Все это усиливало неприязнь будущего философа к узкому консерватизму иудаизма, сочетавшемуся у руководителей еврейской амстердамской общины с верноподданническими чувствами к Оранскому дому, в котором они, по всей вероятности, видели основу «порядка», дающего возможность хорошей наживы. Отказавшись от купеческой деятельности, Спиноза все больше отдаляется от своей общины. Опасаясь «тлетворного» влияния на еврейскую молодежь столь способного человека, «господа Магамада» предупреждают его, пытаются подкупить значительной суммой, лишь бы Барух посещал синагогу и не выражал своего пренебрежения к вере и обычаям предков. Когда и эта попытка была отвергнута, к Спинозе подсылают убийцу, который, к счастью, промахнулся. Исчерпав все средства воздействия, «господа Магамада» идут на крайнюю меру. 27 июля 1656 г. в переполненной синагоге раввины провозглашают «великое отлучение» (херем) еретика, изгоняющегося из еврейской общины. В условиях рассматриваемой эпохи это было крайне тяжелым наказанием, так как человек, лишенный религиозных связей, в особенности иудей, становился изгоем, общение с которым было крайне опасным. Но у Спинозы было уже немало связей и вне еврейской общины.
Вскоре после отлучения в результате жалоб руководителей еврейской общины местному магистрату Спиноза вынужден уехать из Амстердама и поселиться в деревушке Оуверкерк, находившейся недалеко от города. Друзья Спинозы, из числа меннонитов и коллегиантов, остававшиеся в Амстердаме, помогают ему и морально, и материально. Но молодой мыслитель, ушедший с головой в философские и научные занятия, средства к жизни добывает и собственным трудом. У своих коллегиантских друзей он осваивает искусство шлифовки линз, спрос на которые все увеличивался главным образом в связи с развитием морского и военного дела.
Продумывая складывавшееся у него философское мировоззрение, мыслитель излагает его в сочинении, озаглавленном «Краткий трактат о боге, человеке и его счастье». Оно написано на латинском языке, как почти все его произведения, за исключением некоторых писем, написанных по-голландски. Указанная работа не публиковалась при жизни мыслителя и была обнаружена только в середине XIX в., но, конечно, была известна кружку его друзей и почитателей, сложившемуся в Амстердаме.
Первым литературным произведением Спинозы и единственным, вышедшим при его жизни (в 1663 г.) и под его именем, были «Основы философии Декарта», составленные на основе лекций, читанных философом одному молодому человеку. Но к этому времени Спиноза переезжает в Рейнсбург, селение близ Лейдена, являвшееся центром меннонистско-коллегиантского движения. Один из новейших исследователей полагает, что Спиноза некоторое время учился в Лейденском университете, в котором картезианская философия была очень влиятельной. К тому же периоду относится работа Спинозы над «Трактатом об усовершенствовании разума», в котором рассматривались преимущественно гносеологические вопросы. Это произведение осталось незаконченным. Другое сочинение, которое он обдумывает и даже начинает писать, посвящается в основном вопросам этики. Амстердамские друзья Спинозы живо обсуждают некоторые из законченных разделов этого труда. Но эта работа приостанавливается вскоре после того, как Спиноза перебирается в Ворбург, селение близ Гааги, резиденции нидерландского правительства, возглавлявшегося тогда Яном де Виттом. Отношения его со Спинозой не совсем ясны. Иногда в нашей литературе указывается, что Спиноза чуть ли не занимал место официального советника при де Витте, получал от него жалованье и даже учил его математике. Хотя в некоторых источниках можно встретить указания на такого рода факты, однако новейшие исследователи не склонны категорически доверять им. Учителем математики де Витта Спиноза никак не мог быть, ибо де Витт был одним из самых видных математиков своего времени, чего невозможно утверждать о самом философе. Но даже если Спиноза не был другом де Витта, он, безусловно, был весьма близок к его кругу, о чем мы можем судить хотя бы по его «Переписке».