Описание смерти Нерона в этих Деяниях не соответствует сообщению римских историков. Светоний (Нерон, 49) подробно описывает, как Нерон в 68 году, брошенный всеми сторонниками, когда в армиях начались восстания, бежал из Рима в сопровождении нескольких слуг. Он пытался укрыться в вилле одного из своих вольноотпущенников. Окружающие уговаривали его уйти от грядущего позора. В конце концов, с помощью своего помощника, он вонзил в горло меч. Однако версия апокрифа не была простой выдумкой. В восточных провинциях, к которым Нерон благоволил, и в соседней Парфии имя Нерона пользовалось почетом. Там время от времени там появлялись самозванцы, объявлявшие себя Неронами. Об одном из них (в Парфии) упоминает Светоний, о другом (просто на Востоке, без уточнения страны) — греческий историк Дион Кассий (69, 19). Все самозванцы кончали плохо, хотя, как именно, мы не знаем. Вероятно, создатели апокрифических деяний использовали рассказы о лже-Неронах на Востоке, где должна была находиться пустыня и обитать дикие звери, и преобразовали их в соответствии со своими представлениями о Божьем наказании императора — преследователя христиан.
Следует отметить, что Павел более или менее активно действует только в начале Деяний. Затем главная роль отводится Петру. О казни Павла сказано кратко. Но в трех греческих рукописях после этих Деяний прибавлена история гибели Павла, при которой присутствовала не Плавтилла, как в Деяниях Павла, а женщина по имени Перпетуя. По-видимому, матрона Плавтилла вызывала ассоциации с действующим лицом произведения Тацита далеко не у всех жителей империи, и в этой истории появилась другая, вымышленная героиня при сохранении основных линий повествования, правда с добавлениями. В этой истории Петр не действует совсем, речь идет только о Павле, и по существу она составляет особый сюжет. Он сводится к следующему: когда Павла стражи вывели за ворота, им встретилась Перпетуя, богобоязненная женщина. Она была одноглазой. Увидев закованного Павла, она пожалела его и горько заплакала. Павел, видя это. попросил ее платок, сказав, что отдаст его, когда вернется, и она отдала апостолу платок под издевательства стражей. Она попросила их завязать Павлу глаза этим платком во время казни. Когда Павлу отрубили голову, платок с каплями крови чудом вернулся к Перпетуе, и ее невидящий глаз тут же прозрел. Через три дня после казни Павла, когда стражи шли с донесением Нерону, они встретили Перпетую и удивились, что платок снова у нее. Узнав платок и увидев, что ее глаз прозрел, стражи тут же объявили, что они не пойдут к Нерону и уверуют в Христа.
Перпетуя является к императору и рассказывает ему обо всем, что произошло. Разгневанный Нерон приказывает самым жестоким образом казнить стражников: одному отрубают голову за пределами города, другой разрублен на части, третий сожжен. А Перпетую заключают в тюрьму, где она встречается с сестрой жены Нерона, тоже желающей стать христианской.
Жена императора, узнав от сестры о христианском учении, вместе с некоторыми женами сенаторов бежит из дворца. Тогда Нерон, подвергнув Перпетую страшным пыткам, приказывает сбросить ее со стены на Аппиеву дорогу, а сестру жены тоже после пыток приказывает сжечь.
В этом рассказе, в отличии от Деяний Павла, Нерон предстает — каким он и был на самом деле — жестоким деспотом, преследовавшим христиан, которого ничто не может смягчить. Но затем в апокрифе исторический фон нарушается: у Нерона не было жены, чья сестра стала христианкой; свою первую жену он приказал убить, вторая — Поппея была не менее жестокой, но тоже погибла от его руки. Чистый вымысел здесь заменяет действительность. Однако смешение реальных персонажей и фантастических легенд придает видимую достоверность последним. Нужно отметить, что сочувствие христианам женщин, и конкретно жен правителей разного ранга, было традиционным сюжетом апокрифов. Такой сюжет отражал отчасти действительную роль женщин, в том числе и из верхов общества, в распространении христианства, а отчасти был призван показать влияние новой веры даже на людей, связанных с верховной властью. Как и сюжеты других апокрифических деяний, история Перпетуи наполнена чудесами, хотя и в меньшей степени, чем основные части Деяний.
Если сравнить «Страсти апостолов Петра и Павла», сохранившиеся на латинском языке, с текстом собственно Деяний Петра и Павла, то можно увидеть, что пространная версия «Страстей» является по существу переводом Деяний с некоторыми сокращениями. Там нет добавления о Перепетуи, Агриппа назван префектом. Более драматично описано негодование народа, к которому присоединилось и войско. Они решили бичевать публично злодея-императора, пока его вина вместе с духом не будет выбита. Перепуганный Нерон бежал, «да так, что только его и видели». В апокрифе осторожно (по сравнению с Деяниями) добавлено, что некоторые говорили, будто Нерон погиб, скитаясь, но не в пустыне, а в лесах, его тело съели волки. В «Страстях» останки апостолов хотели увезти не просто люди с Востока, но конкретно греки.