Первоначально роман публиковался в газете «Вестник Прованса» (начиная с 1 марта 1867 г.), а затем выходил отдельными частями в марсельском издательстве. Первая и вторая части увидели свет в 1867 году, третья часть — в 1868 году.
Жизненная необходимость побудила Золя взяться за труд, во многом чуждый его склонностям и вкусам. «Марсельские тайны» написаны в традициях остросюжетного романа-фельетона, общепризнанными мастерами которого во Франции считались автор «Парижских тайн» Эжен Сю и Дюма-отец. «Марсельским тайнам» присущи все жанровые особенности романа-фельетона: и описание необузданных страстей, и поединок между благородством и подлостью, и неисправимые злодеи, и кающиеся грешники; тут есть похищение и слежка, погоня и дуэль, месть и возмездие. Несмотря на явные слабости романа, Золя дорожил этим произведением. Именно в ном писатель впервые использовал принцип документальности, который впоследствии широко применит в своем творчестве. Золя внимательно проанализировал судебную хронику Марселя, газетные публикации, передающие атмосферу 1848 года, и собственно исторические документы.
Заключительные главы романа повествуют о реакции марсельской аристократии и буржуазии на февральскую революцию 1848 года и об июньских событиях 1848 года. В первом издании «Марсельские тайны» сопровождались подзаголовком: «Современный исторический роман».
Неправомерно было бы требовать исторической глубины от книги, которая мыслилась как остросюжетный роман. Золя, например, не ставил перед собой задачи широко и всесторонне воссоздать картину восстания марсельских рабочих. Революция рисуется им как стихийный бунт неорганизованной толпы. Однако знаменательно, что в «Марсельских тайнах» Золя в рамках романа-фельетона пытается подойти к бальзаковской теме власти денег, жажды наживы, погони за наследством. А главное, в «Марсельских тайнах» история перестает быть фоном и те, кто ее творит, выступают на авансцену. Впервые в своем творчестве Золя рисует огромную людскую массу. Беглыми, но точными штрихами он запечатлел и тот романтический порыв, который воодушевляет обездоленных, и ту ненависть и страх, которые внушают восставшие аристократам и буржуа, жаждущим лишь одной свободы — свободы загребать миллионы.
Художнику, правда, кажется, что толпа не отдает себе отчета в своих действиях, подвластная лишь физическому закону инерции: «Точно так же катился бы брошенный с горы огромный камень». Но он сочувствует именно этой толпе, а не лавочникам и аристократам, которые призывают гвардейцев раздавить «чернь».
Художественно достоверную картину революционного возмущения тружеников Золя создаст три года спустя — в романе «Карьера Ругонов». «Марсельские тайны» — своеобразный пролог к нему. Золя здесь не только выступил в защиту республики, но и впервые в своем творчестве подошел к проблеме антагонизма между буржуа и рабочими. Симпатии Золя на стороне тех, от кого зависит «спасение мира». «Я говорю о народе, об этом труженике-великане, который, несмотря на путы, стесняющие его движения, непрерывно продолжает дело мира и свободы». Так писал Золя в 1869 году, тем самым подтверждая справедливость идеи, провозглашенной одним из героев «Марсельских тайн»: «Нация — это рабочие, трудящиеся». Дворянство же, по убеждению Золя, противопоставив себя народу, паразитирует в теле нации. «Мы гордимся своим пустым существованием. Мы не работаем, ибо презираем труд, — обличает де Жирус неизлечимые пороки аристократии. — Простолюдины, с их заскорузлыми руками, внушают нам мистический ужас…»
В тексте романа рассеяно немало острых, проницательных характеристик, изобличающих политическую реакционность и духовное убожество буржуазии, «готовой удовлетвориться призраком свободы», да и то подчинив ее своей выгоде. Намеченная в «Марсельских тайнах», тема эта займет центральное место в романах «Жерминаль» и «Разгром».
В «Марсельских тайнах» намечены и образы отвратительных хищников, которые являются как бы эскизами к портретной галерее честолюбцев, авантюристов, рантье, биржевиков, так ярко изображенных в «Ругон-Маккарах». В «Марсельских тайнах» уже звучит одна из основных тем творчества зрелого Золя: анализ целей, которые преследует человек-собственник, и средств, которые он использует для их достижения. Одна из ярких страниц романа — характеристика тех путей, которые привели к богатству присяжных заседателей. Художник рассказывает, как один разбогател, обманув приятеля, другой — торгуя живым товаром, третий — продав свою жену и дочь, четвертый — разорив своих кредиторов, и т. д.