Управлял всем этим глава общины, который выполнял также и функции жреца. Глава сельскохозяйственной общины был также и военачальникам, на что указывает обладание им мечом и копьем как символами власти. Кроме того, эта гипотеза подтверждается и лингвистическими данными: иероглиф «дзо-кутё», обозначавший главу общины, состоит из двух частей, каждая из которых имеет самостоятельное значение. «Дзоку» входит в состав другого сложного иероглифа «кадзоку» — «семья», а «дзокутё» обозначает и «главу», я «командира», и «военачальника», в результате чего состоящий из этих двух пастей термин «дзокутё» обозначает главу не только земледельцев, но и воинов в случае войны. В Древней Японии существовала строгая система наказания за «грехи», которые подразделялись на «земные» и «небесные». Последние подразумевали более тяжелую степень ответственности и включали в себя нарушение земельных границ, нанесение ущерба сельскохозяйственным сооружениям, попытки завладения чужим полем и другие типичные для земледельческой общины преступления. К «земным» грехам относили инцест, скотоложество, причинение вреда человеку и его здоровью, занятия «чародейством» и т. п. Эти традиционные для древних сообществ запреты позднее вошли в свод заповедей синто, получивший название «Энги сики».
Развитие хозяйства, усложнение социальной структуры привели к выделению знати, что отразилось в способах захоронения людей, принадлежащих к различным социальным слоям. Состоятельных членов общины хоронили в специально отведенных местах, оставляя в могилах традиционные талисманы, инвентарь и оружие, чтобы упершие могли пользоваться ими в загробной жизни, тогда как рядовых общинников просто-напросто вывозили эа пределы обжитого пространства и оставляли на съедение диким животным. Кроме свободных членов общины в социальной структуре появилось еще одно звено, ставшее возможным благодаря многочисленным войнам между племенами — рабы. Сначала рабы считались собственностью всей общины, но постепенно зажиточные земледельцы стали обзаводиться своими личными слугами-рабами, что, однако', не получило широкого распространения, так как рабы в Японии были большой редкостью и ценились очень высоко.
Этнологи, занимающиеся вопросами формирования японской нации, выяснили, что в период наиболее сильного потока переселенцев на японские острова мигрировали представители большинства населения южных территорий: негроиды, индонезийцы, индокитанцы, китайцы, монголоиды, корейцы и тунгусы. Они формировали многочисленные племена, между которыми шла постоянная борьба за обладание территориями. В результате этих нескончаемых столкновений произошло смешение всех этих народностей, которое и породило в итоге японскую нацию. К началу нашей эры продолжили свое существовавние только пять племен: кумасо, или ха-ято (о-в Сикоку), тэнсон (о-в Кюсю), ид-зумо, ямато и эдзо (о-в Хонсю). Примерно к концу третьего столетия нашей эры в ходе межплеменной борьбы наступил перелом — формирование одного из первых племенных союзов во главе с женщиной по имени Химико. Именно этот момент принято считать одним из отправных пунктов складывания японской государственности. О женщине, возглавившей союз Яматай, практически ничего неизвестно. Древнее начертание ее имени состоит из двух частей: «хи», что значит «солнечная», и «мико», т. е. «шаманка», что свидетельствует о тех функциях, которые она выполняла в обществе. Подобное толкование подтверждается археологическими данными, согласно которым в то время правление традиционно осуществлялось двумя людьми: мужчиной и женщиной, как привило, братом и сестрой. Таким образом, можно сделать вполне оправданный вывод о том, что Химико играла роль священнослужителя, помогая править своему брату-военачальнику. Это правление было чрезвычайно осложнено и экономическими трудностями (в летописях зафиксированы упоминания о страшном голоде), и политическими неурядицами (нападение племени кумасо при поддержке корейского правителя), но заключенный с китайским императором договор помог преодолеть все эти трудности. После смерти Химико какое-то время правил мужчина, по некоторым предположениям, ее брат, но это правление было недолгим, так как породило недовольство других общинников, по-прежнему оказывавших значительное влияние на внутриполитические события. В результате восстания началось правление девушки, которая, как предполагают, была дочерью Химико, но подобные факты до сих пор остаются неподтвержденными. После погребения Химико был насыпан холм, который вошел в историю культуры как один из первых курганов, ознаменовавших наступление нового этапа развития древней японской цивилизации — курганной культуры.