Интересен рассказ о пребывании Филиппа в Афинах, где он собирает эллинских философов, чтобы обратить их в христианство, и противостоит призванному философами из Иерусалима первосвященнику. Афины продолжали на протяжении всей Римской империи быть центром образованности и философских занятий. Узнав о приходе в город Филиппа, философы просят его рассказать им что-нибудь новое. Ответ Филиппа характерен для создателей и читателей поздних апокрифов: он говорит, что будет убеждать их не только словом, но и совершая чудеса именем «нашего Иисуса Христа». Именно чудеса были главным аргументом в убеждении язычников. Иисус в этом апокрифе отождествляется с Богом: как говорит Филипп, «нет на небесах другого имени, кроме Его».
Главная сюжетная линия в этой истории — спор Филиппа с первосвященником, убеждение его сторонников в истинности христианского учения. Происходит это не в результате слов апостола, из-за чередования наказаний и исцелений. Главное наказание — слепота, что символизировала прежде всего слепоту духовную, и только признание Иисуса Богом вело к прозрению.
Призванный в Афины первосвященник за свое неверие подвергается жестоким наказаниям — его постепенно поглощает земля. Но если его спутники готовы принять христианство, то первосвященник, не взирая на муки, продолжает считать Филиппа и Иисуса магом, а все чудеса — результатом колдовства. Ни при каких условиях он не хочет отречься от веры отцов, и Филипп отправляет его в бездну. Читатели, возможно, радовались такому исходу, поскольку вера в чудо наказания носила для них компенсаторный характер — не признавшие христианство должны быть уничтожены. Эта психология стала основой и оправданием гонений на язычников со стороны уже христианской Церкви. Упрямый первосвященник олицетворял всех тех иудеев, которые не желали признать Иисуса. Наказание его косвенным образом вело к признанию преследования иудеев в отдельные периоды римской властью справедливыми. Однако нужно отметить, что образ стойкого первосвященника выписан в апокрифе очень ярко и убедительно. У современного читателя он скорее может вызывать уважение.
В апокрифе действуют также демоны, которые стремятся вредить всюду, где только возможно. Обитают демоны в статуях языческих богов — достаточно позднее представление, не соответствующее ни Ветхому, ни Новому Завету. Но такова была преобразованная вера язычников (своего рода перевертыш), некогда привыкшие почитать изображения богов люди теперь продолжали наделять их силой, но отрицательной. Изгнание демонов в этом апокрифе является традиционным мотивом такого рода Деяний. Включение исцеления и спасения юноши, которого погубил демон, хотя этот эпизод занимает немного места, должен как бы уравновесить жестокое обращение апостола с первосвященником и показать, что ученик Христа, наказывая непокорных, помогает уверовавшим.
В последнем Деянии Филиппа, где описана и его кончина, он действует в Гиераполисе (дословно — священный город), городе змеепоклонников, где произносит проповеди вместе с апостолом Варфоломеем и сестрой Марианной. Существовало несколько городов с таким названием — в Малой Азии, Сирии, где почитались местные женские божества. Атрибутом некоторых таких богинь могли быть змеи, хотя о формах поклонения змеям, описанным в апокрифе, ничего неизвестно. Они явно придуманы.
Почитание змеи в древних обществах существовало достаточно долго. Поскольку змея меняет кожу, в древности она считалась бессмертной. В античном мире змея считалась связанной с богом врачевания Асклепия и даже отождествлялась с ним. Писатель II века Лукиан рассказывает историю одного действительно существовавшего шарлатана в своем произведении «Александр, или Лжепророк». Этот человек объявил о рождении нового воплощения Аслепия из яйца в виде змеи. Он высовывал из своего плаща искусственную голову змеи (она открывала и закрывала рот) и от ее имени давал предсказания. Толпы людей стекались к нему, выслушивая предсказания и принося Александру как новому пророку дары. Выступал он и против христиан. Лукиан пытался разоблачить его, но у него ничего не получилось: слишком велико было влияние «чуда» на легковерных людей.