Английский флот не смог воспрепятствовать походу Бонапарта. Эскадра под командованием адмирала Нельсона искала противника в Средиземном море, но обнаружила его только после высадки в Египте. У Абукирской бухты (расположенной в 12 милях к востоку от Александрии) произошло сражение, в котором большинство французских кораблей было уничтожено. Это поражение значительно ухудшило положение наполеоновской армии в Египте. Однако в Средиземном море у Бонапарта сохранялись важные позиции - Мальта и Ионические острова; во Франции готовилась новая эскадра. Экспедиционная армия развернула активные боевые действия в Египте. В июле Бонапарт начал поход на Каир и взял египетскую столицу.
В Петербурге захват французским флотом Мальты был воспринят как открытый вызов России, поскольку Павел I считался «верховным магистром Мальтийского ордена». Вскоре после высадки французских войск в Египте последовала просьба Порты о помощи в борьбе против Бонапарта и заключении союза между. -Турцией, Россией и Англией. Предложение Турции было встречено сочувственно. Павел решил выступить против Франции, которая по-прежнему считалась рассадником революционных идей. Еще до заключения официального договора о союзе было прцнято решение послать в Средиземное море корабли Черноморского флота.
Когда в Петербурге возник план похода, эскадра под командованием вице-адмирала Ф. Ф. Ушакова находилась в плавании. Около четырех месяцев корабли бороздили воды Черного моря, лишь изредка заходя в главную базу.
В начале августа 1798 г. эскадра должна была сделать очередной перерыв; на рассвете 4 августа она прибыла «на вид Ахтмарского рейда для налптия пресной воды». Как только корабли показались у Севастополя, на флагманский корабль Ф. Ф. Ушакова прибыл курьер из Петербурга, который передал повеление Павла I: «По получении сего имеете вы с вверенною в команду вашу эскадрою немедленно отправиться в крейсерство около Дарданеллей… Буде Порта потребует помощи, где бы то ни было, - всею вашей эскадрою содействовать с турецким флотом противу французов, хотя бы то и далее Константинополя СЛУЧИЛОСЬ».
На подготовку к походу дали всего несколько дней.
На рассвете 12 августа эскадра в составе 6 линейных кораблей, 7 фрегатов и 3 посыльных судов снялась с якоря и вышла в море.
Уже через два дня пришлось плыть при «крепких ветрах и великом волнении»; на некоторых судах сразу же появилась течь и повреждения. На двух кораблях требовался столь серьезный ремонт, что их пришлось возвратить в Севастополь. Таковы были первые результаты безответственного отношения царских сановников к подготовке кораблей в дальний поход.
Подобная практика в то время была обычной и для Черноморского и для Балтийского флотов. «Корабли отпускаются в море,- писал в 1798 г. из Лондона русский посол в Англии, - без надлежащего осмотра и починок и тем подвергаются в крайнюю опасность храбрые и достойные командиры и по 600 либо 700 (человек) верного и неустрашимого экипажу… Все здешние {английт екпе) адмиралы и офицеры удивляются храбрости и решимости наших офицеров за смелость, с каковою они плавают по морю в самые жесточайшие бури на судах столь худого состояния, и клянутся, что ни один из них не отважился бы взять на себя командовать столь гнилыми кораблями;*-1.
Когда эскадра Ушакова достигла Босфора, было получено сообщение от русского посланника в Константинополе о том, что турецкое правительство срочно ожидает эскадру.
К адмиралу Ушакову прибыли представители Порты. Они «спрашивали и просили моего мнения, совета и объяснения, - писал Ф. Ф. Ушаков, - какой бы лучший план избрать о действиях против французов в Архипелаге, Венецианском заливе и в Александрии;.. Совместно с английским послом начались переговоры о предстоящих действиях союзных флотов в Средиземном море. В результате переговоров было решено, что эскадра Ушакова пойдет к западному побережью Балканского полуострова, где ее основной задачей будет освобождение- Ионических островов от французских войск.
Для совместных действий с русской эскадрой из состава турецкого флота выделялась эскадра турецких кораблей под флагом вице-адмирала Кадыр-бея, который поступал под командование Ф. Ф. Ушакова. Турецкому адмиралу, как писал русский посланник в Константинополе, «от Порты внушено именем султана почитать нашего вице-адмирала ико учителя». Порта брала на себя обязанность обеспечивать русскую эскадру всем материальным снабжением. Местным турецким властям предписывалось выполнять требования Ушакова.
У Дарданелл русская эскадра соединилась с кораблями Кадыр-бея. Из состава объединенной эскадры Ушаков выделил 4 фрегата и 10 канонерских лодок, которые под командованием капитана 1-го ранга А. А. Сорокина направились к Александрии для блокады французских войск; этим самым оказывалась помощь английскому флоту адмирала Нельсона, большинство кораблей которого были сильно повреждены в Абукирском сражении и ремонтировались в Сицилии.
20 сентября эскадра Ф. Ф. Ушакова вышла из Дарданелл к Ионическим островам.
Освобождение Ионических островов началось с острова Цери-го. Когда русские корабли приблизились к нему, французские войска укрылись в крепости Капсали. Вечером 30 сентября адмирал Ушаков послал парламентера, чтобы «предупредительно требовать от коменданта сдачи крепости». Но от французского командования последовал ответ: «Крепость до последней крайности ни под каким видом сдана не будет». На рассвете 1 октября началась бомбардировка вражеских позиций. С крепости было «с равной живостью ответетвовано». Разгорелась артиллерийская дуэль. Десантный отряд с кораблей был полностью подготовлен к атаке. Готовность войск к решительному штурму заставила французское командование прекратить сопротивление.
Когда вести о приходе эскадры Ф. Ф. Ушакова и освобождении острова Цериго облетели Ионические острова, местное население с энтузиазмом приветствовало эту первую победу над французскими оккупантами. Грабежи и насилия, чинимые ими, вызывали гнев и возмущение жителей, которые выражали полную готовность содействовать русским морякам в изгнании чужеземных войск с островов.