Последнее длительное пребывание Гоббса во Франции сыграло огромную роль в его философской деятельности. Здесь он познакомился с научными и философскими идеями Р. Декарта (1596 -1650), получавшими все большее распространение. Хотя сам французский философ жил в Нидерландах (во время пребывания в Париже в 1648 г. он познакомился с Гоббсом), через Мерсенна Гоббсу была передана рукопись важнейшего философского произведения Декарта – «Метафизические размышления». Философ написал на нее «Возражения» с сенсуалистическо-материалистических позиций. В 1642 г. это произведение было опубликовано Декартом вместе с «Возражениями» Гоббса, Гассенди и других философов (и теологов) и с «Ответами» на эти «Возражения» самого автора.
Полемика с Декартом способствовала выработке Гоббсом оригинальой и стройной системы философских воззрений. Но главный его интерес был по-прежнему сосредоточен на социальных вопросах, которые оставались сверхактуальными для Англии, где началась революция и гражданская война. Это объясняет, почему обнародование своей системы Гоббс начал с третьей (последней) ее части, которую он назвал «О гражданине» (издано в 1642 г. в Париже на латинском языке, в 1647 г. появилось второе издание в Амстердаме, большим тиражом). Из других событий парижской жизни Гоббса следует указать на его весьма важный диспут в 1646 г. с епископом Бремхоллом по сложному вопросу о свободе человеческой воли. В том же году философ стал преподавать математику проживавшему в Париже сыну Карла I принцу Уэльскому (будущему Карлу II). Роялисты, введенные в заблуждение защитой Гоббсом сильной и централизованной государственной власти, видели в нем солидарного с ними теоретика. Но они весьма заблуждались. Это стало ясно, когда в 1651 г. в Лондоне было опубликовано самое обширное (и самое знаменитое) произведение Гоббса «Левиафан, или Материя, форма и власть государства церковного и гражданского» (на английском языке). Оно представляло не только новую и более радикальную редакцию сочинения «О гражданине» – его первая часть трактовала общефилософские вопросы (включая вопросы истолкования человеческой природы). Вскоре после выхода этого произведения Гоббс переехал в Лондон, где Кромвель торжествовал победу как над роялистами, так и над революционной стихией народных масс. Он одобрительно отнесся к возвращению Гоббса. Здесь, на родине, философ завершил изложение своей системы, опубликовав в 1655 г. сочинение «О теле» (на латинском языке), а в 1658 г. сочинение «О человеке» (тоже на латинском языке). Три главных произведения: «О теле», «О человеке» и «О гражданине», отличающиеся единством замысла и исполнения, носят общий заголовок – «Основ философии».
В годы реставрации Карла II Гоббс переживал весьма трудные времена. Роялистская и в особенности клерикальная реакция подвергла философа травле, обвиняя его прежде всего в атеизме – весьма распространенное и опасное в те времена обвинение («О гражданине» и «Левиафан» были включены папской курией в «Список запрещенных книг»). Отводя эти (и другие) обвинения, Гоббс был вынужден защищаться в небольших специальных работах. В 1668 г. в Амстердаме появилось издание на латинском языке «Левиафана», в которое автор внес ряд изменений, затемняющих его симпатии к передовой государственности, функционирующей в соответствии со строжайшей законностью, и его глубокую вражду к клерикальным посягательствам на нее. Характерно и то, что здесь же автор усиливал выпады против мятежей, в которых проявлялась в период революции энергия народа, поскольку она, по убеждению Гоббса, тоже подрывала стройное здание государственности.