В декабре 1934 года был исключен из партии фрезеровщик Бердыгин, заявивший, что «Киров убит на почве ревности». Слесарь госзавода номер 4 Франц Банковский также утверждал: «Сергей Миронович Киров был убит Николаевым из-за ревности к жене». «Инструктор физподготовки т. КОЧЕТОВ, проходя по 10-й линии в направлении к Академии (около Энергетического института), предоставил мне две записки с лозунгами: «Да здравствует смерть т. КИРОВА!», написанные карандашом…»
Работники НКВД быстро пресекали зловредные слухи относительно «личных обстоятельст-в» рокового выстрела, направляя ярость народа в нужное русло. На митингах, организованных с повеления Сталина, все чаще раздавались призывы к расправе с Зиновьевым и его сторонниками. 3 декабря отстраняют Медведя от должности начальника Ленинградского управления НКВД. 4 декабря временно назначается Яков Агранов, искусный специалист по части фабрикации таких дел. Это он работал с провокатором Семеновым, руководителем боевой группы, убившей Володарского и готовившей покушение на Ленина.
Агранов успешно начинает обработку Николаева. Как свидетельствуют документы, до 6 декабря Леонид Васильевич упорно твердит, что он совершил убийство в одиночку. После 6 декабря ситуация меняется и появляются первые «соучастники», естественно, из лагеря оппозиционного блока зиновьевцев. Жданов, выступая 15 декабря на пленуме Ленинградского обкома, подверг резкой критике бывших оппозиционеров, связав их преступную деятельность с убийством Кирова. 18 декабря в передовой статье «Ленинградской правды» Зиновьев и Каменев названы «фашистским отребьем». Так формулировалось уже обвинение, и естественно, что следствие после угроз Сталина стало чутко к нему прислушиваться.
Николаева допрашивали интенсивно. 6 декабря его приводили на допрос семь раз, причем следователи менялись. Чуть позже этот метод допросов будет признан самым удачным, который позволял следователям добиваться быстрой ломки обвиняемых. И здесь надо отдать пальму первенства Якову Агранову, который его применял еще раньше, когда вел дело «Промпартии». Но нервический Николаев такого мощного напора не выдержал. После одного из допросов он попытался покончить с собой. Агранов меняет тактику. На смену жесткому методу угроз и запугиваний, «вкруговую», как назовут его в НКВД, приходит череда мягких уговоров. Ему обещают сохранить жизнь, создают особые условия в камере, питание с вином, ванну.
Стоит отметить, что здесь свою скромную лепту внес сам «вождь всех времен и народов» Сталин. Он пишет в записке к Агранову: «Подкормите Николаева, купите ему курочек и др. продуктов, кормите его, чтоб он окреп, а потом расскажет, кто им руководил, а не будет говорить, засыпим ему — все расскажет и покажет». Что «засыпим», Сталин не объясняет, может быть, это было новое чудодейственное средство? Ведь одна из кличек Ягоды была Аптекарь, он два месяца учился на фармацевта — это, кстати, являлось его «высшим» образованием, — но толк в ядах и других снадобьях он знал неплохо.
Агранов на эту записку отвечает Сталину: «Николаев держится крайне упорно». Но списки зиновьевцев давно составлены, Николаеву их подсовывают, и перемена «метода» начинает действовать. Понемногу Николаев начинает «признавать сообщников». Арестовано уже 13 человек, их допрашивают по отдельности, некоторых из них Николаев даже знал лично, поэтому легко можно все связать. Аппетит приходит во время еды. Николаева пытаются даже привязать к Троцкому, а следовательно, и остальных зиновьевцев. Теперь уже не важно, что Зиновьев и Каменев когда-то боролись против Троцкого и благодаря их усилиям Сталин смог победить его. Важно другое: для всей партии Троцкий заклятый враг, и одно это уже дает повод для того, чтобы уничтожить его сторонников. Разрабатывается операция «Консул». Для этого используется консул Латвии Бисенекс, который как бы являлся связником Николаева и Троцкого. Эти сведения даже фигурируют в обвинительном заключении. Агранов даже добивается признания Николаева по этому поводу. Но для того, чтобы версия заработала, необходимо создать мощную организацию. Однако Котолынов, знакомец Николаева, получение 5 тысяч рублей от Бисенекса не подтвердил, и версия стала рассыпаться. Пришлось ее оставить.