Перемены на троне, происшедшие в мае 1606 года, не коснулись семьи Романовых. В. И. Шуйский оставил всех на своих местах. К этому времени Михаил уже подрос и получил должность стольника при царском дворе. Он был одним из немногих продолжателей некогда очень разветвленного рода Захарьиных-Юрьевых. Кроме него оставался еще дядя, Иван Никитич, женатый на Ульяне Федоровне Литвиновой-Мосальской, но и в его семье дети умирали один за другим.
Однако воцарение боярского ставленника В. И. Шуйского не принесло стране мира и покоя. В западных городах вновь стала разворачиваться авантюра Лжедмитрия, уже второго по счету. Сначала Москву осадили полки И. И. Болотникова, потом летом 1608 года подошел Лжедмитрий Пи образовалось двоевластие. В это время сестра Михаила Татьяна вышла замуж за князя И. М. Катырева-Ростовского, состоявшего в родстве с новой царицей, Марией Петровной Буйносовой-Ростовской.
Мать Михаила оказалась приближенной ко двору, но никаких дополнительных благ ей это не принесло, поскольку Москва находилась на осадном положении. Вновь приходилось терпеть лишения от голода и холода. Муж Татьяны разочаровался в старом и скупом на пожалования царе Василии и решил переметнуться к Лжедмитрию II в Тушино. Однако его замысел раскрылся, и князь Катырев оказался в сибирской ссылке.
Отец Михаила, митрополит Филарет, оказался в плену у тушинцев. Те, желая превратить свой табор во вторую столицу, провозгласили его своим патриархом. Неудивительно, что после этого царь Василий стал с некоторым подозрением относиться к Михаилу и его матери.
Правда, уже летом 1610 года Шуйского свергли с престола. Во временное боярское правительство Семибоярщина вошло сразу несколько родственников Михаила: родной дядя Иван Никитич, его двоюродный брат Ф. И. Мстиславский, женатый на А. Н. Романовой Б. М. Лыков, женатый на дочери М. Н. Романовой Ф. И. Шереметев и И. М. Воротынский, прабабка которого представляла род Захарьиных. Все они покровительствовали юному Михаилу и его матери.
Вскоре в столице оказался и Филарет. Его назначили главой Смоленского посольства, отправившегося к королю Сигизмунду III для решения вопроса о воцарении в Москве королевича Владислава.
Несомненно, Михаил и его мать надеялись, что в стране наконец-то установятся мир и покой, но и на этот раз ситуация лишь усугубилась. В столицу был введен польский гарнизон под предлогом защиты ее от Лжедмитрия II. Посольство к Сигизмунду провалилось, поскольку выяснилось, что король сам хочет править Русским государством. Хотя в декабре 1610 года самозванец погиб, поляки отказались выходить из Москвы и принялись наводить в ней свои порядки. Послы во главе с Филаретом были арестованы и отправлены в плен в Польшу.
Михаил с матерью и сестрой оказались «невольными сидельцами» и уже в который раз терпели всевозможные лишения. Здоровье Татьяны оказалось настолько подорванным, что летом 1611 года она умерла. Ей было всего 18 лет. Много невзгод перенесли и Михаил с матерью, пока 24 октября 1612 года-их не выпустили из осажденного Кремля. Ополченцы позволили им уехать в далекое костромское имение Домнино для поправки здоровья. Но и там жить было очень опасно из-за разбойничавших повсюду казаков и поляков, входивших прежде в армию Лжедмитрия II. Только благодаря подвигу Ивана Сусанина будущий царь и его мать не попали в плен к шайке воров и грабителей. Вовремя оповещенные об угрозе, они переехали в костромской Ипатьевский монастырь, окруженный мощными крепостными стенами. Там они и узнали о решении избирательного Земского собора.
Существует версия о том, что мать Михаила Марфа Ивановна заранее узнала от Ф. И. Шереметева о решении собора избрать ее сына на царство. В ответ она написала письмо, в котором выразила свое категорическое несогласие. Она прекрасно помнила, чем закончилось воцарение и Бориса Годунова, и Василия Шуйского, й Лжедмитриев, и очень опасалась, что ее единственного сына постигнет та же участь. К тому же править в совершенно разоренной стране было равносильно самоубийству.
Однако члены Земского собора не посчитались с мнением Марфы Ивановны, поскольку иной, более подходящей и устраивавшей всех кандидатуры попросту не было. Итак, хотя Михаил и был избран государем, свое согласие им стать он никому не давал и его мнение по этому поводу Земскому собору известно не было. Поэтому, чтобы убедить избранника принять возложенную на него честь, члены собора выбрали несколько авторитетных людей и отправили к нему в составе Костромского посольства. Главами его были назначены рязанский архиепископ Феодорит и боярин Ф. И. Шереметев — опытный политик и дипломат. В посольство входили также троицкий келарь Авраамий Палицын, боярин В. И. Бахтеяров-Ростовский, окольничий Ф. В. Головин, архимандриты, протопопы, дворяне и приказные люди. Характерно, что ополченческих воевод в нем не было, поскольку, как позже выяснилось, Марфа Ивановна с большой опаской относилась и к Трубецкому, и к Пожарскому, и к окружавшим их военным людям. Она боялась, что ее юный сын окажется лишь послушной игрушкой в их руках.
В начале марта посольство выехало из Москвы и 13 числа оказалось в пригородах Костромы. Торжественное шествие к Ипатьевскому монастырю было назначено на утро следующего дня.
В парадных одеждах, с иконами и крестами все двинулись по льду реки к резиденции будущего монарха. Заранее оповещенные Михаил и Марфа ждали гостей в воротах монастыря. Их лица были сумрачны и суровы: визит московских посланцев нисколько их не радовал.
Когда Феодорит вручил Михаилу грамоту от собора о его избрании царем, тот со слезами бросил ее на землю и решительно заявил, что отказывается от возложенной на него высокой чести. Марфа Ивановна поддержала сына. Она сказала послам, что Михаил слишком молод, чтобы управлять таким большим государством. К тому же она напомнила о том, что «московские люди по грехам измалодушествовались, прежним московским государям, дав свои души, не прямо служили», изменяли им, предавали и даже доводили до горькой и позорной смерти. Характерными примерами послужили правления Бориса Годунова и его сына, Лжедмитрия и Василия Шуйского. В заключение Марфа Ивановна задала послам вопрос: «Видя такие прежним государям крестопреступление и позоры, и убивства, и поругание, как бы-ти на Московском государстве даже прирожденному государю и уж, конечно, не моему сыну?»
Инокиня напомнила о том, что Российское государство находилось в плачевном состоянии: царские сокровища были вывезены поляками, дворцовые земли розданы в поместья служилым людям и пришли в запустение; сами служилые люди бедны, платить им за службу нечем, покупать вооружение не на что… К тому же отец Михаила находился в польском плену. Если король узнает о воцарении его сына, то может причинить Филарету большой вред. Поэтому, по мнению Марфы, для Михаила стать царем равносильно смерти.
Послы прекрасно понимали, что слова матери будущего государя справедливы, но знали они и о том, что не имеют права возвращаться в Москву с пустыми руками: ведь без царя страна вновь ввергнется в пучину междоусобной борьбы и станет легкой добычей для соседей. Они встали на колени и вновь и вновь со слезами на глазах начали просить Марфу Ивановну благословить сына на царство. При этом Феодорит даже сказал, что Михаил избран не собственным хотением или желанием, как Годунов, Лжедмитрий или Шуйский, а по воле Бога, который внушил всем русским людям единую мысль о том, что только он достоин царского престола. Авраамий Палицын стал протягивать к упорствующим чудотворную икону Феодоровской Божией Матери, пытаясь с ее помощью добиться согласия, но все было напрасно.
Шесть часов подряд московские посланцы плакали, молились и пытались добиться положительного ответа от народного избранника и его матери. Наконец, Ф. И. Шереметев сказал, что если Михаил окончательно откажется от престола, то в Москве наступят скорбь и печаль, неприятели тут же начнут расхищать страну и раздирать ее на части, а православная вера погибнет. За все это, равно как и за кровь невинных жертв новой междоусобицы, Бог взыщет с Марфы и Михаила. Ведь именно они будут повинны в новых бедах и несчастиях русского народа.