Невідомо й те, яким іменем звався господарич до прийняття чернечого постригу. З огляду на досить поширену традицію давати ченцям імена на ту саму літеру, з якої починалося їхнє хресне ім’я, можна припустити, що майбутній митрополит був охрещений, скажімо, як Павло. Про його дитячі та юнацькі роки майже нічого невідомо. Окремі джерела містять його нотатки. Вони засвідчують, зокрема, атмосферу глибокої релігійності в сім’ї майбутнього митрополита, містять указівки на певних осіб із батьківського оточення, в тому числі русинів-українців. Так, Петро Могила згадує про юнака Стефана, русина з Кам’янця-Подільського, який служив кравцем у батьків господарича, потім постригся в ченці під іменем Афанасій. 5 жовтня 1605 р. господарич побував у Сучавському монастирі і зустрівся там зі Стефаном-Афанасієм. Саме в Сучаві лежали мощі св. мученика Іоанна Нового, який вважався покровителем роду Могил. Невипадково глибоке враження на господарича справили паломництва до мощів святого до Сучавського монастиря. Він переповів також і розповідь свого дядька, господаря Єремії Могили, про поляка-католика, сотника Уяздовського. Цей сотник ганив мощі св. Іоанна Нового, через що тяжко захворів і став одержимим. Тільки звернення до другого дядька господарича, митрополита Георгія, «иже бе муж благочестив и святий», повернуло сотникові здоров’я. Про це св. Петро Могила згодом написав у своїх нотатках: «написано ж се есть и в книгах митрополии Сучавской. Но убо и аз от родителей моих, самовидцев бивших, се повідающих, слышах, и сам же онаго Уяздовского, аще и вельми мал тогда бых, памятствую». Судячи з того, що Петро Могила робив наголос на освіті, книгодрукуванні й підтримці Православної Церкви, можна припустити, що саме в такому дусі його навчали й у сімейному колі в дитячі роки.
Осиротівши вже в 11 років (ймовірно, він став уже круглим сиротою), господарич не міг залишатися в Молдавії, де гору взяли прихильники протурецького спрямування. Мабуть, тому рідня з Речі Посполитої організувала його виїзд в еміграцію наприкінці 1607—1608 рр. На жаль, досі немає конкретних відомостей про місця проживання та навчання святого. Більшість авторів, виходячи з посередніх вказівок джерел, робить достатньо обґрунтоване припущення, що господарич проживав насамперед у Львові, а навчання продовжував у Львівській братській школі. Львівський дослідник Василь Кметь слушно вказав на таку важливу причину ймовірного перебування господарича у Львові, як міцні зв’язки з цим містом його батька Симеона та дядька Єремії, котрі були одними з найбільших благодійників Православної Церкви. Донька Єремії – Анна – підтримувала діяльність Львівського Старопігійського православного братства у 30-х рр. ХVІІ ст. Науковець припускає, що й «початкову освіту Петро Могила міг здобути у Львівській братській школі», а пізніше брав участь у шляхетських сеймиках, що відбувалися в Судовій Вишні, присутність на яких господарича занотована в актах уряду. Частина дослідників дотримується близької думки, вважаючи, що господарич міг здобувати освіту при дворі Жолкевських. Припущення про навчання св. Петра Могили у Львові чи в Жовкві, врешті, у Замості – на кордоні етнічних українських земель, є логічним. Галичина знаходилася близько до батьківщини Петра Могили – Молдавії, у Західній Україні ще домінувала православна віра, а в Молдавії вона мала статус державної; тут були родові гнізда споріднених з Могилами українських та польських князів. У зв’язку з цим варто згадати про опікуна господарича, яким став магнат Станіслав Жолкевський (його родове гніздо знаходилося в Жовкві під Львовом). Але на думку деяких дослідників (І. Гаюк), у Жовкві господарич з’явився вже по закінченні навчання, не раніше 1617 р. Жолкевський обіймав важливі державні посади в Речі Посполитій, зокрема був київським воєводою (1608—1618), а потім гетьманом польним коронним (1588—1618) і гетьманом великим коронним і водночас великим канцлером коронним у 1618—1620 рр. Уже сам перелік посад, що їх обіймав Жолкевський, може також опосередковано свідчити на користь перебування Могили у Львові та Жовкві, а також у Києві, Барі, Грубешові, Калуші, Кам’янці-Подільському, Рогатині та Яворові. Є відомості про те, що господарич у 1618 р. разом зі своїм молодшим братом Мойсеєм побував у Молдавії та Волощині, скориставшись тим, що його брат Гавриїл став правителем Волощини (з липня 1618 по червень 1620 р., причому він був господарем і в серпні 1616 р.).