Католическое духовенство в массовом порядке отлучало от церкви шляхту прежде всего за отказ платить десятину. Успехи протестантов, опиравшихся на широкие народные массы, благодаря обращению к народу на родном языке заставили и католиков прибегнуть к родному языку как оружию в идеологической борьбе.
Постепенно сложился жанр полемической литературы на польском языке. Пастилле Николая Рея (кальвинист) противопоставлялась католическая пастилла и Библия Якуба Вуйка (1599 г.). Именно в это время сложился польский литературный язык, язык Петра Скарги, Яна Кохановского, Лукаша Гурницкого, Николая Рея и других. Период проникновения идей Реформации и дискуссионная борьба с ними на страницах печати, в диспутах и проповедях совершенно справедливо считаются «золотым веком» польской литературы (XVI – нач. XVII в.), внесшей тогда весомый вклад в сокровищницу мировой литературы («гетман поэтов» Ян Кохановский).
Справедливости ради следует отметить, что польская литература и польский язык того времени оказали положительное влияние на развитие русского литературного языка и русской поэзии. Католическая церковь осознала, что ни диспуты, ни отлучение от церкви, ни суровые наказания за превращение католических костелов в «молитвенные дома нововеров» не останавливали возрастающий протест против католицизма. Обеспокоенная успехами Реформации в Польше, она должна была искать новые способы идеологической борьбы.
Папа Римский посылал в Польшу одного легата за другим. Был назначен чрезвычайный легат папы в Польше Викентий де Портино. Наиболее мощный удар по нововерам нанес И. Коммендоне (1563 – 1565 гг.). Он принудил короля Сигизмунда издать декреты, на основании которых изгонялись из Польши чужестранцы некатолики (прежде всего «чешские братья») и сурово наказывались подданные Польши – противники католической церкви. И. Коммендоне покинул Польшу в 1565 г., будучи полностью уверенным в полной победе католицизма. В том же году в Вильно, Калиш, Познань, Брунсберг и другие города прибывали иезуиты, которые и должны были довершить дело искоренения Реформации.
Нововеры, напуганные мощным наступлением контрреформации, решили объединить свои силы. Генеральный синод нововеров в Сандомире (1570 г.) выработал общие для протестантов – лютеран, кальвинистов и «чешских братьев» – религиозные догматы и выдвинул идею польской национальвюй церкви (kościoł narodowy). Они надеялись, что король Сигизмунд-Август последует примеру английского Генриха VIII и поддержит дело и идею Реформации.
В борьбе против католицизма «нововеры» оставили в стороне «ортодоксов», православных, составлявших более половины всего населения страны, Речи Посполитой. Во главе последней после Люблинской унии 1569 г. встал монарх с титулом
«милостью божией король Польский, великий князь Литовский, Русский, Прусский, Мазовецкий, Жмудьский, Киевский, Волынский, Подольский, Подляшский, Смоленский, Северский и Черниговский».
Наибольших успехов католическая партия добилась при Стефане Батории (1576 – 1586), ревностном католике. При нем потеряла почву и окончательно погибла идея нововеров о создании национальной церкви по типу англиканской. Погибла и идея унии, выдвинутая в 1568 г. протестантами, перешедшими из православия, объединить усилия всех христиан некатоликов. Контрреформация торжествовала. Нововерам грозила Варфоломеевская ночь. Католицизм на сей раз избрал иные способы борьбы и основной удар направил в несколько иную сторону. При Стефане Батории широко развернул свою деятельность орден иезуитов.
Созданная в 1537 г. особая церковная организация с целью «спасения католичества и папы» для борьбы с Реформацией, фаланга «Клириков общества Иисуса», по идее ее создателей (Игнатий Лайола, Пьер Лефевр, папа Павел III и др.) должна была найти более эффективные средства религиозной борьбы, чем применялись до сих пор.
Основные усилия они направили на воспитание подрастающего поколения, на школу, на народное образование. Орден иезуитов (так назвал своих противников один из вождей Реформации – Кальвин) получил от папы Юлиана III привилегии и средства для организации системы школьного образования. Буллой 1552 г. иезуитские коллегии приравнивались к университетам, иезуитские учебные заведения получили преимущества в процедуре присвоения докторской степени. К 1574 г. уже было 125 иезуитских коллегий, к середине XVII в. число членов ордена достигало 22 тыс. чел. Уже через год после официального приглашения иезуиты открыли в Вильно начальную школу и коллегию (1570 г.). Вскоре на базе этой коллегии была открыта первая в Европе иезуитская академия (1578 г.). В 1579 г. Баторий специальным указом утвердил статус Виленской академии. Захватив в том же году Полоцк, Баторий отдал иезуитам все православные церкви и монастыри. Была открыта Полоцкая семинария и коллегия, преобразованная позже в академию.