На практике разведывательная служба ПС была не в состоянии выполнить поставленные требования, потому что, как уже упоминалось, она не располагала соответствующими подготовленными разведывательными кадрами и большими финансовыми и техническими возможностями. Поэтому тот же самый руководитель Быдгощского отделения в письме от 12 мая 1937 года обращал внимание на частые случаи расшифровки разведчиками ПС оперативных акций, проводимых военной разведкой. По этой причине уже в середине 1936 года в разведывательной службе ПС была проведена серьезная реорганизация в целях повышения ее эффективности и модернизации методов деятельности, а в результате этого — дальнейшего развития сотрудничества со II Отделом. На совещании руководителей окружных инспекторатов руководитель Информационного отдела Главной комендатуры ПС представил основные положения проведенной реорганизации: «Должно, наконец, позволить создать единый, централизованный разведывательный организм, способный к целенаправленной и полной разработке проблем, а не фрагментов отдельных вопросов». Потому что до этих пор система разведывательной работы была полностью децентрализована, что вызывало дезорганизацию работы на уровне отделений II линии.
Иными чертами существовавшей организации, затруднявшими деятельность, были: отсутствие взаимодействия между отдельными подразделениями ПС, а также большая свобода в применяемых формах и методах деятельности. Например, работники разведки Пограничной службы не отличали следственные действия (гласные) от оперативных (негласных), и поэтому дело доходило до случаев неосознанной расшифровки разведывательных мероприятий. Комиссар Зерыгевич предложил принять следующий ход разведывательной работы, охватывающий руководство разведывательной службы, разведку территории, организацию территории, сбор информации, разработку дел, уничтожение ненужных материалов, ведение учета разведывательной работы.
Эта последняя проблема имела решающее значение для успеха разведывательной деятельности. До сих пор она недооценивалась в Информационной службе ПС. Согласно с ожиданиями властей Пограничной службы, унифицированный способ ведения учета преступлений и информирования руководства о происходящих событиях должен был расширить возможности принятия решений Центром пограничной разведывательной службы и позволить ей: всестороннее исследование явления, изучение зарубежных методов деятельности, выдвижение соответствующих выводов, ориентирование по данной проблеме подчиненных подразделений и направление им соответствующих директив.
Таким образом, Пограничная служба намеревалась создать в новой организации централизованный разведывательный организм, а в своих действиях руководствоваться принципами планирования и непрерывности предпринимаемых мероприятий. Однако она не приняла решения о создании самостоятельного информационного подразделения ПС. Несмотря на множество возражений в отношении системы, опирающейся на участие в разведывательной работе почти всего личного состава Пограничной службы, было принято решение о том, что на данный момент от нее отказаться нельзя. Только по предложению руководителя Информационного отдела ГК ПС было введено изменение по организации территории деятельности разведывательной службы. Она была поделена на пограничную территорию, внутреннюю и Свободного города Гданьска. Граница, разделяющая районы, проходила по линии Лодзь — Пётркув Трибунальский — Кельце — Радом — Люблин — Ковель — Брест — Белосток — Острув Мазовецкий — Плоцк. Территория пограничной разведки была поделена на территории деятельности:
— пограничных комиссариатов (полоса 6–10 км от границы);
— пограничных инспекторатов (полоса 20–30 км);
— окружных инспекторатов (полоса, охватывающая территорию до внутренней территории).
На внутренней территории были выделены из существующих комиссариатов разведывательные отделения, охватывающие участки: Пётркув Трибунальский-Колюшки, Плоцк-Радом, Кельце-Люблин, Острув Мазовецкий-Брест-над-Бугом. Руководство разведывательной службой ПС осуществлял руководитель Информационного отдела Главной комендатуры, который был ответственным за совокупность порученных работ органам разведывательной службы, а также за профессиональное обучение кадров этой службы и подбор разведывательного персонала.
Предметом особой разведывательной заинтересованности Пограничной службы являлся Свободный город Гданьск. Охраной государственной границы между Республикой и Гданьском занимался Поморский окружной инспекторат. В пограничной зоне действовали 2 комиссариата (в Скажевах и Картузах) и 7 отделений I линии, а также 17 отделений II линии. Кроме того, польские власти, используя то обстоятельство, что на основании Версальского договора (ст. 104) Свободный город Гданьск принадлежал польскому таможенному пространству, разместили наряду с подразделениями военной разведки законспирированное разведывательное отделение Пограничной службы под прикрытием создаваемого отделения Таможенного инспектората. Хотя формально отделение подчинялось таможенным властям, но его работники оставались в распоряжении Главной комендатуры ПС. Создание отделения было связано с желанием ликвидировать «таможенную дыру», существовавшую на территории Гданьска.
Перед сотрудниками ПС, проходящими службу в отделении, была поставлена задача по разработке механизмов контрабанды через Гданьск и борьбе с преступными группами, организующими международную контрабанду. Кроме того, они проводили разведывательную работу в основном вспомогательного и обеспечивающего характера в интересах II Отдела. Эти сотрудники неоднократно в процессе служебной таможеннопограничной деятельности помогали в реализации оперативных мероприятий военной разведки (приобретение агентов и их переброска через границу).
Исключительная позиция отделения вызывала недоразумения и трения по вопросам компетенции между таможенными властями и Пограничной службой. Только 11 марта 1936 года было установлено, что Главный таможенный инспектор имел право ознакомиться со списком офицеров ПС, проходящих службу в Гданьске, а также быть осведомленным о всех кадровых изменениях. Независимо от этого начальник отделения был обязан докладывать ему о текущих делах.
Подобно этому решался вопрос и о месте Гданьского отделения в структуре разведывательных органов Пограничной службы. В очередных распоряжениях, касающихся организации разведывательной службы, вопросы принципов деятельности отделения в Гданьске не затрагивались. Только в докладе руководителя Информационного отдела ГК ПС от 18 июня, содержащего предложения изменений в организации разведки ПС, была выделена отдельная зона — Свободный город Гданьск. Начальник таможенного отделения должен был непосредственно подчиняться руководителю Информационного отдела ГК ПС. Как уже упоминалось, Гданьское отделение было создано в марте 1929 года, а не, как сообщают несколько авторов, в конце 1929 года. Доказательством этого являются документы комендатуры ПС от марта 1929 года, касающиеся обращения по распределению отделения Таможенного инспектората в штатном, служебном и хозяйственном отношениях к Поморскому окружному инспекторату ПС. Сначала в документах отделение в Гданьске определялось как «отделение Пограничной службы». Только 23 мая 1929 года КПС изменила это неудачное название на отделение Таможенного инспектората.
Организатором отделения еще перед официальным его созданием был подком. Артур Ежи Тамовецкий. В марте 1929 года руководство отделением принял инспектор Виктор Заклинский. Он исполнял эту функцию до осени 1929 года, т. е. до момента прибытия в Гданьск инспектора Мушкета-Кроликовского. В составе первой группы офицеров ПС, которые начали работу в отделении, оказались: Ян Мулярчик, Юлиан Капущчиньский, Бронислав Пешковский, Мечислав Пенёнжек, Рафал Славошевский, Юзеф Кшешиньский, Теодор Маньчык. Резиденция отделения Таможенного инспектората в Гданьске находилась на ул. Опитз, 2. В обязанности начальника отделения входило: организация разведывательной работы, разведка территории, организация территории, разработка по делам, проведение учета работы, обучение и подбор разведывательных кадров.