В той же беседе с Граниным Косыгин подробно рассказывал о первых месяцах войны: «Память у него сохраняла фамилии, количества продуктов, машин, названия предприятий. Поразительная была память. Думаю, что рассказывал он про это впервые. Так свежо было удовольствие, которое он испытывал, вспоминая. Бесстрастный голос его смягчался, его уносило в какие-то отступления, которые вроде и не относились напрямую к нашей теме. Но они были интересны ему самому. Одно из них касалось октябрьских дней 1941 года в Москве, самых критических дней войны. Москва поспешно эвакуировалась, в Куйбышев отбыл дипломатический корпус, отправили артистов, Академию наук, наркомов… Из руководителей остались Сталин, Маленков, Берия и он, Косыгин. Между прочим, организуя отправку, Косыгин назначил Николая Алексеевича Вознесенского главным в правительственном поезде. Вознесенского такое поручение рассердило, характер у него был крутой, его побаивались, тем более что он пребывал в любимцах у Сталина. Сталин его каждый вечер принимал. Вознесенский пригрозил Косыгину, что пожалуется на это дурацкое назначение. Следует заметить, что Вознесенский был уже кандидатом в Политбюро, а это много значило.
– Я не отступил, и Вознесенский вскоре сдался: черт с тобой, буду старшим. А я не боялся, мы с ним друзья с ленинградских времен…». В те страшные дни Сталин положился на Косыгина. В беседе с Граниным вспомнил Косыгин и о критическом дне прифронтовой Москвы: «Одну за другой выкладывал он интереснейшие подробности о том, как шестнадцатого октября здание Совнаркома опустело, – двери кабинетов настежь распахнуты, валяются бумаги, шуршат под ногами, и повсюду звонят телефоны. Косыгин бегом из кабинета в кабинет, брал трубку, алекал. Никто не отзывался. Молчали. Он понимал: проверяют, есть ли кто в Кремле. Поэтому и носился от телефона к телефону. Надо, чтобы кто-то был, пусть знают…
Тут я вставил про нашего лейтенанта, который, прикрывая отход, бегал от пулемета к пулемету, стрелял очередями, как будто мы еще сидим в окопах». Вот так, бегая от телефона к телефону, Косыгину подчас приходилось подменять собою весь Совнарком. Да, этот подвиг сродни военному.
1 января 1942-го. Недолгий отдых в кинозале. И снова – новогоднее назначение, ключевое в судьбе Косыгина, который вошел в историю Великой Отечественной прежде всего как уполномоченный Государственного Комитета Обороны в блокадном Ленинграде. Эта миссия Косыгина была поистине героической. В осажденном Ленинграде оставалось 2116 тысяч жителей. За январь умерло больше 80 тысяч. Косыгину предстояло организовать работу ледовой трассы через Ладожское озеро и вывезти из города полмиллиона человек. Прибыв в Ленинград, Косыгин немедленно занялся «Дорогой Жизни». Из Москвы Косыгин привез 40 автобусов и 200 грузовиков, загруженных продовольствием и запчастями. Еще 260 грузовиков обещали прислать из Горького и Ярославля. Каждое колесо – на счету. Машин не хватало. От безысходности Косыгин предлагает пустить по льду троллейбусы, но до этого дело не дошло. Изголодавшихся, больных людей поездом подвозили к Ладоге, а там – по ледовой дороге в автобусах и открытых грузовиках перевозили на восточный берег озера. Там работали пункты питания, дежурили медики. Не раз на эвакопункте Косыгин подходил к людям, помогал ослабевшим, подбадривал. Желал доброго пути и предупреждал, что дорожный паек следует экономить. Дальше – холодные вагоны спасительного поезда и – на восток, на восток…
Соратник и товарищ Алексея Николаевича, Анатолий Болдырев, вспоминал: «Зима 1941/42 г. была необычайно суровой. Морозы достигали 35 градусов, дули пронизывающие северные ветры. «…» Алексей Николаевич Косыгин каждые два-три дня наведывался на станцию Борисова Грива, объезжал по кольцевым маршрутам все пункты приема и отправки людей, грузов, пункты ремонта автомеханики и защиты «Дороги Жизни» от авиации противника».