Дело часто доходило до серьезных осложнений в разграничении компетенции в разведывательной работе между внутренними отделениями II Отдела, разведывательными отделениями КПО и гражданскими органами службы безопасности. 20 ноября 1924 года во время совещания в Центре капитан Рыботыцкий, тогдашний руководитель Реферата центральной агентуры, заявил, что главной задачей органов КПО и ПП является вербовка агентов, так как они лучше всех ориентируются и располагают хорошим знанием обстановки, складывающейся на пограничной территории. Эта проблема оставалась также актуальной и в последующие годы. В 1934 году капитан Е. Незбжицкий на одном из служебных совещаний подчеркнул, что «начальник поста (КОП) не имеет никаких прав по вопросам разведки. Он является только исполнительным органом руководителя отделения. Пост не имеет своих агентов, потому что агентами располагает руководитель отделения. В целом начальники постов слишком много занимаются разведкой и совсем мало пограничной техникой. В результате этого смешения понятий возникает конкуренция между отделением и постом». Поэтому проекты отдельных командований бригад КПО о придании разведывательной работе КПО наступательного характера также вызвали возражение руководства II Отдела. Возобладало мнение, представленное капитаном Олендским: «Разведывательным органам КПО следует определить неглубокое наблюдение, но в то же время "более активные глубокие" задачи пусть решает отделение. Кроме того, этот вопрос, несомненно, имеет дополнительные аргументы, потому что отделение может лучше обучать агентов, и, вообще, оно должно выполнять иные задачи, чем пост, который скорее является органом, перебрасывающим через границу и принимающим обратно».
Л. Садовский в своем труде отметил, что работа отделения № 5 была оценена выше, чем отделения № 1. Возможно, такое мнение возникло из-за того, что первое действовало исключительно в России, а Виленское отделение проводило также разведку против Литвы и Восточной Пруссии. Однако Садовский обошел молчанием тот факт, что большая часть агентуры отделения № 5 была подставлена советской контрразведкой во второй половине 1924 года. Поэтому тогда произошла серьезная реорганизация разведывательной службы этого органа. Доказательством того, что эти действия создали огромные трудности, является то, что только в середине 1925 года стали появляться положительные результаты. В то же время отделение № 1 в Вильно постоянно получало достоверный документальный материал о советских воинских частях Западного округа. В конце 1925 года Львовское отделение понесло новые потери в связи с разоблачением украинской организации, действовавшей в пользу польской разведки. Результаты разведывательной работы отделения № 6 в Бресте в этот период были небольшие. В I квартале 1929 года отделение № 1 в Вильно насчитывало 115 агентов, ведущих разведку в России, а отделение № 5 во Львове — 123 агента. Однако в тот период в этом отделении происходили большие изменения в агентурном аппарате — было утрачено 23 агента и приобретено 20 новых. К ценнейшим достижениям неглубокой разведки относилось: получение экземпляра РКМ Дегтярева, мобилизационных инструкций из Московского района и материалов о военной флотилии на Днепре, разработка приграничных военных укреплений.
Уже в 1920-х годах как в Центре, так и в территориальных отделениях стало проявляться беспокойство о том, что агентурный аппарат выстраивался исключительно на российском элементе. В своем большинстве эти агенты являлись офицерами бывшей царской армии, и поэтому была велика опасность подставы. Кроме того, с этим их солдатское начало в показном интеллектуальном уровне не всегда подходило для выполнения сложных разведывательных задач, и они часто поддавались моральному разложению. Создание агентурного аппарата из поляков было затруднено. Во-первых, они не знали хорошо территории, а, во-вторых, среди них явно не хватало добровольцев для такой опасной работы. Один из агентов в своих сообщениях Центру в состоянии нервного истощения писал: «Что касается меня лично, то я жажду как можно быстрее убраться и буду Вам премного благодарен, если вы придумаете для меня что-нибудь другое… О том, как я страшно жажду вырваться быстрее в отпуск и в целом из Харькова, вероятно, излишне вам писать».
Согласно расчетам II Отдела, для получения достоверной информации о военном потенциале и политико-экономическом состоянии Европейской части России следовало иметь 30 разведывательных пунктов, укомплектованных 45 кадровыми работниками разведки. Органы разведки все чаще старались использовать в разведывательных целях деятельность торговых фирм, принимавших участие в польско-советском товаро-торговом обмене. «Какие превосходные результаты дает эта система, свидетельствует опыт предвоенной немецкой разведки (представительство фирмы "Зингер" в России). Одной из ветвей торговли, имеющей много связей в России, является нелегальная и межгосударственная торговля. Этим материалом пользуется с момента заключения мира советская разведка. Поэтому начинания в этом направлении необходимо осуществлять с двойной осторожностью».
В 1922 году руководитель отделения № 6 в Бресте капитан С. Майер намеревался направить в Россию агента Эдварда Шиллера в качестве представителя немецкой торговой фирмы. В исключительных случаях в тот период создавались даже фиктивные фирмы, единственной целью которых являлась разведывательная работа. Большие оперативные возможности создавала также антисоветская ирредента народов, принудительно присоединенных к советскому государству. Польская разведка получила предложение о сотрудничестве с ней со стороны грузин и кавказских горцев (Джамбулай-бей). В другом случае майор В. Енджеевич получил предложение о продаже ему мобилизационных планов советских войск в отдельных округах. Цена этих документов — 30 тысяч долларов, — однако, превышала финансовые возможности II Отдела. Поэтому было принято решение поделиться этими сенсационными документами с правительствами союзных государств, чтобы они покрыли часть стоимости сделки.
При большом присутствии польской разведки на востоке постоянно существовал риск разоблачения и разведывательных афер. Первое дело такого рода возникло в 1924 году. Уже под конец 1923 года активная деятельность II Отдела на территории России вызвала недовольство советских властей. Сначала русские стремились добиться замены польского военного атташе в Москве и части персонала дипломатических представительств. Возникшую горячую атмосферу вокруг польских дипломатических представительств достаточно хорошо описал в письме от 27 февраля 1923 года майор В. Енджеевич: «Уже мой приезд (в Москву. — Прим. А. М.) наделал много шума в НКВД, а приезд слишком хорошо известного здесь Михаловского, замена атташе и вся напряженная и впечатляющая атмосфера дополняли все остальное. Посол попросил, чтобы мы ему такими пьесками не усложняли работу. Михаловский вообще не должен появляться в Москве, а Ковелевский может приезжать только в качестве курьера с дипломатическим паспортом».
Выявление польской контрразведкой участия советских спецслужб в диверсионных и коммунистических акциях, направленных против польского государства (дело Кобецкого), вызвало далеко идущие последствия в работе польской разведки на советском направлении. В августе 1924 года Ленинградское ГПУ арестовало работника II Отдела Станиславского во время проведения встречи с агентом резидентуры «Р-7/1» и двух служащих посольства — Кудлиньскую и Сухоневича (из реэвакуационной делегации). Эти события стали источником серьезного беспокойства руководства польской восточной разведки. В результате указанных арестов много разведывательных резидентур оказалось под угрозой разоблачения. После проводившихся в течение нескольких месяцев переговоров с советскими властями (с заместителем министра иностранных дел Коппем) польским представителям удалось минимизировать так называемое «Ленинградское дело». Однако польская сторона была вынуждена пойти на уступки по делу о советской диверсионной деятельности в Польше. Такое разрешение шпионских дел стало с тех пор привычным способом урегулирования спорных вопросов между специальными службами разных государств. Этот факт польско-советских отношений, конечно же, не подлежал огласке, и никто не подозревал, какое влияние он может оказать на внешнюю политику двух стран. «Ленинградское дело» явилось грозным предостережением для польских разведывательных акций в России в последующем.