В отношении командования Красной Армии указывалось, что «органы «Смерш» информируют Военные советы и командование соответствующих частей, соединений и учреждений Красной Армии по вопросам своей работы: о результатах борьбы с агентурой противника, о проникших в части армии антисоветских элементах, о результатах борьбы с изменой Родине и предательством, дезертирством, членовредительством». Информируют – не значат, что подчиняются. Хотя постановлением предусматривалась возможность сотрудничества между командованием Красной Армией и военной контрразведкой.
В то же время был четко определен перечень решаемых органами «Смерш» задач:
«а) борьба со шпионской, диверсионной, террористической и иной подрывной деятельностью иностранных разведок в частях и учреждениях Красной Армии;
б) борьба с антисоветскими элементами, проникшими в части и учреждения Красной Армии;
в) принятие необходимых агентурно-оперативных и иных (через командование) мер к созданию на фронтах условий, исключающих возможность безнаказанного прохода агентуры противника через линию фронта с тем, чтобы сделать линию фронта непроницаемой для шпионских и антисоветских элементов;
г) борьба с предательством и изменой Родине в частях и учреждениях Красной Армии (переход на сторону противника, укрывательство шпионов и вообще содействие работе последних);
д) борьба с дезертирством и членовредительством на фронтах;
е) проверка военнослужащих и других лиц, бывших в плену и окружении противника;
ж) выполнение специальных заданий народного комиссара обороны».
Особо подчеркивалось, что «органы «Смерш» освобождаются от проведения всякой другой работы, не связанной непосредственно с задачами, перечисленными в настоящем разделе».
В постановлении были перечислены права, которыми было наделено «Управление контрразведки НКО («Смерш») и его органы на местах имеют право:
а) вести агентурно-осведомительную работу.
б) производить в установленном законом порядке выемки, обыски и аресты военнослужащих Красной Армии, а также связанных с ними лиц из гражданского населения, подозреваемых в преступной деятельности.
Примечание. Порядок производства арестов военнослужащих определен в разделе IV настоящего Положения.
в) Проводить следствие по делам арестованных с последующей передачей дел по согласованию с органами прокуратуры на рассмотрение соответствующих судебных органов или Особого Совещания при Народном комиссариате внутренних дел СССР.
г) Применять различные специальные мероприятия, направленные к выявлению преступной деятельности агентуры иностранных разведок и антисоветских элементов.
д) Вызывать без предварительного согласования с командованием в случаях оперативной необходимости и для допросов рядовой и командно-начальствующий состав Красной Армии».
Согласно IV разделу Постановления: «Органы «Смерш» производят аресты военнослужащих Красной Армии в следующем порядке:
а) Аресты рядового и младшего начсостава – по согласованию с прокурором.
б) Среднего начсостава – по согласованию с командиром и прокурором соединения, части.
в) Старшего начсостава – по согласованию с Военными Советами и прокурором.
г) Высшего начсостава – с санкции народного комиссара обороны».
Также в Постановлении была подробно расписана структура «Смерша». Согласно тексту документа:
«1. В состав Главного Управления контрразведки НКО («Смерш») входят:
Помощники начальника Главного Управления (по числу фронтов) с приданными им группами оперативных работников, на которых возлагается обязанность руководства работой органов «Смерш» на фронтах.
1-й Отдел – агентурно-оперативная работа по центральным органам Красной Армии – управлениям Наркомата обороны.
2-й Отдел – работа среди военнопленных, представляющих интерес для органов «Смерша», проверка военнослужащих Красной Армии, бывших в плену и окружении противника.
3-й Отдел – борьба с агентурой противника (парашютистами), забрасываемой в наш тыл.
4-й Отдел – контрразведывательная работа на стороне противника в целях выявления каналов проникновения агентуры противника в части и учреждения Красной Армии.
5-й Отдел – руководство работой органов «Смерш» военных округов.
6-й Отдел – следственный.
7-й Отдел – оперативный учет, статистика.
8-й Отдел – оперативная техника.
9-й Отдел – обыски, аресты, установки, наружное наблюдение.