В романе «Мадлена Фера» гибель героини имеет иной смысл: она бросается навстречу смерти, пытаясь спастись от фатальных «велений плоти», превративших ее «в израненное животное». Физиологическая обусловленность поведения персонажей сочетается здесь с романтическими мотивами, перенесенными автором из пьесы «Мадлена». К ним относятся и тема безысходного бегства героев, и заостренные до гротеска образы Женевьевы и Луизы, и черты романтической незащищенности и отрешенности от житейской прозы, свойственные основным героям романа.
Но если в пьесе путь к свободе героине преграждали различные жизненные обстоятельства, которые «губили» ее в глазах «порядочных» людей, то в романе Мадлена не может спастись прежде всего от самой себя. Ни исступленная любовь Гийома, ни зловещие прорицания Женевьевы, ни даже материнское чувство — ничто не в силах заглушить в ней властный голос плоти, неудержимый порыв к Жаку, который впервые пробудил в ней женский инстинкт. «Я заимствовал эту мысль у Мишле и у доктора Люка, — пояснял Золя идею романа, — и строго и последовательно драматизировал ее. Не могу согласиться с тем, что я способен задеть общественные нравы, создавая медицинский этюд, смысл которого, по моему мнению, высоконравствен. Цель его — показать нерасторжимость брачных уз с точки зрения физиологической».
Подчинив повествование идее физиологической предопределенности, Золя тем не менее в процессе создания романа порою преодолевает узкие рамки натуралистической схемы и часто усматривает мотивы поведения героев во влиянии социальной среды, в системе буржуазного воспитания, рисует правдивые сцены парижской и провинциальной жизни.
От натуралистической схематизации особенно пострадали главные герои, но и в их психологических портретах встречается немало точных и верных штрихов.
Гийом — это человек без жизненной перспективы, бездействующий и страшащийся будущего. Оно «представлялось ему, как и настоящее, бесконечным любовным сном, чередою похожих друг на друга и одинаково счастливых дней… Он лелеял дорогую мечту дожить так до самой смерти, не ведая ничего иного, кроме этого застывшего существования, лишенного всяких событий… Он отдыхал душой и желал, чтобы это длилось вечно». Так обнажает художник духовный индифферентизм Гийома.
Его образ, даже если судить по этой характеристике, мог бы стать острой сатирой на романтического героя, чья духовная апатия, полудремотное существование порождены общественной пассивностью, смирением перед миром торгашеского эгоизма. Натуралистическое низведение его до уровня «затравленного животного» противоречило той действительной метаморфозе, которую претерпел в литературе романтический герой после 1848 года и которую так тонко уловил Флобер в образе Фредерика Моро, героя романа «Воспитание чувств» (1869).
Противоречия в образе Мадлены особенно ощутимы. Материал романа дает возможность усмотреть ее подлинную драму не в «роковой» встрече с Жаком, а в том, что, проведя десять лет в степах душного, как тюрьма, пансиона, Мадлена попадает в сети растленного богача. Вырвавшись из этого капкана, она очутилась на улице и доверчиво последовала за Жаком, который под маской беззаботного жуира прятал душевную черствость и холодный расчет. Бросив ее, как ненужную вещь, Жак сокрушил в ней веру в себя. Мадлена хочет бежать в монастырь. Гийом спасает ее от монашеского затворничества, заживо погребя в мрачных покоях Нуарода. Для непосредственной и жизнелюбивой Мадлены это было равносильно смерти.
Натуралистическая мотивировка мыслей, чувствований и поступков героев уводила художника в сторону от жизненной драмы, порождала сюжетный и композиционный схематизм (например, «воскрешение» Жака, случайные встречи героев в гостиницах).