Реформы эпохи царствования Александра II (1856–1881), кульминация Просвещения, осуществлявшегося в значительной степени русской бюрократией, принесли улучшения для очень небольшой части еврейского населения. Так, евреи были уравнены с остальными жителями страны в том, что касалось военной службы, но предписания, ограничивавшие выбор местожительства, сохраняли силу. Вне черты оседлости могли селиться только те, кто причислялся к профессиональной группе, признанной «полезной». Поначалу это правило касалось купцов первой гильдии, уплачивавших самые высокие налоги, и выпускников университетов, позже было распространено на ремесленников, а также солдат, отслуживших в армии Николая I. Основная масса по-прежнему оказывалась вынуждена жить в тесных границах черты оседлости, не имея достаточных возможностей обеспечить себе пропитание. Предубеждение самого Александра II против евреев и усиление славянофильства и украинского национализма в начале 1860-х гг. воспрепятствовали проведению последовательных реформ в политике по отношению к евреям. Распространившееся среди общественности мнение о причастности евреев к польскому восстанию и попытке покушения на императора в 1866 г. усилило позиции всех тех, кто требовал проведения политики твердой руки по отношению к национальным меньшинствам, населявшим Российскую империю.
С убийством Александра II фаза ограниченной внутренней либерализации в жизни русских евреев закончилась. Популистская подстрекательская пропаганда кругов, близких к правительству, возлагала на них ответственность за покушение и спровоцировала в том же году, прежде всего на Украине, волну погромов, стоившую жизни тысячам евреев. Евреи, жившие в обеих столицах, Москве и Санкт-Петербурге, были возвращены в черту оседлости, а в высших учебных заведениях для них была введена процентная норма. Эти меры, проистекавшие из страха перед мощной еврейской «силой», заставляли еврейскую интеллигенцию занимать как раз ту позицию, которую приписывали ей юдофобы. Иными словами, не существование радикально и бунтарски настроенных еврейских интеллигентов было причиной лишения евреев шансов сделать карьеру на государственной службе. Наоборот, радикализация была логическим результатом возраставшей дискриминации4.
Правители России всегда стремились ассимилировать нерусских подданных. Плата за интеграцию была высокой — им приходилось отказываться от своих религий, нравов и обычаев. В 1881 г. русский был объявлен единственным официальным языком.
На протяжении двух последних десятилетий XIX в., когда в Германской империи и Австрии были ослаблены законодательные ограничения против евреев, в России им приходилось особенно тяжко. Они считались представителями нового общества, первопроходцами капиталистической экономики, которая представляла собой угрозу для феодального русского общества, отмеченного все еще сильным влиянием аграрного сектора и связанных с этим привилегий знати. Агрессивный антисемитизм властей находил все больше сторонников среди русских консерваторов, в основном представителей поместного дворянства, приверженного крепостнической системе и чувствовавшего угрозу для себя в какой бы то ни было модернизации. Они использовали свою власть для того, чтобы с помощью определенных газет оказывать давление на общественное мнение, и занимали доминирующее положение в отдельных министерствах (например, в министерстве внутренних дел). «Черные сотни» стали своего рода резервуаром разных радикальных партий, представлявших прежде всего интересы помещиков. Эти партии одобряли насильственные акции обедневших слоев народа против евреев и инсценировали их, канализируя тем самым недовольство низов.
Антисемитская пропаганда черносотенцев пыталась поставить в вину евреям всякое стремление к изменению общества.
В отличие от Германии, юдофобия в России в очень малой степени связывалась с расовыми учениями. Если в глазах немецких антисемитов евреи были вечными разрушителями, наносящими исподтишка вред германской расе, призванной к господству, то, по мнению русских юдофобов, они являлись представителями чуждой религии, превосходившими русских в интеллектуальном отношении. Евреи России, принимавшие христианство, переставали быть жертвами дискриминации, но отнюдь не предрассудков консерваторов. Это проявлялось как в проникнутой завистью антипатии к евреям, стремящимся к социальному восхождению и готовым к ассимиляции, так и в неприятии якобы отсталых бедняков западных областей, косневших в приверженности чуждому языку, самобытной культуре и религии, окутанной тайной. Фобия в отношении евреев, как ассимилированных, так и сохранивших свои национальные особенности, стала типичным признаком российского антисемитизма, в том числе и в советские времена.