Потом Крым вошел в состав Понтийского царства, которое возникло в результате распада империи Александра Македонского. Херсонес терпел поражение от скифов, которые отняли у него Керкинитиду (Евпаторию), Прекрасную Гавань (Черноморское) и осадили сам город. В 110 году до н. э. войска понтийского полководца Диофанта совместно с херсонеситами уничтожили скифский флот и разгромили скифов. Диофант взял скифские крепости Неаполь (Симферополь), Хабеи, освободил от скифов Керченский и Тарханкутский полуострова. В дальнейшем Диофант уничтожил скифское войско и их царя Палака.
С именем Диофанта связана легенда о «девичьей башне» в Судаке. Именно с нее, согласно этой легенде, бросилась вниз красавица-дочь архонта, которая не захотела стать женой понтийского военачальника, потому что любила простого пастуха.
В 65 году до н. э. римские войска захватили Понтийское царство, которое перешло в подчинение Римской империи, а понтийские цари стали ее вассалами и получили почетное звание «друзей и союзников Рима». В центре современной Керчи возвышается гора, на которой когда-то располагался античный город Пантикапей. Гора названа именем понтийского царя Митридата («дар Митры», персидского бога Солнца), погибшего здесь вследствие политической и военной борьбы с римлянами.
Вот что об этом говорит легенда. Сын Митридата Фарнак решился на открытый мятеж против отца и встал на сторону римлян. Пытаясь избежать пленения, правитель принял яд, но не умер, яд не подействовал из-за выработанного с детства иммунитета. Тогда он попросил своего телохранителя и друга галла Битоита убить себя мечом.
Готы оказались в Крыму в ходе миграций поздней античности, в III веке нашей эры. В Крыму готы быстро захватили и ассимилировали остававшихся там скифов и заняли весь полуостров, кроме Херсонеса. В конце III века готы взяли под контроль Боспорское царство и встроились в его элиту, сохраняя традиции военной демократии. Отряды готов нанимались на службу в интересах Римской империи, участвовали в различных военных походах. Среди готов быстро распространилось христианство (арианство). К середине IV века после упадка Боспорского царства готы стали главной политической силой на полуострове.
В годы господства гуннов, а затем булгар и авар в северном Причерноморье (конец IV – начало VI веков) крымские готы становились своеобразным буфером между римским Херсонесом и азиатскими кочевниками.
В начале шестого века власть над Боспором перешла к Византии, которая использовала ослабевших от долгих сражений гуннов как наёмные войска. Новый властитель Крыма, византийский император Юстиниан I создавал укреплённые гарнизоны – в Херсонесе, в Алусте (ныне Алушта) и Горзувитах (ныне Гурзуф). Проходы в горных перевалах закрывали от варваров каменные оборонительные сооружения в виде высоких, крепких и длинных стен («длинные стены»).
Потом появились хазары (VII–X вв.) – тюркский кочевой народ, который принял иудаизм. Представитель хазарской власти, тархан, обосновался в Судаке. Хазары возводили свои населённые пункты и укрепления, остатки которых можно увидеть и сегодня в центре Керченского полуострова, возле Коктебеля, Феодосии и в других районах полуострова. Активно строились оборонительные феодальные замки-исары, большинство из которых располагалось на береговой полосе между Алуштой и Ласпи. С VIII по XX века на южном побережье Крыма появилось свыше семидесяти таких замков.
Недовольные новой властью местные жители уходили в горы, формируя там всё новые и новые поселения. В Крыму также появились «пещерные города», построенные в разное время и сконцентрированные, в основном, в Крымских горах – Мангуп-Дорос, Кырк-ор или Чуфут-Кале, Каламита Инкерман, Бакла, Тепе-Кермен, Эски-Кермен, Кыз-Кермен.
В конце VIII века в Крыму бежавшими из Византии монахами были созданы пещерные монастыри и храмы. Наиболее богатым был монастырь Апостолов на восточной стороне Медведь-горы. Известны крупный пещерный монастырь в Инкермане, базилика на холме Тепсень в Коктебеле, монастыри в окрестностях Белогорска, у села Терновки, Успенский монастырь у Чуфут-Кале, монастырь Качи-Кольон, Чилтер-Коба.