С самого начала июня самолеты, базирующиеся на о.Мидуэй, вели разведку в районе радиусом в 600 миль к лападу от острова, чтобы своевременно обнаружить японские силы вторжения. Правда, туман сильно затруднял патрулирование, однако американцы, которые, как мы полагали, находились в неведении относительно наших намерений, в действительности были обо всем осведомлены и находились в полной готовности нанести удар в нужный момент.
Непрерывный дождь, который сопровождал Главные силы, 3 июня (4 июня по японскому времени), наконец, прекратился, но небо по-прежнему было пасмурным и угрожало разразиться новыми потоками воды. В 08.00 согласно плану адмирал Ямамото приказал соединению вице-адмирала Такасу оставить Главные силы и обеспечить прикрытие Северного соединения, действующего в районе Алеутских островов. К 6 июня Такасу должен был достигнуть пункта, находящегося в 500 милях к югу от о. Кыска. К этому времени Главные силы адмирала Ямамото должны были согласно плану занять позиции на 500 миль еще дальше к югу. В случае контратаки противника в плане предусматривалось объединение этих двух соединений. Примерно через час после того как соединение Такасу оставило Главные силы, Ямамото получил донесение с флагманского корабля контр-адмирала Танака «Дзиицу», который находился в непосредственном охранении транспортов с десантом для высадки на о. Мидуэй. В донесении сообщалось, что в 09.00 разведывательный самолет противника обнаружил наши транспорты в 600 милях к западу от о. Мидуэй. Танака сообщил также, что летающая лодка противника неотступно следовала за транспортами до тех пор, пока огонь зенитной артиллерии с кораблей эскорта не заставил ое отстать.
Это событие в корне изменило весь ход операции. Часть наших сил была обнаружена, и, по всей вероятности, командование противника уже знало об их местонахождении.
В полдень девять бомбардировщиков В-17 атаковали конвой. К счастью, попаданий не было, и транспорты продолжали движение. Однако утром 4 июня самолеты противника появились вновь и атаковали транспорты с бреющего полета. Один из самолетов сбросил торпеду, которая попала в носовую часть танкера «Акэбоно Мару», шедшего в хвосте колонны. Было убито 11 человек и ранено 13, но повреждения самого судна оказались незначительными. Танкер лишь на мгновение замедлил ход, но не оставил своего места в строю.
Сообщение о происшедших событиях срочно передали на «Ямато». На лицах офицеров штаба Ямамото появилось беспокойство. Еще совсем недавно они были преисполнены оптимизма и никак не ожидали, что противнику удастся обнаружить транспорты раньше, чем соединение Нагумо начнет атаку о. Мидуэй. Впрочем, если говорить откровенно, обнаружение транспортов было скорее вопреки их надеждам, чем ожиданиям.
Согласно плану операции транспорты, обладающие небольшой скоростью, вышли раньше и двигались далеко впереди Ударного авианосного соединения. Поэтому противник мог обнаружить их особенно легко. Этой опасности можно было избежать, выслав соединение Нагумо на день раньше, чтобы оно нейтрализовало авиацию, базирующуюся на
о. Мидуэй до того, как конвой транспортов войдет в зону действия разведывательных самолетов с острова. Офицеры оперативного отдела штаба Объединенного флота, взвесив все обстоятельства, предложили этот вариант адмиралу Нагумо. Со своей стороны Нагумо предложил на один день задержать выход транспортов. Но с этим не согласился адмирал Ямамото: высадка десанта была намечена на последний день полнолуния и отсрочить ее не представлялось возможным. Итак, несмотря на некоторые опасения, все опять сошлись на первоначальном варианте.