Однажды начальник лагеря пригласил к себе домой Сергея в качестве врача, чтобы тот осмотрел его больную дочь. Когда он вошел в дом, дочь начальника начала вести себя беспокойно, рычать, прятаться, пыталась убежать, кричала, чтобы тот немедленно ушел. По словам отца, ранее он ее такой не видел. Сергей Алексеевич понял, что психическая болезнь дочери этого человека была на самом деле беснованием. Живущий в ней нечистый дух, зная, что вошедший врач имеет при себе Христовы Дары, стал реагировать на это крайним беспокойством и страхом. Но, конечно, Сергей начальнику лагеря об этом ничего не сказал.
Тайное священство
После освобождения из лагеря Сергею Алексеевичу нельзя было проживать ближе, чем за 100 километров до Москвы. Поэтому он жил и работал во Владимирской области. К этому периоду жизни относится его тесное общение с исповедником епископом Афанасием (Сахаровым).
Точная дата рукоположения владыкой Афанасием Сергия нам неизвестна. Вполне возможно, что рукоположен он был еще в то время, когда находился в лагере. Как бы там ни было, посвящение в сан было тайным, потому что Сергей Алексеевич, как и владыка Афанасий и его духовник Сергий Мечев, принадлежали к числу «непоминающих», т.е. тех, кто считал, что митрополит Сергий Страгородский узурпировал церковную власть незаконно.
Работая врачом, отец Сергий проводил богослужение дома по ночам, стараясь не привлекать к себе внимания. Подобные молитвенные бдения были сопряжены с большой опасностью, так как он был единственным врачом на всю округу. Поэтому люди к нему за помощью обращались не только днем, но и ночью. О тайном священстве отца Сергия было известно очень малому количеству людей.
Супруга отца Глеба Каледы, матушка Лидия, так вспоминала то время: «Поскольку мы были непоминовенцами, то ходили в церковь только ко всенощной, а с литургии уходили после ектении об оглашенных. Нами кто-то руководил, а кто – я не знала. Практика была такая: мы писали исповедь, кто-то ее отвозил к священнику, и после десяти дней нам разрешалось причащаться запасными Святыми Дарами, хранившимися у нас дома. Я лично не знала, кому передавались мои исповеди. Мама передавала кому-то. Но потом я взбунтовалась и сказала, что не могу без живого общения – только писать и все. Тогда-то мне и сказали, что тайным священником является Сергей Алексеевич Никитин».
Выход из подполья
После избрания Патриархом Алексия Первого владыка Афанасий (Сахаров) призвал всех оставшихся в живых непоминавших к литургическому общению с Московской Патриархией. В 1950-м году священник Сергий Никитин решил выйти на открытое служение. В свою епархию его принял епископ Ташкентский и Среднеазиатский Гурий (Егоров).
У владыки Гурия было обыкновение давать искус молодым ставленникам и тем священникам, которые пришли к нему из катакомбных церквей. Он посылал их на самые бедные приходы, где им приходилось жить буквально на грани выживания. Так же он поступил и с отцом Сергием. В одном из приходов в городке Курган-Тюбе на границе с Афганистаном его предшественником оказался священник, который не отслужил там ни одной литургии, но зато «исцелял» всех больных «чудодейственными» ковриками. Когда отец Сергий начал служить на этом приходе, против него взбунтовался псаломщик, который не привык к таким службам.
На другом приходе в храм к отцу Сергию не приходил ни один человек. Там жили таджики-мусульмане, которые выращивали хлопок. Отец Сергий служил один, без клироса и пономаря, а после службы выходил на амвон и произносил проповедь в совершенно пустом храме. «Людей в храме нет, но ангелы там обязательно присутствуют», – говорил он.
После того, как отец Сергий заболел брюшным тифом, владыка Гермоген (Голубев), сменивший епископа Гурия (Егорова) на этой кафедре, перевел служить батюшку в молитвенный дом на окраине Ташкента. Но здоровье отца Сергия ухудшалось, он стал очень тяжело переносить жару, и когда владыка Гурий (Егоров) пригласил его к себе в Днепропетровскую епархию, то он, не раздумывая, согласился.