Во втором томе своей обширной работы „Происхождение древней Франции" Флаш также уделил большое внимание истории французских городов. Отметив, где города возникали (около замков, около монастырей, через трансформацию деревни, через основание поселения на новом месте), Флаш говорит о разобщенности отдельных элементов города: их интересы были различны (divergents); точки соприкосновения редки; в них скорее нарастало разделение, чем цементирование. И вместе с тем он же подчеркивает, как в дальнейшем у отдельных групп налаживается корпоративная связь и у патрициата и у плебса. Ее корни многообразны: соседство, приходская связь, общность опасности, римская традиция и германские обычаи — все это могло питать корпоративную связь и порождать гильдию, братство, взаимопомощь. Каждая городская ассоциация может стать центром притяжения для других. Иногда в городе образуется два центра: один объединяет низы общества, другой — патрициат. Средневековая история знает много случаев, когда корпоративные связи перерастали в коммунальные, закреплялись в грамоте, которую получал город от сеньора. Естественная эволюция сеньориального строя, политические события XI–XII века, этнические особенности — все это оказывало сильное влияние на переход от корпоративной связи к коммунальной.
Теория Флаша была в общем сложнее теории Люшера, она подмечала различие между корпоративными и коммунальными связями в городах; периоду нарастания этих связей она противопоставляет другой, более ранний период распада связей. Но ни Люшер, ни Флаш не ставили вопроса об экономических причинах зарождения городов, хотя они и не питали того исключительного интереса к истории городских учреждений, как это было заметно в немецкой историографии конца XIX и начала XX века.
Таков был момент в историографии средневекового города, когда Пиренн опубликовал свою первую работу о городах в Revue historique за 1893 и 1895 гг. под заглавием „Происхождение городских учреждений". Он вносил нечто новое своим интересом к экономическим причинам происхождения городов. Города возникали там, где для этого были подходящие условия для торговли, где садилось новое население, торговое рядом с земледельческим. Эти поселения получают и особое право, городское, завязь которого надо искать в купеческих гильдиях. Jus mercatorum отвечало своеобразному купеческому быту и отличалось от права вотчины с ее более простым сельскохозяйственным укладом жизни. Jus mercatorum с обособленной группы людей, т. е. купцов, распространяется в городе на всю территорию. Это значит, что в городе должны отмереть старые баналитеты, чинши, личная несвобода. Таким образом Пиренн пошел несколько по другому пути, чем Люшер и Флаш в объяснении зарождения городов.
Эта его теория, с одной стороны, была подкреплена локальными изысканиями; с другой стороны, она получила более детальную разработку в отношении фландрских городов, наконец, она была поставлена в связь с теорией экономического развития Западной Европы, в котором рубежом, разделяющим античность и средневековье, Пиренн позднее считал не IV–V век, а VIII–IX, так как только арабы, по его мнению, порвали старые торговые связи Западной Европы с Востоком. С теорией городского развития у Пиренна несомненно генетически связана и другая его теория фаз капиталистического развития, нарождение и умирание в каждой из них своего класса капиталистов.
Работа Пиренна по истории средневековых городов представляет большой вклад в историческую науку. Он один из первых историков подошел к освещению экономической причины образования и развития городов, обладая для этого и хорошим знанием источников. Он связал их историю с историей торговли и ремесла. Чем больше он работал, тем больше расширял круг своих наблюдений над этим вопросом; от городов северной Франции и Фландрии он перешел к городам Италии, Скандинавии и Приднепровья.
Правовые перемены, происшедшие в жизни средневекового города, Пиренн всегда рассматривал не сами по себе, а в связи с общим комплексом городской жизни. Он проследил возникновение и развитие купеческого класса в Западной Европе, история которого так тесно переплеталась с историей городов. Конечно, Пиренн не ставит в связь возникновение городов и их рост с успехами производительных сил: под которыми надо понимать отделение города от деревни, обособление производства от формы сношений, разделение видов производства между отдельными городами, как это делают основоположники марксизма (Немецкая идеология, 40–45; издание 1933 года), но он дает богатый материал для наполнения указанных общих категорий конкретным содержанием.