В том же самом 1601 году имел место заговор Эссекса. Заговорщики просили «своих» актеров, т. е. труппу Шекспира, сыграть им «Ричарда II». 7 февраля накануне восстания заговорщики направились в театр смотреть «Ричарда II». Уже через неделю и несколько дней им пришлось давать показания следователю об организации этого спектакля. Он не имел никаких дурных последствий для труппы, театра и автора представления, но все его молодые покровители исчезли. Граф Эссекс был казнен, граф Саутгемптон и граф Рэтленд (Роджер Меннерс) оказались в заключении пожизненно. Случай с «Ричардом II» показал, что система патронирования вельможами – недостаточная гарантия идеологического соответствия театрального репертуара взглядам королевы, и она поручила Фрэнсису Бэкону, бывшему прокурором по делу Эссекса, разработать проект непосредственного подчинения актеров королевскому двору.
Эта реформа была проведена уже ее преемником Яковом Стюартом. Труппа Шекспира была объявлена королевской, а главные актеры, в том числе и Шекспир, получили звание камер-юнкеров. К этому времени компания Бёрбеджа уже располагала двумя помещениями (театр «Глобус» и зал бывшего монастыря «Черных монахов» на территории города). Она могла выдержать конкуренцию в «театральной войне», поднятой лондонскими драматургами Джоном Мерстоном и Томасом Деккером против Бена Джонсона, в сезоны 1600–1601 годов. «Глобус» выступал на стороне Мерстона и одно время был так тесним детской группой, игравшей полемические пьесы Бена Джонсона, что, по признанию Шекспира (в «Гамлете»), готов был сдаться и позволить противнику получить в виде трофея статую Геркулеса, несущего земной шар с надписью: «Весь мир играет комедию» (отсюда и название театра «Глобус»). Пьеса Шекспира, непосредственно направленная против Бена Джонсона, тем не менее неизвестна. Остается предположить, что ею считалась «Троил и Крессида» (1601–1602), начатая Шекспиром и дописанная Джоном Мерстоном; в лице Аякса полагают выведенным Джонсона.
Приход к власти Якова I был ознаменован новой переработкой «Гамлета» и наступлением эпохи наиболее совершенных созданий Шекспира – трагического цикла. Возможно, что в это время дописывались сонеты. Тот сонет, в котором описано освобождение узника в нежный весенний день, может быть с большим вероятием отнесен к освобождению графа Саутгемптона и его товарищей по распоряжению нового короля.
С небольшим перерывом на создание комедии «Мера за меру» (написанной по старому тексту в обработке Чапмена) последовали три трагедии, считающиеся венцом творчества Шекспира: «Отелло» (1604–1605), «Король Лир» (1605–1606) и «Макбет» (1605–1606). За этим циклом последовал ряд исторических трагедий, дань развивавшемуся увлечению классической древностью (течение Джорджа Чапмена и Бена Джонсона): «Антоний и Клеопатра» (1606–1607), «Кориолан» (1607–1608), «Тимон Афинский» (1607–1608). Последняя трагедия была лишь начата Шекспиром и дописана молодым драматургом Филипом Мессинджером. Несколько большее участие Шекспир принял в комедии «Перикл» (написана не ранее 1608 года, напечатана в 1609-м). Первые издатели сочинений Шекспира не включили ее в состав его произведений. За классическими трагедиями последовал период «романтических комедий». Они были сыграны в 1611 году и написаны тогда же или в 1610-м. Это «Цимбелин», «Зимняя сказка» (по роману Роберта Грина) и «Буря». В этих комедиях главное место уделяется приключенческой интриге, разработанной с большой тщательностью и построенной не на последовательном развитии характера героев, а на смене драматических положений. Эта новая техника драмы была введена молодыми драматургами Фрэнсисом Бомонтом и Джоном Флетчером. Труппа Шекспира давала эти пьесы в зале монастыря «Черных монахов». Влияние новаторов вскоре перешло в сотрудничество, и Шекспир переработал текст Флетчера в хронике «Генрих VIII» (вошла в 1-е издание под именем Шекспира) и в комедии «Два знатных родича»; обе пьесы относятся к 1612–1613 годам.
В 1600 году некто Елиазар Эдгар представил в цензуру рукопись сборника сонетов «Дж(он?) Д(эвис?), с некоторыми сонетами У. Ш.», но, получив разрешение, книги не напечатал. В 1609 году Томас Торн (предприимчивый издатель, известный публикацией украденных из театра рукописей) издал «Шекспировы сонеты, доселе не издававшиеся» и посвятил книгу «единственному собственнику рукописей мистеру W. H.». Книга эта при выходе была немедленно изъята из продажи и уничтожена. Сохранилось не больше 25 экземпляров. Шекспир как автор сонетов часто упоминается современниками, очень ценившими его «сладкозвучные» стихотворения. Не все сонеты сборника подходят под такое определение; книга объединяет множество стихотворений, мало похожих на лирические произведения Шекспира, чуждые ему по лексике и строению предложений. Существует более 30 гипотез, истолковывающих эти особенности и отличия, причины исчезновения книги с рынка, а также поиски имени «собственника рукописи», но окончательного решения так и не найдено.