Сам старец рассказывал о своих мытарствах незадолго до своей кончины, улыбаясь: «В Саратове были на службе‚ потом в Костроме, потом в Жировицкой обители более трех лет, потом в Одесской обители около двух лет, а потом Одесский архиерей сделал меня врагом народа и пять с половиной лет нигде не давали служить. Ничего, все бывает».
Об этих тридцати годах его жизни мало что известно. Пережил он за это время и голод, и холод, и всякие лишения. Причину такого отношения к отцу Пафнутию объясняет отец Кирилл (Павлов): «Отец Пафнутий был обличителем и обличителем ревностным. Он шел в лобовую. Сам такой справедливый и, видимо, за правду мог постоять и вопреки всему пойти на столкновение, когда видел, что неправда вторгается. У него был прямой характер».
Усердное служение молодого игумена, отсутствие у него страха перед атеистической властью, авторитет, которым он пользовался среди верующих, вызывали резкое неприятие со стороны мирских властей. В результате отношение церковных властей, ориентировавшихся в то время на власть предержащих, зачастую было отнюдь не доброжелательным. Следствием чего и явились бесконечные перемещения отца Пафнутия из епархии в епархию. Батюшку отправляли на самые дальние приходы, где подчас нечего было есть, где стоял лишь заброшенный храм, нуждающийся в восстановлении.
Находясь в изгнании, он по возможности приезжал в Киев. Жить без преподобных угодников Печерских старец не мог. И хотя Лавру тогда уже закрыли, а пещеры были музейными, он все же вместе с экскурсиями проникал в дорогие для него лаврские подземелья и там со слезами молился у святых мощей.
Отец Пафнутий приобрел множество духовных чад, которые жили в самых разных концах СССР. Только в 1988 году, после десятков лет скитаний, он смог вернуться в Киево-Печерскую лавру, когда она была возвращена верующим. Тогдашний митрополит Киевский Филарет (Денисенко) старца невзлюбил еще со времен их совместного обучения в Духовной академии, поэтому в штат монахов не взял. Но тогдашний наместник монастыря, архимандрит Ионафан (Елецких), не препятствовал пребыванию старца в обители.
Отец Пафнутий имел возможность проводить богослужения, петь на клиросе, выполнять текущие послушания, хотя жить ему приходилось на полулегальном положении. Только после того, как Киевским митрополитом стал Владимир (Сабодан), отца Пафнутия официально приняли в число братии Киево-Печерской лавры. В это же время старец знакомится с блаженной матушкой Алипией, имея радость духовного с ней общения.
Последние годы жизни отец Пафнутий нес тяжелый крест старчества. Люди тянулись к нему, чтобы услышать добрый совет, наставление, многие искали у него исцеления от скорбей и болезней. И действительно Бог послал старцу Пафнутию дар исцеления безнадежно больных людей. Есть множество примеров того, как умирающие люди, от которых отказались врачи, были чудесным образом воздвигнуты от одра болезни старцем.
По благословению духовника отец Пафнутий также проводил специальные молебны над людьми, страждущими от нечистых духов. Дважды в неделю по средам и субботам у Дальних пещер собиралось множество народа для того, чтобы попасть на эти молебны. Очень тяжело было нести этот крест старцу. Но ради послушания и тех даров, которыми его наделил Бог, он мужественно терпел все скорби и лишения священнической службы.
Отец Пафнутий никогда на выставлял себя перед людьми как молитвенника и прозорливца. Он всегда был прост в общении, очень добр, тактичен, всех миловал и ко всем относился с равной любовью и милосердием. В разговоре с людьми проявлял исключительную заботу и смирение. Ни разу его не видели удрученным или унывающим. Иногда одного слова или взгляда старца хватало для того, чтобы в душе человека совершился переворот. Тысячи людей по молитвам отца Пафнутия получили утешение, ободрение и силы нести свой жизненный крест.
Много скорбей и поношений пришлось претерпеть старцу за подвиг, который он нес во Имя Господа, ради страждущего человечества. Усердное служение людям, толпы страждущих, которые окружали отца Пафнутия, вызывали ревность, а часто и раздражение даже среди монашествующих. Но, как мы знаем, так же складывалась судьба и предшественников старца, которые были гонимы от своей же братии.
В апреле 1993 года отец Пафнутий был возведен в сан архимандрита, а в августе того же года получил свое последнее послушание – был назначен скитоначальником Китаевской Свято-Троицкой пустыни. Первые полгода старец служил в скиту один, у него не было ни второго священника, ни даже диакона. После «Отче наш» на литургии он выходил исповедовать сотни людей. Даже в будние дни в храме было всегда полно народа.