Трудно сказать, чем отличался черновик дела от итогового варианта, составленного в Москве, поскольку самого черновика не сохранилось. Однако сама перебелка документа не может быть доказательством того, что итоги следствия подделаны. То, что показания угличан относительно смерти царевича следуют определенному словесному формуляру, скорее является особенностью делопроизводства того времени. Много ли можно было добавить к фразе «и ево о землю бросило и он накололся ножом сам»? Нельзя отрицать и вины Нагих в убийстве дьяка, бывшего в Угличе агентом Годунова. Автору этих строк представляется маловероятной мистификация итогов следствия, а вместе с этим и версия об убийстве царевича агентами Годунова. Получается, что за ней ничего не стоит, кроме убеждения, что Борису была выгодна смерть царевича, запутанного делопроизводства «обыскного» дела и слухов, распространявшихся современниками. Известно, что «рабоцаря» обвиняли в убийстве чуть ли не всех венценосных особ — Грозного, царя Федора, царицы Ирины, своей сестры, и даже жениха дочери Ксении, королевича Иоганна. Таким образом, слухи являются не более чем слухами. Тем не менее версию о причастности Годунова к смерти потенциального конкурента не следует сбрасывать со счета.
В. Б. Кобрин, рассмотрев все возможные варианты развития событий угличской трагедии 15 мая 1591 г., выдвинул свою, весьма интересную версию событий. Историк пишет, что «если мальчику-эпилептику дать в руки нож или свайку, да еще в период учащения припадков, то ждать конца пришлось бы недолго. Именно такой путь — наиболее безопасный для правителя, не оставляющий следов, — соответствовал психологии Бориса Годунова, человека, всегда стремившегося покончить со своими врагами тихо, без шума и театральных эффектов». Не была ли исполнительницей этого замысла мамка Василиса Волохова? Обратим внимание, что царевич умер на руках у Арины Тучковой, а царица Мария принялась избивать Василису Волохову. Затем царица обвинила в смерти Дмитрия сына Волоховой, Осипа, и тот сразу же был убит. Свидетели указывают, что Осипа «привели к царице вверх к церкве к Спасу, и тут ево перед царицею убили до смерти», а затем издевались над трупом. Не сработал ли тут древний принцип «око за око, зуб за зуб»? Да и сама Волохова едва осталась жива после побоев, нанесенных ей царицей, а потом и ее братом, Григорием Федоровичем Нагим.
Наконец, недавно историк Л. В. Столярова и медик П. В. Белоусов пришли к иной, пожалуй, наиболее естественной, но для нас неожиданной версии событий. Исследовав показания свидетелей в следственном деле, а также другие свидетельства источников, авторы этой гипотезы пришли к выводу о том, что царевич умер во время тяжелого припадка эпилепсии. Его болезнь постепенно прогрессировала, что и привело к такому концу. Была ли в предсмертных конвульсиях им нанесена самим себе ножевая рана, или это лишь показалось современникам, в таком случае уже неважно. Она не могла стать причиной летального исхода. Эта версия освобождает Бориса Годунова от обвинений в убийстве, но и она не дает ответа на все возможные вопросы. Какова была роль ножевого ранения на шее царевича и как оно появилось? С чем связаны загадки следственного дела? Почему следственная комиссия так упорно держалась диагноза «самозаклание», не указав на истинную причину гибели царевича — «падучую болезнь»?