Деятельность «Комиссии духовных училищ», характер которой был во многом определен Сперанским, впоследствии высоко оценивалась историками Церкви. Так, по словам профессора Киевской духовной академии Ф. Титова, благодаря этой комиссии в рамках системы духовного образования в России была создана: «школа идейная, возбуждавшая в своих питомцах дух самосознания, философского, серьезного отношения ко всему окружающему, располагавшая их к критическому свободному обсуждению всяких запросов духа и жизни».
В полной мере осознавая, что качество духовного образования зависит не только от характера преподавания наук в духовных учебных заведениях, но и от того, насколько прочна их материальная, финансовая основа, Сперанский предложил императору Александру передать на содержание духовных школ доходы от продажи церковных свечей. Его величество дал на это свое согласие. Кроме того, Сперанским были предложены и другие меры для финансовой поддержки духовных учебных заведений, позволявшие получить для этой цели к 1814 году капитал в 25 миллионов рублей. Так, по его плану Святейший Синод должен был положить в банк часть церковного имущества общей стоимостью в 1 миллион 200 тысяч рублей сроком на шесть лет, к этой сумме предполагалось добавить 1 миллион 800 тысяч рублей из государственной казны и 3 миллиона рублей из доходов от годовой продажи свечей.
Подписав 26 июня 1808 года Именной Указ Святейшему Синоду «Об усовершенствовании духовных училищ», император Александр в тот же день издал рескрипт, обращенный к статс-секретарю Сперанскому. В нем говорилось: «Отличные труды ваши о усовершенствовании духовных училищ, в коем вы столь много содействовали к окончании дела полезного для духовенства, Нас удостоверяют еще более, что всякого рода поручения вы исполняете к удовольствию Нашему. Изъявляя за оное особенное Монаршее благоволение, всемилостивейше пожаловали Мы вас Кавалером ордена нашего Святого Равноапостольного Князя Владимира второй степени большого Креста, коего знаки при сем для возложения на вас препровождаем, пребывая всегда Императорскою Нашею милостию к вам благосклонный Александр».
Работая над планом реформы системы духовного образования в России, Сперанский одновременно писал проект устава светского учебного заведения нового типа, — Лицея, названного впоследствии, по месту его расположения, Царскосельским. Черновой вариант устава, занявший тридцать шесть листов, был завершен им 11 марта 1808 года. Сперанский следующим образом определил в его первой статье главную задачу данного учебного заведения: «Лицей учреждается для образования юношества, особенно предназначенного к высшим частям государственной службы»[22]. В окончательном варианте Устава Царскосельского лицея, который император Александр I утвердит 12 августа 1810 года, эта статья примет следующий вид: «1. Учреждение Лицея имеет целью образование юношества, особенно предназначенного к важным частям службы Государственной». Замена слова «высшим» на слово «важным» станет, по всей видимости, следствием отказа царской семьи от первоначального намерения воспитывать в Царскосельском лицее великих князей Николая и Михаила Павловичей.
8 августа 1808 года Сперанский был определен «присутствующим» в Комиссию составления законов. Михайло Михайлович воспринял это назначение без особой радости, что хорошо видно из написанного им в то время письма графу Кочубею. «При отъезде князя Лопухина в Киев мне досталась комиссия законов, в которую без чаяния и желания моего определен я членом», — жаловался он. Между тем это назначение Сперанского показывало, что дальнейшая его карьера будет связана с разработкой законопроектов. Каких? В то время это было государственной тайной, известной только императору Александру и его статс-секретарю Сперанскому.
18 августа 1808 года Сперанский был назначен членом Лифляндского комитета, созданного в 1804 году для разрешения вопросов взаимоотношений лифляндских крестьян и помещиков[23].
Приближая к себе Сперанского, Александр I возвышал и графа Аракчеева. 27 июня 1807 года император присвоил генерал-лейтенанту А. А. Аракчееву, занимавшему тогда должность инспектора всей артиллерии, чин генерала от артиллерии. В своем письме к графу государь сообщал, что повышения в чине он удостоился за «доведение до превосходного состояния артиллерии и успешное действие оной» во время войны с Францией. «Примите сие, — заключал Александр, — знаком моей признательности и особенного моего благоволения». Эти слова не оставляли сомнений в том, что Аракчеева ждет новое возвышение. Так оно и случилось: 13 января 1808 года его величество назначил графа Аракчеева министром военных сухопутных сил.