Такой журнал, конечно, не мог быть напечатан. Представленный в полицию, он был запрещен. Имя издателя было известно — это «сочинитель «Недоросля». После «Недоросля» и «Нескольких вопросов», напечатанных в «Собеседнике», после «Жизни Н. И. Панина» Екатерина решила покончить с деятельностью Фонвизина-писателя, запретив ему печататься. Но ненавистный Екатерине писатель не унимался и в новом журнале отважно взял на себя миссию быть «стражем общего блага». Несомненно, что полиция получила указание не допускать более к печати новых сочинений Фонвизина. Оттого и был запрещен «Друг честных людей, или Стародум».
Последние годы жизни Фонвизина прошли в жестокой и трагической борьбе с императрицей. Он самоотверженно и изобретательно искал пути к читателю. Вот почему немедленно после запрещения журнала Фонвизин решает издать полное собрание своих сочинений, куда бы вошли все произведения, предназначавшиеся для «Друга честных людей». Но и собрание сочинений было в том же 1788 году запрещено. Тогда Фонвизин задумал издавать новый журнал, уже в Москве, и не один, а в содружестве с другими писателями. Журнал должен был называться «Московские сочинения». Фонвизин уже выработал его программу, но света не увидел и этот журнал. Екатерина к этому времени решила прекратить деятельность не только Фонвизина, но и просветителя Новикова, с 1779 года развернувшего свою деятельность в Москве. В 1789 году у Новикова была отнята типография Московского университета, которую он арендовал десять лет. Не исключена возможность, что «Московские сочинения» нельзя было печатать в Москве именно в результате начавшихся активных преследований правительством Новикова.
В это же время Радищев, закончив свои революционные произведения — оду «Вольность», «Житие Ф. В. Ушакова», «Путешествие из Петербурга в Москву», начинает, как и Фонвизин, искать типографию для издания. Поиски в Петербурге и Москве не привели ни к чему. Тогда он решает создать типографию у себя дома, купив печатный станок для этого. Книгу он печатал сам, с помощью своих друзей. В мае 1790 года в книжной лавке купца Зотова, расположенной в Гостином дворе, уже продавалось «Путешествие из Петербурга в Москву». А 30 июня того же года Радищева арестовали и посадили в Петропавловскую крепость. Екатерина открыто перешла к политике полной ликвидации деятельности русских просветителей.
Тогда же болезнь с новой силой обрушилась на Фонвизина. В течение 1791 года его четырежды поражал апоплексический удар. Тяжелобольной, затравленный Екатериной, лишенный возможности работать, Фонвизин испытывает временно приступ религиозного раскаяния. В таком состоянии он написал по случаю смерти Потемкина «Рассуждение о суетной жизни человеческой», в котором пытался объявить греховной всю свою прежнюю литературную деятельность. «Всем, знающим меня, известно, что я стражду сам от следствия удара апоплексического... Но господь... отвращал вознесшуюся на меня злобу смерти. Его святой воле угодно было лишить меня руки, ноги и части употребления языка... Всевидец, зная, что таланты мои могут быть более вредны, нежели полезны, отнял у меня самого способы изъясняться словесно и письменно».
В эту же пору, видимо, начато было последнее произведение — автобиографическая повесть «Чистосердечные признания в делах моих и помышлениях». Пример великого Руссо, написавшего свою автобиографию «Исповедь», вдохновлял его. Сохранившиеся отрывки «Чистосердечного признания» свидетельствуют, что когда большой писатель начинал подробно описывать дела своей юности, в нем вновь просыпался сатирик, который зло и беспощадно осмеивал нравы дворянского общества.
До самой смерти Фонвизин работал, жил деятельно, напряженно, в тесной связи с современными ему литераторами. В конце 80-х годов он устанавливает связь с молодым переводчиком и издателем Петром Богдановичем. Он договорился с ним об издании полного собрания своих сочинений. Несмотря на болезнь, писатель подготовил 5 томов этого собрания, включив вновь туда запрещенные статьи из «Друга честных людей». Это — лучшее свидетельство того, что Фонвизин ни в чем не раскаялся в конце своей жизни и по-прежнему желал своими сатирическими и политическими сочинениями бороться с Екатериной и служить своему отечеству. Когда это издание, почти доведенное до конца, было запрещено, Фонвизин, понимая, что дни его сочтены, передал все рукописи Петру Богдановичу для издания их в будущем.
И. И. Дмитриев сохранил в своих мемуарах рассказ о встрече с писателем в доме Державина 30 ноября 1792 года, за день до его смерти. «В шесть часов пополудни приехал Фонвизин. Увидя его в первый раз, я вздрогнул и почувствовал всю бедность и тщету человеческую. Он вступил в кабинет Державина, поддерживаемый двумя молодыми офицерами... Уже он не мог владеть одною рукою, равно и одна нога одеревенела: обе поражены были параличом; говорил с крайним усилием и каждое слово произносил голосом охриплым и диким, но большие глаза его быстро сверкали».