Главной задачей ВЧК в эти дни стала борьба с преступностью, в том числе предупредительная. Разрешались: конфискация имущества, выселение из домов и квартир, лишение продовольственных карточек. Расстрел как высшая мера наказания органами ВЧК в то время не применялся, поскольку поначалу большевики смертную казнь в России отменили.
Первая мировая война еще продолжалась, немецкие войска подступали к Петрограду. В тылу у русской армии действовали антибольшевистские группировки.
1 января 1918 года было совершено покушение на Владимира Ленина — пока неудачное. В сложившейся ситуации советское правительство приняло решение о переносе столицы в более безопасную Москву и издало декрет «Социалистическое отечество в опасности!». Именно этим декретом в стране вновь вводилась смертная казнь. Принято считать, что произошло это с подачи самого Дзержинского, который утверждал: «Право расстрела для ЧК чрезвычайно важно, даже если меч ее при этом попадает случайно на головы невиновных».
Первое решение о расстреле ВЧК вынесла 24 февраля 1918 года. К высшей мере приговорили налетчика, называвшего себя князем Эболи, и его сообщницу Бритти. Они совершали нападения на квартиры и государственные учреждения, а из Зимнего дворца вынесли немалое количество драгоценностей. С февраля по июнь 1918 года по решению ВЧК были расстреляны 50 человек.
Между тем политическая ситуация чрезвычайно обострилась после террористического акта, в центре которого оказался Дзержинский. В те дни большевики готовились подписать с Германией сепаратный мир и вывести Россию из войны. Этому всячески противилась партия левых эсеров. Ставшие после революции союзниками Ленина, летом 1918 года левые эсеры решили поднять мятеж.
Партия социалистов-революционеров (эсеров) — революционная политическая партия Российской империи, позже Российской Республики и РСФСР. В короткий срок после Февральской революции 1917 года эсеры превратились в крупнейшую политическую силу и достигли по своей численности миллионного рубежа. В ноябре — декабре 1917 года из партии выделилось левое крыло — Партия левых социалистов-революционеров-интернационалистов. Левые эсеры вступили в коалицию с большевиками. Представителям партии принадлежал ряд ключевых постов в правительстве.
Чтобы сорвать заключение мирного договора с Германией, левые эсеры организовали убийство в Москве германского посла Вильгельма фон Мирбаха. Главным исполнителем покушения стал 18-летний левый эсер Яков Блюмкин, служивший в ЧК под началом Дзержинского.
Для подготовки убийства Блюмкин использовал бумаги с фальшивой подписью Дзержинского. Подделал ее первый заместитель главы ВЧК Вячеслав Александро´вич. Александрович вместе с Блюмкиным зашли в кабинет Дзержинского, достали из сейфа печать и проштамповали документы. Заговорщики обсудили детали и уже собрались расходиться, когда Александрович случайно заглянул за стоявшую в углу ширму. Трудно представить, что он испытал, когда обнаружил за ней спящего Дзержинского…
Железный Феликс, отличавшийся колоссальной трудоспособностью, отдыхал прямо на рабочем месте. Получилось, что он буквально проспал террористический акт, который осложнил политическую ситуацию и чуть не стал роковым для самого Дзержинского.
6 июля 1918 года Блюмкин вместе со своим помощником Андреевым прибыл в немецкое посольство в Денежном переулке в Москве. Предъявив поддельные документы, они прошли к Мирбаху. Уже во время беседы с послом Блюмкин выхватил револьвер и открыл стрельбу. Он расстрелял почти все патроны, но был так взволнован, что ни разу не попал.
Мирбах выбежал в соседний зал. Андреев кинул под ноги послу бомбу, но та не взорвалась! Тогда Андреев ударил Мирбаха, и тот упал. Блюмкин схватил бомбу и вновь швырнул в посла. Раздался взрыв…
Оставив на столе шляпы, револьвер, документы и портфель с запасной бомбой, террористы сбежали через окно и укрылись в особняке Морозова в Трехсвятительском переулке. Здесь размещался штаб наиболее многочисленного отряда ВЧК, которым командовал левый эсер Попов. Дзержинский прибыл, чтобы арестовать Блюмкина и Андреева, но его обезоружили и задержали.
Начались аресты и других большевиков. Подавить левоэсеровский мятеж удалось с большим трудом, а самого Дзержинского сняли с должности председателя ВЧК до окончания разбирательства.
Следователи пытались выяснить, не участвовал ли он сам в заговоре. Мотив у него имелся. Как и левые эсеры, Дзержинский высказывался против подписания мирного договора с Германией, поскольку по его условиям от России отторгались родные для него польские земли…