБ Семен Петрович Юхимович; войска НКВД):
1-е отделение (пограничные войска и учебные заведения войск НКВД);
2-е отделение (внутренние войска и войска охраны тыла фронтов);
3-е отделение (железнодорожные, промышленные и конвойные войска);
4-е отделение (органы военного снабжения войск НКВД).
7-й отдел (А.Ф. Соловьев; оперативный учет):
1-е отделение (действующий учет по управлению особых отделов, отчетность фронтовых особорганов, учет изменников Родины, шпионов, диверсантов, террористов, трусов, паникеров, дезертиров, самострельщиков и антисоветского элемента, особый учет изменников Родины, агентов разведки и лиц, скомпрометированных по показаниям последних);
2-е отделение (проверка военной номенклатуры ЦК ВКП(б), НКО, НКВМФ, шифрработников, допуск к совершенно секретной и секретной, мобилизационной и ТОС (технике особой секретности) работе, проверка работников, командируемых за границу, и личного состава Красной Армии и Военно-Морского Флота).
8-й отдел (Михаил Петрович Шариков; шифровальный):
1-е отделение (шифровальное);
2-е отделение (агентурно-оперативное обслуживание шифрорганов Красной Армии, инспектирование шифрорганов ОО, учет и пересылка шифров).
9-й отдел (майор ГБ Петр Андреевич Гладков; по обслуживанию ВМФ):
1-е отделение (Главный морской штаб, Развед-управление ВМФ, Школа Разведупра, командование управлений наркомата, части и учреждения НКВМФ центрального подчинения, руководство по линии указанных объектов периферией);
2-е отделение (управление ВВС, штаб ВВС, узел связи ВВС, руководство по линии ВВС периферией, управление ПВО).
10-й отдел (майор ГБ Иван Иванович Горгонов; по руководству контрразведывательной работой особых органов фронтов и округов).
11-й отдел (Александр Евстафьевич Кочетков; по обслуживанию инженерных и химических войск, саперных армий, оборонительного строительства и войск связи).
12-й отдел (Петр Михайлович Чайковский; по обслуживанию Главного управления формирований и комплектования РККА).
Аппараты, подчиненные УОО НКВД СССР:
ОО НКВД НИИ ВВС Красной Армии и Монинского авиагарнизона;
ОО НКВД Отдельной мотострелковой дивизии особого назначения им. Дзержинского (ОМСДОН);
ОО НКВД гарнизона Московского Кремля[13].
В июне 1942 года штатная численность Управления Особых отделов НКВД СССР составляла 225 человек[14].
Военная контрразведка секретным постановлением Совнаркома от 19 апреля 1943 года была передана в наркоматы обороны и военно-морского флота, при которых учреждались управления контрразведки «Смерш» (сокращение от «смерть шпионам»). По поводу названия известна история о том, как Иосиф Сталин, ознакомившись с первоначальным вариантом «Смернеш» («смерть немецким шпионам»), заметил: «Разве другие разведки против нас не шпионят?», в результате и появилась ставшая легендарной и знаменитой аббревиатура СМЕРШ. В любом случае, расшифровка слова СМЕРШ была официально зафиксирована спустя два дня.
21 апреля 1943 года Иосиф Сталин подписал Постановление ГКО № 3222 сс/ов об утверждении положения о ГУКР «Смерш» НКО СССР. Текст документа состоял всего лишь из одной лаконичной фразы: «Утвердить положение о Главном Управлении контрразведки «Смерш» – (Смерть шпионам) и его органах на местах (см. приложение)». Зато в приложении к документу было подробно расписано, чем должно заниматься новое подразделение Наркомата обороны СССР и Наркомата ВМФ, а также определен статус его сотрудников.
Согласно Положению «Главное Управление контрразведки НКО («Смерш» – смерть шпионам), созданное на базе бывшего Управления Особых отделов НКВД СССР, входит в состав народного Комиссариата Обороны.
Начальник Главного Управления контрразведки НКО («Смерш») является заместителем народного комиссара обороны, подчинен непосредственно народному комиссару обороны и выполняет только его распоряжения». Поясним, что наркомом обороны был сам Иосиф Сталин.
Более того, в Постановлении особо подчеркивалось, что «органы «Смерш» являются централизованной организацией: на фронтах и округах органы «Смерш» (Управления «Смерш» НКО фронтов и отделы «Смерш» НКО армий, корпусов, дивизий, бригад, военных округов и других соединений и учреждений Красной Армии) подчиняются только своим вышестоящим органам».