Не менее важными были и экономические последствия опричной политики. Большинство пахотных земель в центре государства запустели. По данным писцовых книг 1580-х гг., в новгородской Деревской пятине «в пусте» лежали 98 % земель, на соседних, тверских землях, запустение охватило 70 % пашни, в Московском уезде — 84 %. Писцы честно отмечали в книгах причины запустения — одного крестьянина убили опричники, а его сыновья сбежали, спасаясь от расправы, другой был ограблен и пошел скитаться по Руси, третий — убит ливонскими «немцами».
Тысячи крестьян были убиты или бежали от опричного террора на окраины страны (в первую очередь, на юге и в Поволжье). Правительство пыталось решить эту проблему запретом «крестьянского выхода» (ухода от землевладельца), но крестьяне продолжали бежать, а недовольство усиливалось. Произведенные опричниной опустошения усугублялись многократным усилением налогов для ведения разорительной двадцатипятилетней войны за Ливонию, нашествиями татар и эпидемиями чумы.
Очевидно, что своими корнями Смутное время уходит в эпоху Ивана Грозного, переломным моментом которой является опричнина. Опричнина вызвала раскол в правящем сословии, посеяла вражду и ненависть среди некогда единой и составлявшей главную опору власти московских государей социальной группы — «двора», включавшей боярство и наиболее значимые дворянские роды. Глубокий экономический кризис вынудил правительство Ивана Грозною и его преемника царя Федора Ивановича принять меры к запрещению «крестьянского выхода», что вызвало массовое недовольство крестьян и в дальнейшем привело к возникновению крепостного права.
Иван Грозный положил начало и еще одному кризису — династическому. В 1581 г. царь в гневе ударил своего старшего сына и наследника царевича Ивана Ивановича посохом в висок и нанес ему смертельную рану. Второй сын Грозного — Федор — из-за физической слабости и по складу своего характера был не способен полноценно нести бремя государственного управления. Младшему сыну, царевичу Дмитрию, ко времени кончины отца было всего два года. Таким образом, в роду московских государей не было личности, способной разрешить трудную задачу по выходу из кризиса, да и сама династия оказалась под угрозой прекращения.
Третьей составляющей кризисного процесса, охватившего Россию к концу правления Ивана Грозного, был кризис, который можно охарактеризовать современным термином «идеологический». Московское самодержавие, сформировавшееся во второй половине XV-первой половине XVI в., опиралось на византийское учение о божественном характере царской власти. На Руси были широко известны слова византийского писателя VI в. Агапита: «Естеством бо земным подобен есть всякому человеку царь, властию же сана, яко Бог». Падение Византии под ударом турок в 1453 г. привело к тому, что, согласно русским представлением, роль общемирового центра православия перешла к России, а роль императора как главы всех христиан и всего тварного мира — к русскому царю.
Наиболее четко выразил эти представления видный церковный деятель и писатель преподобный Иосиф Волоцкий (1439–1515). В послании к Василию III он характеризовал власть московского государя как абсолютную и неограниченную, которая распространяется не только на светскую, но и на церковную сферу. Главные обязанности государя, за которые он несет ответ перед Богом, — соблюдение порядка в обществе, правый суд, наказание «неправды». При этом государь, будучи блюстителем чистоты веры, должен «казнить» не только за «татьбу и разбой», по и за еретичество.
О широком распространении представлений о безграничной власти царя свидетельствуют многочисленные описания иностранцев и русские источники. На Руси была широко распространена весьма характерная пословица: «Ведает Бог да великий государь», приравнивающая царя к Богу в познании истины.
Но в то же время Иосиф Волоцкий четко различал самодержавие и деспотизм. Государь, согласно Иосифу Волоцкому, должен опираться, прежде всего, на «правду», на соблюдение божественных законов. Если царь, властвуя над людьми, «над собою же имеет» царствующими скверные «страсти и грехи, сребролюбие же и гнев, лукавство и неправду, гордость и ярость», — «таковой царь не Божий слуга, но диавола, и не царь, но мучитель». Такому царю, «на нечестие и лукавство» приводящему людей, не подобает подчиняться, даже если это грозит смертью.