Одновременно с этим, в ограде, постоянно расширявшейся, воздвигались одна за другой церкви: преп. Никона в 1548 г.; вторая церковь Троицы в 1559; собор Успения в 1585 г.; храм архангела Михаила в 1621; царский дворец из плит, келии для монахов, кладовые и обширные службы. В настоящее время насчитывается тринадцать церквей. Игумен, понятно, был возведен в архимандриты, и монастырь стал называться лаврою, от греческого ? a ? ? a , что означает переулок, перекресток, обнесенное оградою место. У греков этим именем обозначали те монастыри, в которых монахи жили в отдельных кельях, а в Московии этому название придавался особенный почетный смысл.
Богатства этого монастыря, с давних пор вошедшие в поговорку, разумеется, были преувеличены. Опись, произведенная в 1641 г., дает очень интересные и точные указания: 13 861 рубль наличными в кассах, помимо значительных сумм на руках у разных должников; 19 044 четверти хлеба в житницах, помимо запасов, хранившихся в пятнадцати монастырских владениях; 15 581 штука крупной копченой рыбы в кладовых, не считая мелкой рыбы; 51 бочонок пива и меду; 3 358 пудов меду; 431 лошадь в конюшнях, не считая лошадей, взятых на пашню.[311] Эти цифры, бесспорно, свидетельствуют об огромном богатстве, а одно завещание того времени [312] знакомит нас, каким путем накоплялось такое богатство: завещательница Агафья Яковлевна Волынская определяет архимандриту Дионисию и его монахам все свои наличные деньги, все свободные запасы хлеба, а также целую деревню со всеми ее угодьями. Тем не менее, несметные сокровища, которые народное воображение представляло собранными в этом месте, были всегда только в области басен.
Укрепление монастыря велось со времени самого его основания. С 1515 г. старинные деревянные ограды, неоднократно сожигаемые татарами, постепенно заменялись каменными стенами, существующими и поныне. На протяжении приблизительно 1 926 метров вышина их колеблется между 11 и 21 метрами, применительно к неровностям почвы, а их толщина, включая сюда и идущую вдоль всей стены внутреннюю крытую галерею, доходит до девяти метров. По бокам ограды шли бастионы, первоначальное число которых нельзя определить. В 1641 г. их было двенадцать; нынче сохранилось их девять. В одном из них показывают посетителям знаменитый "каменный мешок", столб, пустой внутри, от трех до шести метров толщины, в который, будто бы, Грозный сбрасывал свои жертвы. Приговоренные падали в яму, снабженную острыми ножами. Но бастион, о котором сложилось это мрачное предание, был сооружен только при Михаиле Феодоровиче, и ничем не доказано, что он служил когда-либо пожизненной темницей. В инвентаре 1641 г. упоминается о девяноста пушках, из которых одна выбрасывала снаряды в пять пудов. Пушки малого калибра преобладали; дополнением к ним служили медные бочки или чаны, которые наполнялись горящей смолой или кипящей водой. Ворот, как и в настоящее время, было четырнадцать.
В целом наружный вид монастыря сильно изменился со времени знаменитой осады. И самые церкви украсились по-новому. В храме Св. Троицы в двух иконах сохранились следы от польских ядер; но дворец Иоанна Грозного исчез; на его месте возникло множество построек нового стиля; тут поместилась также академия; на этих зданиях блещут во всем своем ужасном безобразии самые неуклюжие образцы казенной архитектуры. Новейшими оказываются в большинстве также и драгоценные предметы в ризнице храма, выставленные, впрочем, вовсе не для того, чтобы поражать или тем более ласкать взоры богомольцев. Там же благоговейно хранятся кое-какие остатки былого великолепия; но наиболее ценимые из тех, которые могли бы попасть в руки осаждавших в 1608 г., не могли соблазнить их и возбудить их алчности: это были принадлежности богослужения - чаща, дискос, употреблявшиеся, как думают, еще св. Сергием и св. Никоном. Они - деревянные, расписанные грубыми рисунками на красном фоне.