После митинга в Боскоммоне Парнель вдруг почувствовал себя нехорошо и отправился сейчас же в Брайтон, где жил на загородной даче с женой. Приехав домой, он немедленно слег в постель. Страшные ревматические боли мучили его. Следующие дни он провел в постели; послали за врачом. Тот не мог сначала разобрать, какая это болезнь, и только потом решил, что имеет дело с обостренным ревматизмом. Парнель уже через 3 дня после начала болезни понял и высказывал, что его положение опасно. Жена не отходила от него ни на шаг; терпение его при этих муках изумляло врача Джоуэрса и всех окружающих. Болезнь быстро прогрессировала; расшатанный трудами и волнениями организм оказывался замечательно пригодной для того почвой. Жена в исступлении от горя отказывалась верить врачу, но сам Парнель выражал твердое убеждение, что умрет. Спокойствие не покидало его ни на минуту. На седьмой день болезни у него начал отниматься язык. «Передайте мою любовь друзьям моим и Ирландии, — сказал он, — вот если бы в ее страданиях за ней так ухаживали, как за мной!» Больше он уже ничего не говорил, а только глядел на свою жену и силился улыбнуться. Вечером 7 октября над Брайтоном разразилась страшная буря, и при шуме ветра, врывавшемся в комнату, началась и окончилась агония. Он скончался в половине двенадцатого ночи.
Когда слух о его смерти разнесся по Ирландии, были забыты все деления на партии, все ссоры и несогласия последнего года. Маккартисты наперерыв старались еще раз оправдать свое поведение и засвидетельствовать свою печаль; духовенство говорило, что покойник был великий человек, которого соблазнили темные силы на горе его родины. Массы ирландского народа выказывали искреннее и глубокое отчаяние; в Дублине и других городах магазины и театры были закрыты в день похорон (11 октября). Двухсоттысячная толпа провожала гроб; громкие рыдания не прекращались в течение всей длинной дороги до дублинского кладбища. Правительство боялось, что вспыхнут беспорядки, и усилило полицейские отряды. Редакция изменившего Парнелю «Журнала Фримана» охранялась одним из таких отрядов, так как опасались насилий со стороны толпы. На стенах дублинских улиц, через которые шел траурный кортеж, были расклеены афиши с надписями: «Замучен англичанами».
Ввиду того, что на последнем митинге (в Боскоммоне) Парнель казался совершенно здоровым, а смерть постигла его всего через 10 дней, распространилась молва, что он покончил с собой. Ревматизмом он начал страдать незадолго до смерти, так что многие не верили разъяснениям врача. Жена его находилась в таком состоянии, что видеть ее и говорить с ней нельзя было, и это также способствовало тому, что слух долго держался. Но даже те, которые не приписывали смерть самоубийству, говорили и писали, что Парнеля загнала в могилу общая и дружная травля последнего времени. Многие (в том числе и Гладстон) полагали, что смерть Парнеля принесёт известную пользу Ирландии в том отношении, что прекратит рознь среди ирландской партии, усилит этим оппозицию против Салисбюри, кабинет будет низвержен, и либералы, получив власть, скорее смогут провести гомруль. Но так в большинстве случаев говорили гомрулеры-англичане; ирландский же народ ничем не утешал себя в своем горе. «Все погибло, — сказал один оратор на народном митинге в Дублине, — коршуны, заклевавшие Парнеля, заклюют и Ирландию».