Все, кто сталкивался с отцом Иоанном, чувствовали, что в этом, еще юном, подвижнике живет настоящее сокровище духа, из которого льется источник Живой воды, текущей в вечность. Вскоре к нему потянулись люди со всей страны. Одним из самых близких друзей отца Иоанна был игумен Марк (Лозинский), о котором, я надеюсь, мы сделаем когда-то отдельную публикацию.
К концу учебы в академии отец Иоанн уже стал известным духовником, которому исповедовались преподаватели, студенты и богомольцы. Всегда кроткий, смиренный, послушливый, даже без тени мнения о себе, он, казалось, видел душу человека насквозь. Уже в то время многие стали отмечать прозорливость отца Иоанна. Он напоминал исповедникам давно забытые ими грехи, видел прошлую жизнь человека, предупреждал об опасности, которая будет предостерегать их в будущем. Сам внешний вид отца Иоанна вызывал к себе какой-то благоговейный трепет. Святость, которая жила в его чистом сердце, невидимым светом освещала собой все пространство вокруг этого благодатного подвижника, и к ней все больше и чаще стали тянуться люди.
Владыка Полоцкий и Глубокский Феодосий, который учился в это время в академии, вспоминал, как он как-то сказал отцу Иоанну: «Батюшка, тут есть одна старица-прорицательница. Она предсказывает многое». Отец Иоанн ответил: «Пусть придет ко мне эта старица». Старушка пришла к батюшке, но когда уходила от него, кричала на весь храм: «Иоанн поломал мне ноги!» Оказывается, старица была мнимой и находилась в духовной прелести. После беседы с батюшкой бесовское наваждение исчезло и старушка была вынуждена признать, что обманула многих.
Отец Иоанн воплотил в себе Христово учение и был носителем Духа Святого. В этом разгадка всеобщей любви и уважения к старцу.
Протоиерей Владимир Кучерявый в своих воспоминаниях об отце Иоанне пишет, что его всегда удивляла «редкая способность батюшки говорить с каждым человеком на языке его уровня, исходя из духовной зрелости. Такой индивидуальный подход к каждому и получаемая помощь привлекали к отцу Иоанну множество людей…, так что слух о нем, можно сказать, проходил по всей Руси».
Отец Иоанн воплотил в себе Христово учение и был носителем Духа Святого. В этом разгадка всеобщей любви и уважения к старцу. Батюшке было дорого прежде всего спасение души, которая вверяла себя его попечению. Поэтому все его отношения с людьми были святы, просты и значительны. Оттого так и тянулись к нему души, стремясь полностью открыться перед ним.
Остается загадкой, каким образом отец Иоанн успевал совмещать труд преподавателя, ученого и духовника. Его лекции по Пастырскому богословию приходили слушать студенты со всех курсов. Это были не просто занятия, а самые настоящие беседы старца с учениками.
Показательно, как отец Иоанн сочетал свою прозорливость с преподаванием. Один из тогдашних студентов вспоминал, как прекрасно выучил урок, готовясь к занятиям по Пастырскому богословию. Предвкушая свой триумфальный ответ, он сладостно ждал похвалы и высокой оценки отца Иоанна. Но от прозорливости старца не скрылось состояние тщеславия, в которое было погружено сердце молодого студента. Когда тот начал отвечать и на пару секунд замялся, отец Иоанн спокойно сказал: «Ничего не знаешь, садись, кол». Возмущение, обида, стыд залили краской лицо этого юноши. Всю ночь он не спал и думал о произошедшем, но к утру понял, что произошло и почему он получил именно такую оценку.
Старец очень сильно болел и был часто просто прикован к постели. Ему пришлось перенести пять сложнейших операций. Но при этом он продолжал служить людям.
Будучи преподавателем академии, отец Иоанн написал множество научных публикаций, которые печатались во всех церковных журналах того времени. Его богословские труды получили очень высокое признание во всем мире. Книги «Глинская пустынь» и «Глинский Патерик» стали настольными учебниками по духовной жизни для монашества. А научная диссертация «Святитель Тихон Задонский и его учение о спасении» и приложение к ней «Симфония по творениям святителя Тихона Задонского» впервые в истории МДА были в 1999 году рекомендованы Министерством образования к использованию в педагогической практике и внедрению в образовательные учреждения всех типов под грифом «Книга для учителя по духовно-нравственному воспитанию».