31 июля 1937 года Люшков получил назначение на должность начальника УНКВД по Дальневосточному краю, сменив на этом посту комиссара 1-го ранга Дерибаса. Приступив к работе, он всячески старался отвести от себя нависшую опасность и с учетом «ростовского опыта» рьяно взялся за «выкорчевывание» в партийных организациях края и органах госбезопасности «троцкистов», «зиновьевцев» и прочих «замаскировавшихся врагов».
Первыми, в ком Люшков распознал «врага», был не кто иной, как его предшественник Дерибас. Он оказался «главным организатором в крае «правотроцкисткого Дальневосточного центра». Выбить из Дерибаса нужные показания для команды костоломов Люшкова не составило большого труда. После чего оставалось только заполнить схему заговора исполнителями. Их долго искать не пришлось, все они были под рукой – заместители Дерибаса – Семен Западный и Иосиф Барминский; последнего попутно сделали «японским шпионом». «Заговорщики», естественно, действовали не в одиночку и «втянули в свою преступную деятельность перерожденцев-предателей» – начальников областных управлений НКВД Леонида Липовского, Сергея Сидорова, Александра Лавтакова и других. Волна репрессий докатилась до последнего опера.
Под руководством Люшкова очистка органов госбезопасности и партийного аппарата Дальневосточного края от «врагов народа» и «изменников» шла такими темпами, что лимиты на приговоры «троек» по «первой категории» – расстрел (2 000 человек) и «второй категории» – осуждение к длительным срокам (4 000 человек) были исчерпаны к октябрю 1937 года. В наркомате пошли навстречу его настойчивым просьбам и пересмотрели их в сторону увеличения.
От такой работы Люшкова был в восторге первый секретарь Дальневосточного крайкома ВКП(б) Иосиф Варейкис. В письме Сталину 8 сентября 1937 года он писал:
«…После приезда в край нового начальника НКВД Люшкова было вскрыто и установлено, что также активную роль в правотроцкистском Дальневосточном центре занимал бывший начальник НКВД Дерибас… …Среди работников железных дорог были выявлены и расстреляны 500 шпионов».
В конце письма Варейкис заверял товарища Сталина в том, что «партийные организации и дольше будут беспощадно бороться с «перерожденцами».
Когда он писал эти строки, то вряд ли предполагал, что «новый начальник НКВД Люшков» уже копает под него яму. Не прошло и месяца после письма Варейкиса Сталину, как его освободили от должности и вызвали в Москву для объяснений в ЦК ВКП(б). До столицы он так и не доехал, был снят с поезда и арестован. Объяснения ему пришлось давать не в ЦК ВКП(б), а в камере на Лубянке. Следователь НКВД не стал их слушать, а предъявил Варейкису обвинение в организации «правотроцкистского Дальневосточного центра».
В результате «активной разоблачительной деятельности» Люшкова в Дальневосточном крае подверглись репрессиям, помимо славившего его Варейкиса, второй секретарь крайкома партии Владимир Птуха, председатель Далькрайисполкома Михаил Вольский, первые секретари Приморского обкома партии Павел Таныгин и Николай Мякинен, первый секретарь Хабаровского обкома Илья Слинкин, первый секретарь Сахалинского обкома Павел Ульянский, начальник штаба Приморской группы войск Отдельной Краснознаменной Дальневосточной армии (ОКДВА) Алексей Балакирев, командующий ВВС Приморской группы войск ОКДВА Иван Флеровский, а также предшественники Люшкова начальники УНКВД по Дальневосточному краю комиссар 1-го ранга Терентий Дерибас, комиссар 1-го ранга Балицкий и многие другие.
Маховик репрессий, раскрученный Люшковым, набирал обороты, и здесь он совершил ошибку. Ему изменило чутье, он не уловил, что из Кремля подули другие ветры. Было ли это связано с отдаленностью от Москвы или с тем, что под давним его покровителем Леплевским закачалось руководящее кресло начальника 3-го управления военной контрразведки НКВД СССР, и тому стало не до своего протеже. Как бы там ни было, но оказалось, что Люшков зашагал не в ногу с партией.
С наступлением 1938 года Сталин начал раскладывать новый кадровый «пасьянс» и сметать с политического поля лишние фигуры. 14 января 1938 года на Пленуме ЦК ВКП(б) с докладом выступил член политбюро Георгий Маленков. Он подверг резкой критике «перегибы» и «перекосы» в работе партийных организаций, связанные с «необоснованными исключениями коммунистов». По итогам заседания было принято постановление «Об ошибках парторганизаций при исключении коммунистов из партии».
Сталин посчитал, что пришло время осадить своего «цепного пса» Ежова, а стране и народу в очередной раз явить «врагов» – виновников чудовищных злодеяний и преступлений. Одним из первых «козлов отпущения» стал Леплевский, наиболее рьяный исполнитель предыдущих разоблачений – «военно-фашистского заговора в Красной армии» и в партийных организациях Украины. Выправлять линию партии в органах госбезопасности взялся новый ставленник Сталина Михаил Фриновский. Он со своей командой, поработав, как следует, в Киеве, подготовил «схему заговора» и подобрал в нее исполнителей. И когда все было готово, настал черед самого Леплевского. 26 апреля 1938 года его арестовали и предъявили стандартное обвинение – «участие в правотроцкистской антисоветской организации и проведение контрреволюционной деятельности».