Действительность показала, что на отдаленных от столицы территориях власть генерал-губернаторов становилась почти неограниченной. Не видя эффективных способов ее обуздания, Павел I вскоре после своего вступления на престол принял решение упразднить институт генерал-губернаторства, оставив его только для приграничных местностей.
Ко времени вступления на престол Александра I территория Сибири делилась на две губернии: Иркутскую и Тобольскую. Уже в первые месяцы Александрова царствования стал решаться вопрос о разработке для Сибирского края нового административного устройства, в полной мере учитывающего особенности этой обширной местности[4]. Дать Сибири «особенное образование» обещала в свое время еще императрица Екатерина II[5].
27 мая 1801 года «Непременный совет», рассмотрев вопрос об управлении Сибирью, признал, что «страна сия, по великому ее пространству, по разности естественного ее положения, по состоянию народов, ее населяющих, нравам, обыкновениям, промыслами и образом жизни толико один от другого разнствующих, требует как в разделении ее, так и в самом образе управления особенного постановления». Одновременно было принято решение направить в сибирские губернии для изучения местных условий «особенного чиновника» с заданием представить после этой поездки проект нового административного устройства Сибири, «приличнейший многочисленному разнообразию народов, в ней обитающих».
На роль такого чиновника император Александр своим указом от 9 июня 1801 года определил Ивана Осиповича Селифонтова. В первой половине 90-х годов XVIII века он занимал должность тобольского вице-губернатора. В 1796 году был назначен иркутским генерал-губернатором, но не успел вступить в эту должность, так как генерал-губернаторство было упразднено императором Павлом. Общие результаты поездки И. О. Селифонтова в Сибирь нашли свое отражение в отчете министра внутренних дел В. П. Кочубея за 1803 год, в котором говорилось следующее: «Расстояние Сибири от места Главного Управления, великое ее пространство, рассеянность населения и многие другие местные уважения, отличающие сей край от всех других губерний, давно уже заставляли помышлять, чтоб состав полицейского и судебного ее управления более приспособить к сим существенным различиям ее положения. Послание сенатора Селифонтова имело целью, чтоб точнее наблюсти сии различия и представить о положении Сибири сколь можно подробные и достоверные сведения. При рассмотрении здесь сведений, от него доставленных, открылись два рода неудобств, с настоящим состоянием ее сопряженных: одни происходили от самого состава управления ее; другие от разных злоупотреблений, временем и бездействием власти вкравшиеся».
13 июня 1801 года «Непременный совет» принял решение о целесообразности восстановления должности генерал-губернатора по всей территории Российской империи. 23 мая 1803 года был учрежден единый для Сибири институт генерал-губернатора с центром в Иркутске. На должность эту император Александр назначил И. О. Селифонтова. По словам Ф. Ф. Вигеля, он сначала «отговаривался и насилу принял должность, многотрудную для добросовестного человека».
При своем назначении на должность сибирского генерал-губернатора И. О. Селифонтов получил особую инструкцию, разработанную М. М. Сперанским и В. П. Кочубеем. Данная инструкция предоставляла ему расширенный круг полномочий. Генерал-губернатор назывался в ней «хозяином» вверенных ему губерний. Для содействия себе он мог создавать совет из высших чиновников Сибирской администрации, который имел только совещательные функции и не обязывал своими решениями генерал-губернатора.
И. О. Селифонтов был наделен правомочием назначать на должности в Сибирском управлении и смещать с них всех чиновников, кроме губернаторов, вице-губернаторов и начальников губернских палат, имевших свои «особенные начальства» в столице. На генерал-губернатора Сибири возлагался надзор за снабжением продовольствием населения и войск. Однако командование как военно-сухопутными, так и военно-морскими силами оставлялось при этом в подчинении военных.
Из-за малочисленности сибирского дворянства в Сибири не были сформированы предусмотренные «Учреждениями для управления губерний Всероссийской империи» органы дворянского самоуправления. Данное обстоятельство в сочетании с большой удаленностью сибирских губерний от столицы давало генерал-губернатору Сибири возможность действовать совершенно произвольно. В этих условиях российскому императору «не осталось иного делать, как избрать особу, заслуживающую доверие, и снабдить довольною властью разрешаться сами собою во всем том, что не терпит отлагательства».