При завоевании Юкатана, равно как и других индейских стран, испанцы применяли самые изощренные жестокости, красочно описанные Ландой в главе XV. В частности, широко применялись собаки-людоеды, специально обученные для охоты за людьми (такие собаки впервые были применены Колумбом при захвате острова Ямайки). Впрочем, конкистадоры, по большей части нищие идальго, бандиты и мошенники, значительно превосходили свирепостью своих собак. Католическая церковь объявила этих прославленных бандитов чем-то вроде апостолов, ревнителей христианства, так как завоевание язычников было, конечно, делом богоугодным и, по словам папской буллы, «всякий, оказавший сопротивление этому, должен считаться нанесшим оскорбление всемогущему Богу и святым апостолам Петру и Павлу». Главными причинами успехов испанцев в Юкатане было не только колоссальное превосходство в вооружении, но и переход на их сторону многих индейских правителей, которые старались использовать испанцев в междоусобной борьбе и сохранить свои личные привилегии. «Слишком много было правителей и слишком много заговоров они устраивали друг против друга», – горько замечает по этому поводу автор одного текста в книге Чилам-Балам из Чумайеля.
В результате завоевания численность индейского населения резко сократилась. Множество индейцев погибло во время военных действий, особенно при подавлении восстаний, когда жители подвергались массовому избиению. Не менее опустошительными были эпидемии завезенных европейцами болезней, особенно оспы и кори.
Колониальное управление в Юкатане долгое время оставалось неупорядоченным. В 1544 г. Юкатан подпал под юрисдикцию Пограничной Аудиенции, резиденция которой находилась в городе Грасиас-а-Диос в Гондурасе. В декабре 1546 г. в Юкатан прибыл аделантадо Монтехо и вступил в свои права, но уже в 1548 г. он был отозван в Испанию и смещен. После этого управление в Юкатане перешло в руки главных алькальдов (Alcalde Mayor). С 1560 г. главный алькальд Юкатана стал подчиняться королевской Аудиенции в Мексике.
После завоевания в Юкатане, как и в других испанских колониальных владениях, развернулась ожесточенная борьба по вопросу о порядке эксплуатации индейцев. В борьбе принимали участие три главные силы – конкистадоры, королевское правительство и церковь. Каждая из этих сторон старалась урвать себе возможно большую часть доходов от ограбления индейского населения. В первое время после открытия Америки конкистадоры обычно делили между собой завоеванные земли и индейцев и грабили их всеми возможными способами.
Владелец такого «надела» неограниченно распоряжался свободой и жизнью индейцев, заставлял их выполнять любые работы и взимал дань произвольных размеров. При этом было широко распространено легальное рабство. Охота за рабами приняла такие размеры, что за несколько лет все население Малых Антильских островов было переловлено и продано в рабство. Индейцы вымирали с невероятной быстротой, не принося никаких доходов королевской казне. Королевское правительство стремилось отнять индейцев у конкистадоров и превратить их в прямых данников короны. Но конкистадоры были слишком сильны в колониях, чтобы допустить подобное положение. В результате долгих дебатов были приняты различные половинчатые меры. Сначала индейцев разделили на «диких» и «дружественных», причем под «дикими» понимались все индейцы, сопротивлявшиеся захватчикам (что рассматривалось как сопротивление обращению в христианство). «Диких» индейцев разрешалось обращать в рабство, а «дружественных»– не разрешалось. В 1530 г. рабство индейцев было формально отменено, хотя с этим очень долго никто не считался. Так, например, во время завоевания Юкатана у конкистадоров было столько рабов, что они ввиду недостатка денег платили торговцам за товары рабами. Далее, в 1543 г. королевское правительство ввело систему энкомьенды («поручение»). Формально индейцы объявлялись свободными, а испанцы – «опекунами» приписанных к ним индейских общин. Согласно королевскому указу, испанские помещики должны были приобщать «опекаемых» индейцев к благам испанской цивилизации и христианства, а индейцы в благодарность за это должны были содержать своих «опекунов». Фактически помещик-энкомендеро получал право и на сбор дани, и на безграничную эксплуатацию труда индейцев. Система энкомьенды возникла и развилась как форма тяжелой крепостной зависимости индейского населения от испанских завоевателей. При распределении энкомьенд королевское правительство в каждой провинции удержало за собой часть земель с населением, которое должно было работать на королевскую казну. Знатные индейцы, перешедшие на сторону испанцев, были приравнены к испанскому дворянству и получили «удостоверения в знатности» (probanzas de hidalguia). Они тоже получали энкомьенды и немногим отличались от испанских помещиков. Так, хроника майя отмечает, что в 1610 г. «были повешены люди Тек’аша», восставшие против своего господина дона Педро Шиу, который, хотя и индеец, по словам Санчеса де Агиляра, «был настоящим католиком».