Часов с 5 вечера Михайло Михайлович снова отдавался работе: писал что-либо или же ехал к государю. Перед тем как дочь его отходила ко сну, он приходил к ней поболтать или поиграть — сам же ложился спать поздно. В горячую пору подготовки проектов государственных преобразований Сперанский работал по 18 часов в сутки, почти без отдыха[3].
По мере сближения с императором Александром круг деятельности Сперанского все более расширялся. 1809 год принес ему чин тайного советника[4], членство в Главном правлении училищ и пост канцлера университета в городе Або (шведское название финского города Турку)[5], должность управляющего Комиссией для рассмотрения финляндских дел (с 20 июля 1810 года — просто Комиссией финляндских дел)[6]. При этом за ним сохранялись, естественно, прежние должности: статс-секретаря императора, товарища министра юстиции и члена Комиссии составления законов.
7 марта 1809 года названной комиссии была придана новая внутренняя организация: в ее составе были образованы Совет и Правление, а рядовые члены комиссии (юрисконсульты) были разделены на шесть отделений во главе с начальниками. Отделение первое (Гражданского уложения) возглавил Г. А. Розенкампф, второе (Уголовного уложения) — Я. А. Дружинин, третье (Коммерческого уложения) — Ф. К. Вирст, четвертое (Публичного права и государственной экономии) — М. А. Балугьянский, пятое (Свода законов Остзейских губерний) — Е. Ф. Зальдельшт, шестое (Свода законов Малороссийских и Польских) — А. К. Повстанский. Непосредственное управление названными отделениями и надзор за их деятельностью стало с указанного времени осуществлять Правление комиссии из министра юстиции П. В. Лопухина, товарища министра юстиции М. М. Сперанского и сенатора Н. Н. Новосильцева. Совет комиссии был призван разрешать общие проблемы, которые могли возникнуть в процессе ее работы. На практике все управление Комиссией составления законов сосредоточилось в руках Сперанского.
1 января 1810 года Александр I учредил своим манифестом Государственный совет. Сперанский получил в этом органе, созданном для обсуждения всех частей управления «в главных их отношениях к законодательству», должность государственного секретаря. В ведении его оказалась вся проходившая через Государственный совет документация: он готовил бумаги к заседаниям, составлял доклады и отчеты для представления императору Александру. Выступавшая внешне обыкновенной канцелярской должностью функция государственного секретаря на практике приобретала исключительную важность. Современники сразу поняли это. «Великий и всемогущий Сперанский, главный секретарь империи и фактически первый министр» — так писал в одном из своих писем посланник королевства Сардинии в Петербурге граф Жозеф де Местр, и эти слова не были слишком большим преувеличением. Князь И. М. Долгоруков характеризовал в своих записках новое положение Сперанского следующими словами: «Тогда стали как блины выходить разные умозрительные и теоретические системы, которые, чем темнее были писаны, тем превосходнее казались. Надобно ли сказать, кто затирал всю эту брагу? Сперанский, сделавшись вдруг и открытым образом первым лицом в государственном управлении, приспособил к себе новую должность и наименован государственным секретарем, наподобие такого же во Франции, которого представлял Марет, ибо тогда все перенималось у Наполеона: и тактика, и судопроизводство, и хитрое искусство обмана. Новая должность сблизила более, нежели когда-нибудь, Сперанского с государем. Он совершенно овладел его помышлением, и тот не мог с ним расстаться. Не было дела, не было бумаги, которая, как через чистилище, не проходила руками Сперанского прежде обличения ее в юридическую форму. Канцелярия и образ производства дел в Совете так были устроены, что Сперанский как секретарь все видел, читал, подносил государю в кабинете, провозглашал в присутствии Совета и, наконец, выпускал в мир крещеный. Правою рукою его и главным сотрудником был Магницкий. В прочем все председатели и министры казались нулями и действительно не смели быть гласными буквами. Публика петербургская, старая и подлая рабыня, сперва пленилась обновкой, но, увидя тяжеловесную мочь Сперанского, задумалась и начала шептать, что все это худо, однако никто не смел говорить о том вслух, и под новым изречением, принятым в обычай, "вняв мнению Государственного совета", начал Сперанский выпускать именем государя свои пышные вымыслы в школярном слоге».