Философская система Анатолия Луначарского получила название богостроительства. Наиболее полно она была представлена в его двухтомном труде «Религия и социализм». Отрицая существование бога, Луначарский утверждал, что христианское и социалистическое мировоззрения содержат много общего. Он считал, что в будущем атеистическом обществе люди будут по-прежнему нуждаться в высших идеалах, таких как творчество и созидательный труд. Идеи богостроительства заслужили резкую критику со стороны Владимира Ленина, который обвинял Луначарского и его сторонников в утопизме и отходе от марксистских принципов. А Георгий Плеханов даже дал ему язвительное прозвище Блаженный Анатолий.
Тем временем «Дело о преступной пропаганде среди рабочих в городе Москве», по которому проходил Луначарский, затягивалось. Во время допросов Анатолий отрицал свою связь с революционерами, а обвинению так и не удалось доказать его причастность к составлению и печати листовок. В итоге его выпустили из тюрьмы, отдали под особый надзор полиции и запретили проживать в Москве и Санкт-Петербурге.
Попробовав себя в подпольной работе, Луначарский скоро вернулся к литературным занятиям. Он не ощущал в себе задатков бойца и все больше времени посвящал публицистике.
Через год Луначарский снова был арестован — на этот раз в Киеве. Поводом для заключения под стражу стало чтение доклада о норвежском драматурге Генрике Ибсене на собрании, которое жандармы приняли за подпольное революционное. И хотя правда быстро обнаружилась, докладчика все же признали угрозой для общественного спокойствия и выслали в Вологду.
Из заключения прокурора Киевской судебной палаты от 11 мая 1901 года:
«<…> несомненно, что Анатолий Луначарский представляет собою установившуюся личность, в смысле русской государственности политически неблагонадежную».
От природы Луначарский был наделен большим обаянием. Он быстро сходился с людьми, умел очаровывать женщин и сам нередко влюблялся. Однако мимолетные романы не оставляли в его душе большого следа. Луначарский долгое время сторонился серьезных отношений и к 27 годам оставался одиноким.
Все изменилось, когда он прибыл в Вологду. В этом старинном русском городе среди множества других ссыльных жил его друг и единомышленник Александр Малиновский, известный под псевдонимом Богданов. С ним делила квартиру 19-летняя сестра Анна. Подобно брату, она была убежденной социалисткой и увлекалась сочинением фантастических романов.
Многим эта хрупкая девушка, почти девочка, казалась некрасивой, но Анатолий не мог отвести от нее взгляда. В Анне было что-то более важное, чем внешняя красота. Ее глаза светились умом, добротой, а главное, глубоким внутренним спокойствием, которого так не хватало Луначарскому.
Спустя всего лишь три дня после знакомства он сделал Анне предложение. Здесь же, в Вологде, они обвенчались. Жену Луначарский ласково называл Анютой, а свои статьи начал подписывать псевдонимом Анютин.
В 1904 году, после того как истек срок ссылки Луначарского, супруги уехали в Париж. Когда девять лет назад Луначарский впервые оказался в Европе, он был жадным до новых впечатлений, восторженным юношей. Теперь — известным теоретиком, сотрудником серьезных журналов. Он мог претендовать на заметную роль в социал-демократической партии — РСДРП. Но к тому времени сама партия раскололась на две противоборствующие группы — большевиков и меньшевиков. И Анатолию Васильевичу предстояло решить, чью сторону он займет в этом идейном конфликте.
Разделение РСДРП на две фракции состоялось в 1903 году в Лондоне, на II съезде партии. Большевиками стали называть сторонников Владимира Ленина, который выступал за превращение партии в боевую организацию, ставящую своей целью осуществление пролетарской революции. Меньшевики — сторонники Юлия Мартова — разделяли традиционные взгляды европейских социал-демократов и не верили в то, что российское общество в ближайшие годы будет готово к революции.
Приехав за границу, Луначарский надеялся примирить противников и вернуть партии единство. Все изменило личное знакомство с Лениным. Лидеру большевистской фракции хватило десяти минут, чтобы склонить Анатолия Васильевича на свою сторону.
Большевики нуждались в таком человеке, как Луначарский, — легком на подъем, умеющем воспламенять словом. Он начал регулярно выступать с докладами перед русскими политэмигрантами. За несколько месяцев Луначарский объехал Швейцарию, Францию, Бельгию, Германию — и всюду с блеском защищал ленинские идеи, находя самые убедительные аргументы в дискуссиях с меньшевиками. Тогда же Луначарский стал сотрудником большевистской газеты «Вперед». На ее страницах он публиковался под новым псевдонимом — Воинов.