Лаврентий Берия решительно вторгся в «святая святых» партийного аппарата – кадровую политику. В апреле он направляет в Президиум ЦК несколько записок, в которых говорит о недостатках в работе партийных органов Украины, Белоруссии, Литвы и Латвии. Записки эти были обсуждены на заседании Президиума ЦК 20 мая 1953 года. Так, после обсуждения записки о недостатках в работе органов МВД Литвы по борьбе с националистическим подпольем Президиум ЦК принимает постановления «О политическом и хозяйственном положении в Западных областях Украины» и «О положении в Литовской ССР». В нем работа ЦК КПЛ и правительства республики признавалась неудовлетворительной, главной задачей литовской парторганизации определялась «подготовка, выращивание и широкое выдвижение литовских кадров во все звенья партийного, советского и хозяйственного руководства». На посты зампредов Совмина республики, вторыми секретарями райкомов и горкомов, зампредами исполкомов, директорами совхозов, МТС, промышленных предприятий должны были выдвигаться литовцы. Номенклатурные работники, не знающие литовского языка, отзывались в распоряжение ЦК КПСС. Отменялось «ведение делопроизводства во всех партийных, государственных и общественных организациях Литовской ССР на не литовском языке» (т. е. в переводе с бюрократического на русский, литовский должен был стать официальным языком республики). Для районов с преобладанием польского населения таким языком должен был стать, соответственно, польский (после ареста Берия эти решения были отменены как способствовавшие «активизации буржуазно-националистических элементов», а записка изъята из протоколов Президиума ЦК). Все это, и в особенности расследование деятельности органов МГБ на Украине, не могло не встревожить бывшего секретаря ЦК КП Украины Н. Хрущева, ответственного за многие совершенные там преступления.
Берия широко смотрел и на международные отношения, решив уладить отношения с Югославией, испортившиеся в последние годы правления Сталина. Что же касается ГДР, то он стоял за объединение Германии, считая, что СССР «нужна только мирная Германия, а будет там социализм или не будет, нам все равно». При этом он исходил из того, что строительство социализма в ГДР обойдется Москве в 20 млрд. долларов в течение 10 лет. А раз так, то выгоднее было бы согласиться на объединение Германии, получив от Запада за это согласие 10 млрд. долларов. В мае 1953 г. им были предприняты конкретные шаги в этом направлении. В Берлин вылетела опытная разведчица Зоя Рыбкина, получившая задание выйти на федерального канцлера ФРГ К. Аденауэра и выяснить возможности реализации этих предложений. Однако миссия Рыбкиной закончилась, не успев начаться. 26 июня 1953 года Лаврентий Берия был арестован, и Рыбкиной пришлось срочно возвращаться в Москву.
Подобные инициативы, а главное, рост влияния Лаврентия Берия пугали других партийных лидеров, в особенности Никиту Хрущева, который и стал инициатором ареста Лаврентия Берия и вовлек в заговор остальных членов Президиума ЦК. 26 июня 1953 года Лаврентий Берия был арестован на заседании Президиума Совета Министров СССР. При этом главную роль сыграли командующий войсками Московского военного округа генерал-полковник Кирилл Москаленко и маршал Георгий Жуков.
Поздним вечером того же дня арестованный был тайно вывезен на гарнизонную гауптвахту, а на следующий день переведен в бункер штаба Московского военного округа, где содержался под усиленной охраной до суда.
Вечером 26 июня был арестован сын Берия Серго вместе с беременной женой и двумя малолетними детьми. Жена Берия была арестована в начале июля. В заключении она и ее сын находились до декабря 1954 года. 12 сентября 1953 года было принято постановление ЦК КПСС о выселении родственников Берия с территории Грузии.
29 июня 1953 г. Президиум ЦК принял постановление «Об организации следствия по делу о преступных антипартийных и антигосударственных действиях Берия». Следствие было поручено выдвиженцу Никиты Хрущева – Генеральному прокурору СССР Р. Руденко, утвержденному в должности на том же заседаний.
Суд над Лаврентием Берия и его приближенными (В. Меркуловым, В. Деканозовым, Б. Кобуловым. П. Мешиком, С. Гоглидзе, Л. Влодзимирским) начался 18 декабря 1953 года.
Рассматривавшее дело Специальное судебное присутствие Верховного суда СССР под председательством Маршала Советского Союза Ивана Конева 23 декабря приговорило Лаврентия Берия и его соучастников к расстрелу с конфискацией лично им принадлежащего имущества, с лишением воинских званий и наград.
В тот же день в 19 часов 50 минут приговор был приведен в исполнение комендантом Специального судебного присутствия генерал-полковником Павлом Батицким в присутствии генерала армии Кирилла Москаленко и Генерального прокурора СССР Р. Руденко, о чем был составлен соответствующий акт. Тело казненного было кремировано, прах развеян мощным вентилятором.