Другой проблемой, которая отражалась на разведывательной работе в пограничной зоне, являлась необходимость постоянного сотрудничества органов II Отдела с политической администрацией, полицией и самостоятельными информационными рефератами Командования корпуса округа (СИР-КОК). В октябре 1923 года пор. Эдвард Издебский из II Отдела был направлен в инспекторскую поездку по восточным районам. Она подтвердила тот факт, что некоторые территориальные отделения II Отдела не заботились о поддержании хороших отношений с местными административными и полицейскими властями, часто располагавшими важной общественно-политической информацией, полезной для проведения разведывательной работы на восточном направлении.
Отдельным вопросом являлась организация территориальной военной контрразведки в межвоенный период. В польских условиях несколько иначе представлялась сфера контрразведывательной деятельности, чем в других государствах. Кроме борьбы с влиянием иностранных разведок в Польше, к задачам военной контрразведки относились широко понимаемое обеспечение безопасности военных учреждений и изучение политической деятельности национальных меньшинств и коммунистов. Наряду с этим органы контрразведки предоставляли многим государственным учреждениям информацию в отношении кандидатов на государственные посты, а также лиц, из числа призываемых в армию, и профессиональных кадров Войска Польского. Особенно широкую компетенцию военная контрразведка имела во время польско-советской войны (1919–1921). Только в 1924 году произошла серьезная реорганизация всего контрразведывательного аппарата с целью приведения его в соответствие с деятельностью в мирных условиях. С учетом этого можно выделить несколько периодов функционирования контрразведывательной службы ВП: 1918–1921, 1921–1924, 1929–1939 годы. Несмотря на это в течение всего межвоенного периода органы военной контрразведки не функционировали самостоятельно, как, например, сектор разведки. Сеть контрразведывательных подразделений была размещена во всех линейных воинских частях (командование округов, дивизий, полков, военных школ). Вместе с произведенным в 1919 году разделением страны на генеральные округа при каждом из них создавались информационные отделы. В ходе выполнения контрразведывательных задач информационные отделы пользовались услугами жандармерии, которая выполняла функции исполнительного органа. Руководители информационных отделов подчинялись начальнику политической секции II Департамента Министерства военных дел. В конце 1919 года при КГО в Варшаве, Кракове, Львове, Лодзе, Кельцах и Люблине функционировали информационные отделы. Эти отделы создавали на территории округа собственные отделения. В 1920 году функции руководителей территориальных контрразведывательных органов исполняли: капитан Е. Халачинский — Информационный отдел КОГ Варшава, капитан Вояковский — Гродно, поручик Гульковский — Поморье, капитан Добачевский — Лодзь, капитан Коркозович — Кельце, капитан Сокульский — Краков, капитан Филипковский — Львов, поручик Кроненберг — Люблин.
В ходе польско-советской войны отечественные коммунисты активизировали политическую и диверсионную деятельность. В соответствии с указаниями Коммунистического интернационала они старались проникать в ряды польской армии и осуществлять разведывательную и идеологическую деятельность в отношении нее. Поэтому в командование полков была введена должность «референта по борьбе с большевиками». В его задачи входило: сбор данных о коммунистических деятелях, выявление проявлений подрывных акций большевистского движения, оказание противодействия фактам коммунистической агитации в армии, информирование по этим вопросам КГО.
После окончания военных действий организация армии была приведена в состояние, отвечавшее требованиям мирного времени. Территория государства стала делиться на 10 округов корпуса. При каждом из них в рамках Командования округа были созданы контрразведывательные органы II Отдела. В это время также стало формироваться мнение о разделении компетенции между органами военной контрразведки и властями политической администрации, с одной стороны, и Государственной полиции — с другой. Много вопросов оказалось в ведении гражданской службы безопасности. Однако с учетом того, что в армии находилось около 30 % призывников из числа населения, представляющего национальные меньшинства, национальный вопрос по-прежнему оставался в компетенции военной контрразведки. В конце 1923 года национальный реферат перешел в Контрразведывательный отдел II Отдела Генерального штаба. В 1924 году была проведена последняя в межвоенный период реорганизация территориальных структур военной контрразведки. Основным ее результатом стало создание при каждом Командовании округа корпуса (КОК) самостоятельных информационных рефератов (СИР). Формально СИР являлся информационным органом КОК и его руководитель подчинялся командующему округа. В действительности же СИР непосредственно подчинялся руководителю II Отдела, от которого получал директивы, касающиеся организации контрразведывательной работы, и финансовые средства (директорский фонд). Такая сложная система служебного подчинения руководителей самостоятельных информационных рефератов, несомненно, содержала в себе определенные слабые стороны. Однако при этом следует учитывать то, что задачи по контрразведывательному обеспечению армии можно было выполнить только тогда, когда контрразведывательные подразделения действовали бы в рамках общей организации армии.
В 1924 году была также уточнена внутренняя структура СИР. Она состояла из рефератов: контрразведывательного, охраны, национального. Со временем расширялся объем компетенции самостоятельных информационных рефератов и увеличивалось количество подчиненных им территориальных подразделений, среди которых выделялись агентства и офицерские представительства. Агентства являлись законспирированными контрразведывательными ячейками, действовавшими на территории определенного гарнизона. Их личный состав действовал только конфиденциальными методами. Офицерские представительства, создаваемые при дивизиях и полках, официально представляли интересы контрразведки на данной территории. В своей работе Л. Садовский называл эти подразделения отделениями СИР, но в архивных материалах были найдены доказательства, подтверждающие использование этого названия.
Несмотря на различие наступательной и защитной контрразведки и разделение компетенций в сфере контрразведывательной службы между военными и гражданскими органами, руководство II Отдела по-прежнему считало, что самостоятельные информационные рефераты будут играть приоритетную роль в этой области.
В 1924 году СИР функционировали при следующих КОК: № 1 в Варшаве (майор Ядвинский), № 2 в Люблине (майор Галбаш), № 3 в Гродно (капитан Кшиновский), № 4 в Лодзи (капитан Франкевич), № 5 в Кракове (капитан Бен), № 6 во Львове (капитан Белецкий), № 7 в Познани (капитан Ясиньский), № 8 в Торуне (капитан Кичиньский), № 9 в Бресте-над-Бугом (капитан Малек), № 10 в Пшемышле (капитан Хешок). В 1927 году был создан самостоятельный информационный реферат при Командовании флота в Гдыне, руководителем которого стал капитан жандармерии Франчишек Огурек.
Сначала штат личного состава этих рефератов был очень скромным (2–3 офицера). В то же время, несмотря на эти кадровые ограничения, начался процесс активного создания сети гласных и законспирированных контрразведывательных подразделений. На совещании руководителей СИР в апреле 1924 года было сделано сообщение о том, что служба военной контрразведки располагает 7 офицерскими представительствами и большой группой информационных офицеров, действующих в отдельных полках. Кроме того, в этот период существовала развитая сеть оперативных сотрудников: 107 разведчиков на постоянной основе, 215 платных агентов и 438 «идейных» информаторов. В ходе совещания выступавшие обращали внимание на то, что имеющиеся на тот момент успехи были достигнуты ценой больших усилий немногочисленного состава кадровых работников контрразведки. В ближайшее время после этого совещания важным событием стало увеличение средств директорского фонда и штатного состава. Например, во II квартале 1922 года на деятельность территориальной контрразведки была выделена сумма в размере 20 млн польских марок.