Ланда добивался признаний в апостасии изощренными пытками, которые столь тщательно разработала испанская инквизиция. Для начала схваченным индейцам давали до 200 ударов плетью; если этого оказывалось недостаточным, то их подвешивали на вывернутых руках, обливали спину кипящим воском, жгли каленым железом или подвергали пытке водой. Последняя состояла в том, что через рог, вставленный в горло пытаемого, лили горячую воду, затем один из палачей становился на пытаемого, и вода, смешанная с кровью, лилась изо рта, носа и ушей. Индейцы десятками умирали от пыток, и в монастырских застенках появлялись новые жертвы. По сообщениям современников, пыткам и телесным наказаниям было подвергнуто 6330 человек, мужчин и женщин; из них 157 вскоре умерли от последствий пыток, а большинство оставшихся в живых стали калеками на всю жизнь. Одновременно инквизиция начала такую же деятельность в других провинциях, в частности в Сотуте. Пытки продолжались почти десять месяцев. 12 июля 1562 г. Ланда «отпраздновал» в Мани торжественное аутодафе, на котором присутствовал главный алькальд, испанцы и индейская знать. На кострах этого аутодафе погибли последние, еще уцелевшие реликвии древней культуры майя, – рукописи, написанные иероглифическим письмом, статуи, художественные сосуды с изображениями. Многие схваченные индейцы повесились в тюрьме до аутодафе или умерли от пыток. Монахи вырыли из могил 70 трупов и бросили их в костер. Пока они горели, оставшиеся в живых жертвы инквизиции, одетые в шутовские одежды (санбенито), подвергались истязаниям и издевательствам.
Принявшую широкий размах палаческую деятельность учрежденной Ландой инквизиции приостановил прибывший 12 августа 1562 г. в Мериду епископ Франсиско Тораль. Последний справедливо опасался восстаний индейцев и постарался смягчить отношения между церковью и индейцами. Кроме того, конкистадоры воспользовались случаем свести счеты с не в меру деятельным монахом, виновником присылки в Юкатан королевских ревизоров, и в свою очередь обвинили Ланду в превышении своих полномочий и злоупотреблении властью. Ланда, а вслед за ним и поддерживавший его главный алькальд были отозваны. Епископ Тораль, продолжая укреплять позиции церкви в Юкатане, столкнулся с присланным в 1565 г. губернатором и в 1571 г. уехал в Мексику, где и умер. В 1573 г. в Юкатан возвратился Диего де Ланда, на этот раз в качестве епископа. До самой смерти (1579 г.) он продолжал ссориться с губернаторами, отстаивая церковные интересы.
Лицемерные ламентации Ланды об угнетении индейцев и зверствах конкистадоров объясняются, конечно, не сочувствием к индейцам. Католическая церковь стремилась приобрести за океаном обширные епархии, приносящие верный и постоянный доход. Поэтому высшие церковные власти противодействовали обращению индейцев в рабство и истреблению их распоясавшимися конкистадорами. При этом небезынтересно отметить, что как раз францисканцы, игравшие видную роль в колониальной администрации Антильских островов, в первые десятилетия после открытия Америки отстаивали прямой грабеж и рабство индейцев (сам Колумб, положивший начало рабству индейцев, был мирским членом ордена францисканцев). В то время за свободу индейцев ратовали доминиканцы, которым на первых порах почти ничего не досталось. После завоевания Юкатана, где все богатства вначале захватили конкистадоры, «святые отцы» францисканского ордена соизволили изменить свое мнение. Оказалось, что и они не хуже доминиканцев могут ратовать против нехристианского поведения конкистадоров, грабивших население только в свою пользу.
Значительный интерес представляет богословское отступление в конце главы XXXIX, объясняющее, почему католическая церковь считала укрепление своих позиций в Америке делом особой важности. В это время вся Европа была охвачена протестантскими «ересями» и Ватикан терял одну страну за другой. Доходы папской казны таяли с каждым днем. Хиреющий католицизм мечтал найти новую опору в американских колониях и направлял все новые и новые монашеские миссии для обращения в христианство завоеванных индейцев.