В XVI веке Москва ещё много раз опустошалась пожарами и подвергалась татарским набегам. Так, в 1521 году внезапно появившиеся под Москвой полчища татар Махмет-Гирея пожгли посады, но на штурм Кремля не отважились.
Для укрепления Кремля в 1535–1538 годах была возведена каменная стена вокруг кремлёвского посада — Китай-города. Таким образом, образовались уже две крепости, слившиеся воедино.
В 1547 году в Москве вспыхнул сильный пожар, перекинувшийся в Кремль. Взорвались пороховые запасы, хранившиеся в погребах и тайниках Петровской и 1-й и 2-й Безымянных башен. «Высоко взлетали на воздух части стен и башен, их осколками был засыпан весь берег Москвы-реки», — писал современник об этом бедствии.
Вскоре разрушенные стены и башни были восстановлены.
В 1571 году крымский хан Девлет-Гирей, мстя за поражение татар под Казанью и Астраханью, перешёл со стотысячным войском южную границу Русского государства и двинулся на Москву.
Башня Кутафья
Подойдя к Москве, татары подожгли посад. В три часа сгорели все деревянные постройки города. Москвичи искали убежища за кремлёвскими стенами, но и здесь, как писал очевидец события Елерт Краузе, «огонь коснулся порохового погреба; от взрыва взлетела крепостная стена на протяжении 50 сажен и все городские ворота». Более 120 тысяч жителей города погибло во время пожара. Татары, постояв некоторое время на Воробьёвых горах, покинули Москву. Вскоре москвичи снова восстановили и укрепили свой город.
Для борьбы с опустошительными набегами татар было решено укрепить границы Москвы по линии теперешнего Бульварного кольца и насыпать земляной вал шириной более 6 метров.
В 1586 году в Москве было заложено третье оборонительное кольцо, получившее название Белого города. Эта стена с башнями ещё больше укрепила Москву и Кремль. Строителем Белого города был знаменитый русский мастер Фёдор Конь, возводивший крепостные стены Смоленска.
Ещё не закончилось строительство стен Белого города, как на Москву в 1591 году напал крымский хан Казы-Гирей. Предвидя эту опасность, москвичи быстро воздвигли на окраине города деревянные укрепления, усилили монастыри — Новоспасский, Симонов, Данилов. В деревянных укреплениях разместилось войско, «великия пушки и многия хитрости бранныя». Понеся большие потери, татары вынуждены были покинуть Москву и уже никогда больше не приближались к её стенам.
Однако после этого нашествия вся Москва была обнесена высокими деревянными стенами. Строились они так быстро, что получили название Скородома.
Теперь уже Кремль стоял за четырьмя кольцами стен, имевших 120 боевых башен, и охранялся множеством дозорных монастырей: Новоспасским, Даниловым, Симоновым, Донским, Новодевичьим. На главной площади города, у Спасских ворот, форпостом был собор Покрова, связанный подземным ходом с Кремлем. На Соборной площади Кремля в 1600 году надстроили высокую дозорную башню — «Иван Великий». С неё хорошо обозревалась вея Москва и её окрестности. Таким образом, Московский Кремль, окружённый несколькими кольцами крепостных стен, был в XVI веке неприступной крепостью, стоявшей на страже границ централизованного Русского государства.
В начале XVII века, после смерти Бориса Годунова, воспользовавшись раздорами между боярами, на Русь хлынули польско-шляхетские интервенты. Они сожгли Скородом и захватили Кремль. Со всей страны собралось народное ополчение для изгнания интервентов с русской земли.
В октябре 1612 года народное ополчение во главе с Козьмой Мининым и Димитрием Пожарским после нескольких тяжёлых месяцев осады освободило Москву и через Спасские и Никольские ворота вошло в Кремль.
Кремлёвские стены и башни были во многих местах повреждены, дворцы и соборы разграблены интервентами, погибли многие памятники искусства и истории.
После изгнания интервентов началось восстановление разрушенных стен Кремля, Китай-города, Белого города, Скородома; продолжалось дальнейшее расширение и укрепление Москвы.
В 1625 году Спасская башня надстраивается высоким шатровым каменным верхом с колоколами и часами — техническим чудом того времени. Исчезла крепостная суровость башни, она приобрела чисто декоративные формы. Впоследствии это вызвало перестройку всех кремлёвских башен.
В 1654 году во время пожара сгорела шатровая надстройка Спасской башни — рассыпались белокаменные статуи, украшавшие фасад, испортились часы. Вскоре башня была восстановлена.
Комендантская башня
От Спасских ворот через ров в XVII веке был построен каменный мост на арках. Он имел в длину 21 сажень (42 метра) и в ширину— 5 сажен (10 метров).
С боковых сторон мост был застроен множеством лавок, в которых продавались печатные книги. Здесь всегда было шумно и многолюдно. Любители книг целыми днями толкались на Спасском мосту, покупая или продавая различные церковные книги, рукописи, картины, гравюры.
В XVIII веке рядом со Спасским мостом находилось здание для книжной торговли; оно называлось библиотекой, а купцы, продававшие книги, — библиотекарями. Эта «библиотека» впоследствии оказала большое влияние на развитие книжного дела и книжной торговли в Москве. Книжная торговля на Спасском мосту процветала вплоть до 1812 года.
«Спасский мост в старой Москве, — писал знаменитый историк И. Е. Забелин, — был основателем и распространителем той литературы, которую… возможно назвать простонародною и в церковных н в светских её произведениях».
К Спасскому мосту, на «крестец», собирались попы, не имевшие постоянного места и искавшие заработка. Вблизи храма Василия Блаженного находилась Тиунская изба, где они могли получить разрешение на отправление службы, заплатив дань. Однако многие из них ухитрялись обходить Тиунскую избу.
В 1724 году последовал указ Петра I:
«Кто своевольно волочащихся или за преступление изгнанных попов будет принимать… с таких брать штраф…»
Однако такое положение на Спасском мосту продолжалось вплоть до 1770 года.
Большой интерес представляет история Спасских курантов.
Известно, что первые часы в Кремле были установлены на великокняжеском дворе недалеко от Благовещенского собора в 1404 году.
Как свидетельствует летопись, «замысли часник» сам князь, а установил часы монах-серб по имени Лазарь с помощью умелых московских мастеров.
Об устройстве этих первых часов в летописи сказано:
«…Сий же часник наречётся часомерье; на всякий же час ударяет молотом в колокол, размеряя и разсчитая часы нощныя и дневныя; не бо человек ударяше, но человековидно, самозвонно и самодвижно, страннолепно некако сотворено есть человеческою хитростью, преизмечтано и преухищрено».
Сведения о часах, установленных на Спасской и Троицкой башнях, относятся к XVI веку. Но есть предположение, что на Спасской башне они были поставлены вскоре после се сооружения.
Спасские часы находились под особым наблюдением, однако уберечь их от частых пожаров не удавалось. Поэтому часы к XVII веку пришли в полную негодность.
В 1621 году на царскую службу был принят «аглицкой Земли часовой мастер» Христофор Галовей. Ему были заказаны новые часы. Эти часы были изготовлены под руководством Галовея русскими кузнецами и часовщиками — крестьянами Жданом, его сыном и внуком. Тринадцать колоколов для перечасья отлил русский литейщик Кирилл Самойлов.
В 1625 году русские мастера под руководством Сажена Огурцова возвели над древним четвериком Спасской башни высокий шатровый верх и установили на нем новые часы с перечасьем, то есть с боем.
За работу по установке новых часов Христофор Галовей получил от царя большую награду: всевозможных товаров почти на 100 рублей — сумму, довольно значительную по тому времени. Но на другой год башня сгорела, и часы пришлось устанавливать заново.