Далее Хрущев занялся отлаживанием системы безопасности внутри страны, но делал это не слишком умно. В ноябре 1961 года он позволил Шелепину, давно уже ворчавшему по поводу своего политического будущего, которое, дескать, зашло в тупик с назначением его руководителем КГБ, оставить работу в органах безопасности и занять место секретаря Центрального Комитета. Новым шефом КГБ Хрущев назначил Владимира Семичастного, комсомольского аппаратчика, основной рекомендацией которого вроде бы было то обстоятельство, что он дружил с зятем Хрущева, Алексеем Аджубеем. Несмотря на свое неуемное честолюбие, Семичастный оказался не очень умным молодым человеком. Этот дефект вроде бы сгладили назначением профессионала Захарова, начальника управления охраны, его заместителем. Но как в конечном счете выяснилось, в результате этих кадровых комбинаций Хрущев лишился надежной личной охраны, которой всегда располагал Сталин и без которой не мог обойтись его преемник во время политического кризиса. Хрущев это осознал, но было уже слишком поздно. Но в то время им двигало стремление еще больше принизить значение МВД. Для этой цели он упразднил МВД (что оказалось, правда, всего лишь временной мерой) и заменил его МООП (Министерством охраны общественного порядка).
В конце 1961 года несдержанность и необдуманность Хрущева в словах привели его к очередной внешнеполитической оплошности. Он назвал албанского руководителя Энвера Ходжу сталинистом. Высказав такое мнение, он пробил первую, после предательства Тито, трещину в советском блоке. Албания перешла из российской сферы влияния в китайскую. Хотя Албания являлась ничтожно маленькой страной по территории и населению, ее отступничество закрепило раскол между Москвой и Пекином.
В результате этого, а также все нараставшей китайской непримиримости к 1962 году Хрущев вполне мог оказаться в отчаянном положении и опасаться, что советская гегемония вот-вот лопнет по всем швам, если он не проведет какую-нибудь эффектную акцию. Какая бы там ни была причина, он пошел на отважную, но проигрышную авантюру. В октябре, используя такой же тип самолета, который Советы сбили в 1960 году, США засекли размещение российских ракет на Кубе, у самого порога Америки, Наступили тревожные часы, когда мир балансировал на самой грани крупного глобального конфликта, пока Хрущев не выполнил требования президента Джона Кеннеди и не согласился вывезти ракеты с Кубы.
Этот кризис практически сразил Хрущева. Но если не считать китайских презрительных ухмылок, он сразу не понес за него наказания. Провал Карибской авантюры настолько потряс партию и страну, что все как бы остолбенели. Но с тех пор Хрущев перестал совать свой нос в крупные вопросы международной политики. Вместо этого он сосредоточился на Доморощенной культуре. В ноябре 1962 года лидер коммунистов позволил Александру Солженицыну — лучшему советскому писателю послесталинского периода и, возможно, крупнейшему литературному деятелю всех времен — опубликовать «Один день Ивана Денисовича». Публикация этого произведения, повествовавшего об ужасах лагерей, потрясла Советский Союз и многих людей за рубежом. Ранее Хрущев не разрешил другому выдающемуся советскому писателю, Борису Пастернаку, принять Нобелевскую премию. Он, вероятно, рассматривал литературу как своего рода слабительное, которое можно прописать или запретить, смотря по обстоятельствам. Тем более, что Хрущев располагал целой Конюшней таких прирученных авторов, как, к примеру, поэт Евгений Евтушенко, Но как бы там ни было, разрешив выпустить в свет работу Солженицына, он открыл шлюзы перед давно сдерживавшимся интеллектуальным потоком, который продолжал выплескиваться, хотя уже и «незаконно» с точки зрения советской верхушки, много лет спустя после Хрущева.
Весной 1963 года по режиму был нанесен еще один страшный удар — в связи с арестом и казнью полковника Олега Пеньковского, офицера ГРУ с большим стажем. Тогда выявилось и стало известно в Советском Союзе и в остальном мире, что на Западе знали о многих важнейших секретных решениях Москвы. Хрущева происшедшее, вероятно, чересчур сильно потрясло, поэтому он не отреагировал, как обычно, экспромтом. Коммунистический лидер выжидал почти год, до марта 1964 года, прежде чем снял с работы и предал относительному забвению своего закадычного друга Серова, начальника ГРУ. Но к тому времени маленький и толстенький руководитель партии и правительства занимался лишь тем — если использовать его собственные слова, — что запирал ворота амбара после того, как лошадь давно уже выехала оттуда.