Именно религиозное многообразие предопределило противоречивость российского религиозного законодательства и попыток его изменить.
На протяжении последних двадцати лет эксперты, правозащитники говорили о том, что закон о свободе совести доказал свою эффективность и что он работает на благо религиозной свободы в стране. Однако пора стабильности закончилась не только в России в целом, но и в этой сфере в частности. Изменения в закон о свободе совести стали предлагаться давно — с 2006-2009 гг. обсуждались проекты о регулировании миссионерской деятельности и о фактическом запрете религиозных групп с тем, чтобы их можно было контролировать.
Проекты были отвергнуты, когда оказалось, что они столь же больно ударят по РПЦ, как и по всем остальным, — проповедь и развитие общин являются одним из приоритетов деятельности православных епископов в регионах. В связи с этим реформа религиозного законодательства ограничилась внеправовым введением капелланов в армии, бесконфликтным экспериментом по преподаванию религиозных культур в школах, а также принятием закона о церковной реституции, который периодически оставляет музеи без помещений.
В процессе наблюдения за законодательной деятельностью оказалось, что логика у разных проектов специфическая. Ранее казалось, что во властных верхах есть намерение в целом поддержать направляющую роль РПЦ и задавить религиозные меньшинства. Но попытки внесения любых изменений в Конституцию РФ блокируются первым лицом государства — Владимиром Путиным. Контроль религиозных групп также не стал приоритетом для России, в первую очередь потому что этот путь показал свою неэффективность и хлопотность в республиках Средней Азии и потому что у России есть другой инструмент для выборочной дискриминации — Закон о противодействии экстремистской деятельности.
Прокуратуре и центрам по борьбе с экстремизмом в Министерстве внутренних дел РФ легче выбрать мишень для битья в виде Свидетелей Иеговы, саентологов, некоторых пятидесятников, а не проверять все религиозные группы вообще. Законодатели предлагают поправки, которые решают сиюминутные проблемы власти и РПЦ, такие как законопроект о том, что религиозные объединения не обязаны предоставлять сведения об обязательном объеме уставного капитала. В данном случае этот законопроект сможет облегчить жизнь также и другим религиозным объединениям, так как формально законы принимаются для общин всех вероисповеданий. Однако не все так просто — одновременно власть намеревается ужесточить контроль за финансами религиозных объединений. 24 ноября 2014 г. Министерство юстиции РФ предложило свои поправки к закону «О свободе совести и о религиозных объединениях», которые устанавливают фактически систему тотального контроля за религиозными организациями. Формирование системы контроля очевидно не только из положения, которое касается поиска неформальных «иностранных агентов» среди религиозных объединений, но и из всего текста законопроекта.
Стоит обратить внимание, что раздельная отчетность о финансировании из отечественных и зарубежных источников является лишь одним из многих пунктов данного законопроекта Министерства юстиции РФ. Все остальные посвящены проверкам, обязанности предоставлять ту или иную отчетность и ответственности за непредоставление всей требуемой информации о деятельности организации. С одной стороны, законопослушным объединениям не стоит беспокоиться, если они готовы быть абсолютно прозрачными перед Министерством юстиции, прокуратурой и обществом, вывешивая, как этого требует законопроект, всю отчетность в интернете. Кроме того, официально никто статус иностранного агента все равно не присвоит — об этом речи нет. С другой стороны, судя по тексту законопроекта, провести проверку и затребовать отчетность после принятия закона можно будет когда угодно. Оснований для этого в проекте масса — от плановых проверок до ссылок на указания и распоряжения президента РФ и правительства РФ.
За непредоставление отчетности вовремя, за несообщение об иностранном финансировании религиозным объединениям грозит ликвидация. После 2009 г., когда разрабатывался закон «О некоммерческих организациях», сначала усложнилась, затем упростилась отчетность некоммерческих организаций (НКО), многие религиозные объединения решили отказаться от регистрации своих филиалов, а также общественных инициатив в качестве организаций. И это учитывая, что существование в качестве религиозной группы без регистрации в 2000-е гг. стало казаться самым лучшим выходом, чтобы избежать претензий со стороны представителей власти.