В мирные годы стали бурно развиваться земледелие, ремесла и торговля. Ежегодно в Архангельский порт прибывали до тридцати кораблей из Англии, Голландии и Франции. Иностранные купцы скупали в большом количестве зерно, крупу и меха (на сумму до 50 000 рублей, — очень большую по тем временам), воск, мед, сало (до 40 000 фунтов в год), воловьи шкуры (до 100 000 штук), рыбий клей, ворвань, икру, лен, коноплю, слюду (ее называли русским стеклом) и даже соль. Русским людям они продавали драгоценности, предметы роскоши, пряности, металлические изделия и многое другое. Перечень заморских товаров велик, но в нем нет предметов первой необходимости и основных продуктов питания. Зато присутствуют жемчуг, изумруды, ожерелья, сукна, шелк, сафьян, вина, сахар, изюм, миндаль, лимоны, чернослив, рис, перец, гвоздика, корица, анис, кардамон, имбирь, мускатный орех, медь, олово, железо, свинец, порох, сера, бумага, ладан, зеркала, золотые и серебряные нити, мыло, сандал, киноварь, подсвечники, рукомойники, замки, погребцы, камфара, олифа, кисти и так далее. Все это покупалось представителями знати и было не слишком нужно простым людям, которые сами себя обеспечивали и пищей, и одеждой.
Таким образом, в первые два года правления Годунов стремился быть хорошим хозяином, всем нравиться и выполнять обещание, данное им во время венчания на царство. Писатель начала XVII века Авраамий Палицын сообщал об этом так:
«Двоелетнему же времени прошедшу, и всеми благими Россия цветяше. Царь же Борис о всяком благочестии и о исправлении всех нужных царству вещей зело печашеся. По словеси же своему о бедных и нищих крепце помышляше, и милость к таковым велика от него бываше. Злых же людей лютее изгубляше. И таковых ради строений всенародно всем любезен бысть».
В общении с подданными царь стремился быть приветливым, к челобитчикам проявлял чувствительность и милосердие. По его приказу в Кремле установили особый ящик, куда каждый человек мог опустить грамоту с жалобой или просьбой. Во время поездок государя этот ящик возили вместе с ним. Борис Федорович часто показывался на людях, демонстрируя свою величественную осанку, яркую внешность, степенность, роскошный наряд. Один из современников оставил словесный портрет царя:
«Муж зело чуден, в рассуждении ума доволен и сладкоречив, весьма благоверен и нищелюбив, и строителен зело. О державе своей много попечения имея и многое дивное о себе творяше».
Все знали, что Борис — очень хороший семьянин, ненавидит блуд, жестокость и не склонен к винопитию. Словом, он хотел во всем походить на идеального государя, но это ему не слишком удавалось. Многие замечали, что Годунов склонен к помпезности, очень тщеславен и пытается вознестись на небывалую высоту, слишком любит иностранцев и восхищается всем иноземным, а к русскому относится с некоторым пренебрежением. Он провозгласил себя продолжателем дел царя Федора Ивановича, но на самом деле совсем на него не похож. Некоторые даже стали задаваться вопросом: «А достоин ли Борис царского трона?»
Вполне вероятно, что мнительный Годунов вскоре заподозрил, что подданные относятся к нему совсем не так хорошо, как бы ему хотелось. Желая узнать тайные мысли возможных недругов, он решил официально узаконить систему доносов. В соответствии с ней, любой человек мог сообщить в Челобитный приказ о недоброжелательном отношении к царю или его родственникам кого угодно: своего господина, жены или мужа, сына или дочери и так далее. За донос челобитчик щедро вознаграждался. Например, холоп мог получить свободу, высокий чин и земельные владения виновного. Это привело к всеобщему развращению нравов. Некоторые слуги стали сговариваться между собой и писать поклепы на хозяев. Рассерженные жены строчили доносы на мужей. Даже дети, обиженные за наказания и запреты, пытались государевыми руками посчитаться с родителями.
Но царь Борис не хотел замечать всего этого и, видимо, был очень доволен новой системой. Он даже щедро одарил слугу князя Ф. Д. Шестунова, который рассказал главе Челобитного приказа С. Н. Годунову о недостойном поведении своего хозяина. За это челобитчик получил дворянское звание и поместье. После этого в российском обществе началась «великая смута» — торжество лжи, доносов и ненависти друг к другу. Таких бедствий не было даже при Иване Грозном — жестоком и гневливом правителе.
По приказу государя слежку установили за двоюродными братьями царя Федора — Федором, Александром, Михаилом, Василием и Иваном Романовыми. По крови они были родственниками умершего монарха, поэтому имели больше прав на престол, чем он сам. К тому же Романовы состояли в родстве с наиболее знатными людьми страны: Ф. И. Мстиславким, И. Ф. Троекуровым, Б. К. Черкасским, И. В. Сицким, И. Ю. Голицыным, а также с Шестуновыми, Карповыми, Салтыковыми, Морозовыми и другими. В Боярской думе Романовых и их родственников становилось все больше: Ф. И. Романов, А. Н. Романов, И. В. Сицкий, Б. К. Черкасский, В. К. Черкасский, Ф. Д. Шестунов, И. И. Голицын, Ф. И. Мстиславский, а также несколько окольничих. К тому же у Федора Никитича рос наследник, сын Михаил. Значит, и он мог стать основателем новой династии.
Современники полагали, что по заданию царя С. Н. Годунов смог подкупить одного из слуг А. Н. Романова, который подбросил в кладовую хозяина мешочек с ядовитыми корешками и написал донос. В Челобитном приказе тут же дали задание окольничему М. М. Салтыкову произвести обыск в доме Романова. Корешки были найдены и отправлены к патриарху Иову для расследования «дела».
Иерарх решил почему-то, что Романовы вознамерились отравить царя Бориса, хотя корешки могли храниться у них и для совершенно других целей. Всех братьев сразу же арестовали, и началось следствие. Оно продолжалось полгода — с конца 1600 по июнь 1601-го. Видимо, не так-то просто было найти улики против невинных людей.
Наконец, на Боярской думе был оглашен приговор: братья Романовы объявлялись государственными преступниками, замыслившими извести законного царя и сесть на престол. За это старший, Федор Никитич, был пострижен в монахи под именем Филарета и отправлен под надзор монахов Антониева-Сийско-го монастыря на север. Его жена стала монахиней Марфой в Заонежье. Их маленьких детей, Михаила и Татьяну, заключили в Белозерскую тюрьму вместе с тетками: Марфой Никитичной — женой Б. К. Черкасского и Анастасией Никитичной. Главного «преступника», Александра Никитича, сослали к Белому морю в небольшой городок. Там надзиратель по приказу из Москвы отравил узника угарным газом. Михаила Никитича поместили в земляную тюрьму в селе Ныроба около Чердыни, где он вскоре скончался от нечеловеческих условий жизни. Василий Никитич в кандалах был отправлен в Сибирь. Вскоре у него началась гангрена, и он умер в Пелыме в страшных муках. Выжить удалось лишь Ивану Никитичу, но и его состояние было очень тяжелым — от переживаний его разбил паралич.
С конца 1601 по 1602 год в Москву приходили вести о кончине то одного, то другого узника. К братьям Романовым добавились: князь Б. К. Черкасский (умер от заболевания, похожего на проказу), потом — князь И. В. Сицкий (замерз по дороге в место ссылки), его жена Евфимия Никитична (умерла в монастыре от переживаний).
Все эти известия вызывали глухой ропот у знати. Ведь еще совсем недавно Годунов клялся, что никого не будет казнить в течение пяти лет. Однако не прошло и четырех лет, как заслуженные и уважаемые люди из древних родов начали умирать один за другим. Всем стало ясно, что царь Борис вовсе не являлся наследником милостивого и справедливого Федора Ивановича. Он шел по стопам яростного, мнительного и подозрительного Ивана Грозного. Получалось, что Годунов обманул своих избирателей и, следовательно, захватил престол незаконно.
Расправа над Романовыми и их родственниками окончательно оттолкнула большинство представителей знати от Бориса Федоровича. Они уже не желали быть опорой его трона и готовились служить другому, более достойному претенденту на корону.
Возможно, царь догадался о настроениях, распространившихся в российском обществе, и поэтому решил облегчить участь узников. Жене Федора Никитича, Ксении-Марфе, позволили с детьми и родственниками переселиться в село Клин Юрьевского уезда. Там им за казенный счет сшили новую одежду, поскольку прежняя обветшала, и стали выделять достаточное количество продуктов питания: овощей, молока, яиц, мяса. Однако их здоровье было окончательно подорвано: Ксению-Марфу до конца жизни мучили нервные припадки, Татьяна страдала от малокровия, Михаил — от цинги, Марфа Никитична — от заболевания ног.