В это же время в Каунасе был запеленгован выход в эфир нелегальной радиостанции с позывным «Йфа». Передача велась на г. Штеттин, где в то время располагался ACT «Штеттин». Этот разведорган был организован для обучения разведчиков-диверсантов и радистов и их последующей заброски на территории Прибалтики и Белоруссии. В процессе обучения (до 6 месяцев) агенты изучали разведывательное дело, структуру, строение, вооружение и снаряжение Красной Армии, географию СССР, топографию, радиодело, шифры, тайнопись, фото- и подрывное дело, обучались методам ведения бактериологической войны, — забрасываемой агентуре ставились задачи по созданию в советском тылу сети нелегальных радиостанций для связи в военное время, установке ориентиров для немецких бомбардировщиков, подготовке кадров сигнальщиков и опорных баз для приема десантов. Для связи с «Альма матер» агенты снабжались портативными радиостанциями. Первая заброска была произведена в феврале 1941 г. В мае 1941 г. радист и три агента были арестованы. Один из них, бывший лейтенант литовской армии Друктейнис Эдмунтас, показал: «Резидентура германской разведки, возглавляемая мною, должна была сообщать в Германию дислокацию частей Красной Армии, расположенных на территории Литовской республики, их количество, нумерацию, фамилии командного состава, данные о вооружении и оснащении боевой техникой и из каких военных округов прибыли и будут прибывать воинские части в Литовскую ССР… Согласно заданию Клауса резидентура должна была собирать сведения о типах самолетов, их боевых качествах, об охране аэродромов и их расположении, в каком состоянии находится зенитная артиллерия и где. В мои обязанности также входило передавать информацию о состоянии железнодорожного транспорта, особенно в случае внезапного изменения движения поездов». Впоследствии арестованных включили в радиоигру, продолжавшуюся до нападения Германии на СССР.
Органами Госбезопасности велись дела по разработке пронемецкой агентуры под кодовыми названиями «Диверсанты» и «Гвардия». В рамках проводимых мероприятий была вскрыта подпольная национальная организация, связанная с ФЛА. Были произведены аресты 7 членов, намечалось задержать еще 24 человека, однако время работало на противника.
О масштабах всего пронемецкого национального подполья в Прибалтике говорилось в документе соединения «Бранденбург-800»:
«Исходя из соображений секретности день начала операций этим группам * не доведен. Они получают общие указания по прибытии на место приступить к выполнению поставленных задач, исходя из обстоятельств и по своему усмотрению. Для этих групп активистов назначены пароли: для литовцев — «Дюнкирхен», для латышей — «Деберитц», для эстонцев — «Мюнхен». Однако имеются сомнения, что эти пароли везде и до всех доведены. Кроме этих паролей особо обученные специалисты по саботажу получили специальный опознавательный знак в виде ржаво-красного куска ткани размером с носовой платок с желтым круглым пятном в центре, который они должны предъявить представителям войск…
По данным руководителей, в настоящее время в каждом литовском населенном пункте существует такая группа. В Латвии и Эстонии такое же положение. В Литве и Латвии существуют две параллельные группы активистов под началом одного руководителя с тем, чтобы в случае предательства в одной группе другая продолжала бы действовать. Эти группы организованы по системе треугольника, по которой каждый знает не более двух членов группы».
С первых же минут немецкого вторжения в СССР вступило в действие литовское подполье. Его группы, вооруженные лишь легким оружием, нападали на отдельные подразделения РККА и милицию, подавали сигналы немецким самолетам. Радиофицированная агентура передавала оперативную информацию.
С первых минут войны излюбленной мишенью литовских коллаборационистов стало еврейское население.
Из донесения командира айнзатцгруппы А бригаденфюрера СС В. Штальэккера о деятельности группы в оккупированных областях Белоруссии и в Прибалтике становится ясным механизм раскрутки еврейских погромов руками литовских коллаборационистов. На языке вышеупомянутого карателя это называлось «возбуждением действий по самоочищению». С истинно тевтонской коварностью немцы не стали напрямую приказывать литовцам произвести погром, все было обставлено иначе: «Для этой цели был использован Климайтис, руководитель партизанского отряда, который преуспел в возбуждении погрома только после совета, данного ему небольшим отрядом, действовавшим в Ковно, и сделал это таким образом, что извне не было заметно никакого германского руководства или подстрекательства. В течение первого погрома (в ночь на 26 июня) в Литве уничтожили более чем 1500 евреев, сожгли несколько синагог, разрушили и сожгли еврейский квартал, где было примерно 60 домов. В течение последующих ночей примерно 2300 евреев было обезврежено подобным же путем. В других частях Литвы имели место такие же действия по примеру Ковно, хотя менее значительные и направленные против оставшихся в тылу коммунистов.
Эти самоочистительные действия проходили гладко, поскольку армейские власти, которые были информированы обо всем, помогали в этой процедуре».
Местом массовых экзекуций евреев гитлеровцами и их литовскими пособниками были избраны форты Каунаса, а также специально созданный лагерь в местечке Понеряй (Поныри), где только за один день в апреле 1943 г. было уничтожено два эшелона советских граждан в количестве около 5 тыс. человек. В понеряйских расстрелах принимал активное участие литовский батальон под общим руководством сотрудников Гестапо. В девятом каунасском форте было расстреляно 80 тыс. человек, в шестом — 35 тыс., в седьмом — 8 тыс. В октябре 1941 г. немцы и литовцы вывезли из каунасского гетто 10 тыс. человек евреев и уничтожили их.
Штандартенфюрер СС Егер докладывал в своем отчете от 1 декабря 1941 г.: «… Литовскими партизанами и оперкомандами айнзатцгруппы А было уничтожено с 2 июля 1941 г. 99 804 еврея и коммуниста…»
Провоцируя литовское население к расправе над евреями и коммунистами, немецкие спецслужбы собирали компрометирующие литовцев материалы, которые впоследствии могли быть использованы против националистов, в случае если они станут выдвигать перед оккупантами политические требования.
Органами СМЕРШа 3-го Белорусского фронта после освобождения в 1944 г. Литвы было установлено, что практически все еврейское население Литвы было уничтожено гитлеровцами и их литовскими пособниками.
24 июня 1941 г. в Каунасе начала работу литовская комендатура (в октябре ее переименуют в «Штаб охранных батальонов») во главе с бывшим полковником литовской армии И. Бобялисом. Тогда же началось формирование «Батальонов охраны национального труда» (сокр. «ТДА», от литовского «Tautas darbo apsaugas batalionas»).
В первые же дни была образована литовская полиция безопасности, начальником которой стал бывший литовский полицейский Денаускас, а также 40 бывших служащих литовской полиции, большинство из которых было выпущено из тюрем. Сходным образом была создана литовская полиция в Вильнюсе и Шяуляе. В местах проживания польского населения была создана польская вспомогательная полиция, но из-за вражды между поляками и литовцами последние могли производить аресты только под немецкой охраной. Вскоре польскую полицию распустили.