Большой заслугой Пифагора следует считать подробно разработанное им учение о душе, воспринятое потом и другими греческими философами. Душа, говорил он, есть отщепившаяся частичка божественного эфира; она разделяется на три части: ум, рассудок и страсть. Ум и страсть есть и у других животных, но рассудок — только у человека. Власть души распространяется от сердца и до мозга, та часть ее, которая в сердце, — эго страсть, а которая в мозге — рассудок и ум; струи же от них — наши чувства. После смерти человека его душа скитается в воздухе, подобная телу Попечителем над душами является Гермес, который чистые души возводит ввысь, а нечистые ввергает в преисподнюю. Пробыв там определенное время, душа вновь ввергается в материальный мир и заключается в тело человека или животного. Таким образом, вслед за орфиками (или одновременно с ними) Пифагор проповедовал учение о переселении душ. О себе он говорил, что помнит все свои прежние рождения, и многим из тех, кто приходил к нему, рассказывал о их прошлой жизни. (Вспоминал он и об Аиде, и между прочим рассказывал о том, как казнятся там Гесиод и Гомер за то, что распространяли лживые россказни о богах. Душа Гесиода, говорил он, стонет, прикованная к медному столбу, а душа Гомера подвешена на дереве среди змей.)
Очень похожее учение проповедовалось при жизни Пифагора в Индии. Точно так же, как индийские брахманы, Пифагор считал бесконечную вереницу перевоплощений злом для души Этическое учение, которое он исповедовал, имело главной своей целью вызволить и освободить душу из мира материального и привести ее к окончательному слиянию с божественным Разумом. Он считал, впрочем, что душа, став чистым духом, не теряет своей индивидуальности и, соединяясь со своим первообразом в Боге, припоминает все свои предшествующие существования, которые ей кажутся ступенями для достижения той вершины, откуда она охватывает и постигает Вселенную. В этом состоянии человек уже перестает быть человеком, а становится полубогом и навечно остается в духовном мире. Пифагор говорил, что главное на этом пути заключается в том, чтобы направить душу к добру, ибо только это приближает людей к богу.
Поэтому он предписывал своим последователям особый уклад жизни, который требовал просветленности, гармоничности и меры в поступках, чувствах и мыслях. Пифагореец должен был воспитывать в себе целомудрие, сдержанность, миролюбие, уважение к древним учениям. Каждый ученик был обязан строго следить за собой, заглядывая в свою душу и проверяя совесть. Сам Пифагор, по словам Евдокса, очень заботился о своей чистоте: он, например, не только совершенно отказался от животной пищи, но даже сторонился поваров и охотников За завтраком он ел сотовый мед, за обедом — просяной или ячменный хлеб, вареные или сырые овощи. Бобов он запрещал касаться, все равно как человеческого мяса. Причину этого, говорят, он объяснял так когда нарушилось всеобщее начало и зарождение, то многое в земле вместе сливалось, сгущалось и перегнивало, а потом из этого вновь происходило зарождение и разделение — зарождались животные, прорастали растения, и тут-то из одного и того же перегноя возникли люди и проросли бобы. Кроме бобов он запрещал принимать в пищу и некоторые другие продукты — крапиву, рыбу-триглу и многое из того, что ловится в море. Одежда его была всегда белая и чистая.
Следует отметить, что нравственная проповедь Пифагора вовсе не подразумевала отрешенности от политических дел. Напротив, в своем стремлении воспитать гармоничного человека, пифагорейцы много внимания уделяли вопросам общественного устройства. Пишут, что, поселившись в Италии, Пифагор также увидел, что многие города здесь и в Сицилии находятся в рабстве друг у друга, и употребил свой огромный авторитет на то, чтобы вернуть им вольность. Через своих учеников, которые были в каждом городе, он внушил их жителям помышления о свободе. В конце концов ему удалось изменить политическое устройство в Кротоне, Сибарисе, Регии, Гимере, Акраганте, Тавромении и некоторых других городах.
Повсюду здесь было введено умеренное аристократическое правление, причем ведущую роль в управлении имели члены пифагорейского союза. Пифагор пользовался в Италии таким почтением, что целые государства вверяли себя его ученикам. Но в конце концов против них скопилась зависть и сложился заговор. Недовольные вскоре нашли себе предводителя в лице богатого кротонца Килона. Ненависть его к Пифагору возникла из-за того, что тот категорически отказался принять его в число своих учеников, с первого взгляда разгадав в нем злого и порочного человека.
Разгневавшись, Килон стал строить козни пифагорейцам и настраивать против них горожан. Однажды, когда ученики Пифагора собрались в доме атлета Милона, враги подожгли этот дом, так что все собравшиеся в нем (всего сорок человек) погибли Другие пифагорейцы были перебиты порознь в городе. О том, был ли на этой встрече сам Пифагор или нет, сохранились различные свидетельства Большинство все-таки сходится на том, что он остался жив и переехал из Кротона в другой южноиталийский город Метапонт. Тут он и умер около 500 г до Р.Х., то ли уморив себя голодом, толи от тоски. Вместе с ним погибло и его божественное учение, поскольку книг он не писал, а из посвященных в его мудрость в живых не осталось никого Уцелевшие от расправы пифагорейцы сумели сохранить, по словам Порфирия, лишь немногие искры его философии, смутные и рассеянные. Тем не менее, пытаясь спасти от забвения хоть это, они постарались записать то, что знали, и таким образом ознакомили мир с общими положениями пифагорейства.
Несмотря на то, что это учение оказало большое влияние на античную философию и христианскую теологию, как религия оно никогда не имело широкого распространения, хотя отдельные пифагорейские кружки существовали вплоть до первых веков нашей эры. Наряду с абстрактными математическими богами, божественные почести в них воздавались также и самому Пифагору. Многие считали его богом еще при жизни. Сохранились рассказы о многих его чудесах. Пишут, например, что в один и тот же день его могли видеть беседующим с учениками в италийском Метапонте и в сицилийском Тавромении, хотя их отделяет друг от друга несколько дней пути по суше и по морю. Сообщают также, что Пифагор мог останавливать повальные болезни, отвращать ураганы и градобития, укрощать реки и морские волны, а также предсказывать землетрясения. Некоторые уверяли также, что учитель имел золотое бедро и по этому признаку безошибочно судили о том, что он был не кто иной, как сам Аполлон Гиперборейский.
Через тысячу лет после смерти Эхнатона Египет был завоеван Александром Македонским и широко открылся влиянию греческой культуры. Новая столица страны — Александрия — вскоре превратилась в один из важнейших центров античной философии и просвещения, затмив в этом отношении даже греческие Афины. Все стороны жизни египтян оказались тогда под сильным иноземным влиянием. Не избежала новых веяний даже их традиционная древняя религия — наряду с почитанием старых богов утверждались новые культы, древние мифологические и религиозные представления сменялись другими. Именно в эту эпоху в Египте возникает и распространяется своеобразное религиозно-философское учение герметиков. История его зарождения и развития остается во многом неясной. Известно только, что с первых веков нашей эры, если не раньше, в Египте стали появляться небольшие трактаты на греческом языке, в которых главную роль, то ли в виде автора этих трактатов, то ли в виде источника новой мудрости, играл Гермес Трисмегист («Трижды великий»). Из множества ходивших в то время «герметических» сочинений до нашего времени дошло лишь 18 трактатов. Содержание их весьма пестрое. Среди книг религиозного и морального содержания есть несколько раскрывающих чисто философские темы.